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万見
- PDB-3uvj: Crystal structure of the catalytic domain of the heterodimeric hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uvj
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of the heterodimeric human soluble guanylate cyclase 1.
要素
  • Guanylate cyclase soluble subunit alpha-3
  • Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
キーワードLYASE / Nitric Oxide / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / CGMP BIOSYNTHESIS / GTP binding METAL-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / Cystol
機能・相同性
機能・相同性情報


retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / cytidylate cyclase activity / guanylate cyclase complex, soluble / guanylate cyclase / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / presynaptic active zone cytoplasmic component / response to oxygen levels / nitric oxide binding / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase ...retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / cytidylate cyclase activity / guanylate cyclase complex, soluble / guanylate cyclase / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / presynaptic active zone cytoplasmic component / response to oxygen levels / nitric oxide binding / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / relaxation of vascular associated smooth muscle / adenylate cyclase activity / blood circulation / cGMP-mediated signaling / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / nitric oxide mediated signal transduction / Smooth Muscle Contraction / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / cellular response to nitric oxide / GABA-ergic synapse / Hsp90 protein binding / regulation of blood pressure / signaling receptor activity / heme binding / protein-containing complex binding / GTP binding / glutamatergic synapse / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haem NO binding associated / Haem NO binding associated domain superfamily / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily ...Haem NO binding associated / Haem NO binding associated domain superfamily / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanylate cyclase soluble subunit alpha-1 / Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Allerston, C.K. / Berridge, G. / Chalk, R. / Cooper, C.D.O. / Savitsky, P. / Vollmar, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. ...Allerston, C.K. / Berridge, G. / Chalk, R. / Cooper, C.D.O. / Savitsky, P. / Vollmar, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of the catalytic domain of human soluble guanylate cyclase.
著者: Allerston, C.K. / von Delft, F. / Gileadi, O.
履歴
登録2011年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylate cyclase soluble subunit alpha-3
B: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
C: Guanylate cyclase soluble subunit alpha-3
D: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,55811
ポリマ－99,0634
非ポリマー4957
水7,764431
1
A: Guanylate cyclase soluble subunit alpha-3
B: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8106
ポリマ－49,5322
非ポリマー2784
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16800 Å2
手法PISA
2
C: Guanylate cyclase soluble subunit alpha-3
D: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7485
ポリマ－49,5322
非ポリマー2163
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.780, 139.100, 55.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Guanylate cyclase soluble subunit alpha-3 / GCS-alpha-3 / GCS-alpha-1 / Soluble guanylate cyclase large subunit


分子量: 24713.471 Da / 分子数: 2
断片: soluble guanylate cyclase alpha-1 catalytic domain, UNP residues 468-690
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUC1A3, GUCSA3, GUCY1A1, GUCY1A3 / プラスミド: pNH-TrxT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-Chaperones / 参照: UniProt: Q02108, guanylate cyclase
#2: タンパク質 Guanylate cyclase soluble subunit beta-1 / GCS-beta-1 / Guanylate cyclase soluble subunit beta-3 / GCS-beta-3 / Soluble guanylate cyclase small subunit


分子量: 24818.244 Da / 分子数: 2
断片: soluble guanylate cyclase beta-1 catalytic domain, UNP residues 408-619
Mutation: G476C, C541S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUCY1B3, GUC1B3, GUCSB3, GUCY1B1 / プラスミド: pNIC-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-Chaperones / 参照: UniProt: Q02153, guanylate cyclase
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05M KH2PO4 20% PEG 8000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.968627 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月1日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→51.5 Å / Num. all: 47912 / Num. obs: 45874 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36.79 Å2 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.08→2.16 Å / 冗長度: 3.3 % / Num. unique all: 6967 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→51.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9389 / SU R Cruickshank DPI: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2088 2319 5.06 %RANDOM
Rwork0.1666 ---
all0.214 47912 --
obs0.1688 45859 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9288 Å20 Å2-0.2428 Å2
2--1.5788 Å20 Å2
3----3.5075 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→51.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5804 0 32 431 6267
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2762SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes915HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6041HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion823SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies17HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7225SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6041HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8222HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.56
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 179 5.25 %
Rwork0.2045 3229 -
all0.2056 3408 -
obs--99.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.22810.6339-0.18822.0501-0.09081.1452-0.1410.1333-0.1617-0.20220.0573-0.14310.11170.09180.0837-0.07380.0273-0.0011-0.07320.0095-0.093824.5106-34.1361-29.787
21.76160.42980.2051.91750.43351.66010.078-0.2505-0.13390.2437-0.06840.02970.0519-0.0319-0.0096-0.0670.00630.0113-0.09080.0346-0.07057.7879-28.0666-10.7044
32.6020.28470.13511.5740.28850.9436-0.0730.13150.1859-0.1440.00970.091-0.1425-0.05680.06330.00480.04870.0461-0.11970.0075-0.084.68637.2213-58.2945
42.1407-0.36850.12562.5425-0.68431.5228-0.0879-0.36720.11030.20860.0845-0.1871-0.1662-0.06850.0034-0.06010.0175-0.0162-0.0866-0.0384-0.113620.40521.3418-38.684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A470 - 661
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B413 - 608
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C470 - 661
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D412 - 607

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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