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- PDB-3uy9: Bovine trypsin variant X(tripleGlu217Phe227) in complex with smal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uy9
タイトルBovine trypsin variant X(tripleGlu217Phe227) in complex with small molecule inhibitor
要素Cationic trypsin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Trypsin-like serine protease / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Tziridis, A. / Neumann, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Correlating structure and ligand affinity in drug discovery: a cautionary tale involving second shell residues.
著者: Tziridis, A. / Rauh, D. / Neumann, P. / Kolenko, P. / Menzel, A. / Brauer, U. / Ursel, C. / Steinmetzer, P. / Sturzebecher, J. / Schweinitz, A. / Steinmetzer, T. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2011年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
B: Cationic trypsin
C: Cationic trypsin
D: Cationic trypsin
E: Cationic trypsin
F: Cationic trypsin
G: Cationic trypsin
H: Cationic trypsin
I: Cationic trypsin
J: Cationic trypsin
K: Cationic trypsin
L: Cationic trypsin
M: Cationic trypsin
N: Cationic trypsin
O: Cationic trypsin
P: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,35851
ポリマ－375,68716
非ポリマー2,67035
水00
1
A: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6764
ポリマ－23,4801
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6764
ポリマ－23,4801
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
13
M: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
14
N: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
15
O: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6413
ポリマ－23,4801
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
16
P: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6764
ポリマ－23,4801
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.069, 98.569, 120.781
Angle α, β, γ (deg.)89.62, 88.85, 103.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22A
13D
23A
14E
24A
15F
25A
16G
26A
17H
27A
18I
28A
19J
29A
110K
210A
111L
211A
112M
212A
113N
213A
114O
214A
115P
215A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111B16 - 245
2111A16 - 245
1121C16 - 245
2121A16 - 245
1131D16 - 245
2131A16 - 245
1141E16 - 245
2141A16 - 245
1151F16 - 245
2151A16 - 245
1161G16 - 245
2161A16 - 245
1171H16 - 245
2171A16 - 245
1181I16 - 245
2181A16 - 245
1191J16 - 2452
2191A16 - 2452
11101K16 - 245
21101A16 - 245
11111L16 - 245
21111A16 - 245
11121M16 - 245
21121A16 - 245
11131N16 - 245
21131A16 - 245
11141O16 - 245
21141A16 - 245
11151P16 - 245
21151A16 - 245

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

#1: タンパク質
Cationic trypsin / Beta-trypsin / Alpha-trypsin chain 1 / Alpha-trypsin chain 2


分子量: 23480.467 Da / 分子数: 16
変異: N102E, L104Y, Y175S P176S, G177F, Q178Y, S195A, S218E, V228F
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% PEG8000, 0.3M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M IMIDAZOLE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.878
11-h,-k,l20.122
反射解像度: 3.22→120.78 Å / Num. obs: 56715 / % possible obs: 89.25 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V2K

1v2k


解像度: 3.22→120.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0 / SU B: 15.405 / SU ML: 0.262 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; TWIN REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2609 568 -RANDOM
Rwork0.2054 ---
all0.2072 56715 --
obs0.2072 56715 89.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.138 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å210.56 Å2-5.51 Å2
2---29.61 Å2-5.42 Å2
3---29.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→120.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26224 0 163 0 26387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02226976
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0217584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6031.94736608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.028343296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52353552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.98525.667960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.26154336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.991532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.24064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0230448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.025024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT POSITIONAL / Weight position: 0.05

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1B27310.06
2C27310.05
3D27310.06
4E27310.06
5F27310.06
6G27310.06
7H27310.06
8I27310.06
9J27320.05
10K27310.06
11L27310.06
12M27310.06
13N27310.06
14O27310.06
15P27310.06

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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