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Yorodumi- PDB-5oyh: crystal structure of the catalytic core of a rhodopsin-guanylyl c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5oyh | ||||||
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Title | crystal structure of the catalytic core of a rhodopsin-guanylyl cyclase with converted specificity in complex with ATPalphaS | ||||||
Components | Nucleotide cyclase | ||||||
Keywords | LYASE / Nucleotide Cyclase / Inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / guanylate cyclase activity / adenylate cyclase activity / intracellular signal transduction / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Catenaria anguillulae PL171 (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.249 Å | ||||||
Authors | Broser, M. / Scheib, U. / Hegemann, P. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018 Title: Rhodopsin-cyclases for photocontrol of cGMP/cAMP and 2.3 angstrom structure of the adenylyl cyclase domain. Authors: Scheib, U. / Broser, M. / Constantin, O.M. / Yang, S. / Gao, S. / Mukherjee, S. / Stehfest, K. / Nagel, G. / Gee, C.E. / Hegemann, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5oyh.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5oyh.ent.gz | 997.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5oyh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5oyh_validation.pdf.gz | 4.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5oyh_full_validation.pdf.gz | 4.6 MB | Display | |
Data in XML | 5oyh_validation.xml.gz | 123.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5oyh_validation.cif.gz | 169 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/5oyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/5oyh | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21553.586 Da / Num. of mol.: 16 / Mutation: E497K, C566D Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Catalytic Core of a rhodopsin-guanylyl-cyclase with converted substrat specifity Source: (gene. exp.) Catenaria anguillulae PL171 (fungus) / Gene: BCR44DRAFT_1480233 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A1Y2HEJ3 #2: Chemical | ChemComp-T99 / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Potassium thiocyanate 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5 25% w/v PEG 2000 mme |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 19, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.24→48.918 Å / Num. obs: 197393 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.754 % / Biso Wilson estimate: 36.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 15.17 / Num. measured all: 1530638 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.249→45.897 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124.11 Å2 / Biso mean: 40.3384 Å2 / Biso min: 10.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.249→45.897 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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