PDB-3upw: Pichia Stipitis OYE2.6 complexed with nicotinamide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3upw

タイトル

Pichia Stipitis OYE2.6 complexed with nicotinamide

要素

Old Yellow Enzyme 2.6 (OYE2.6), NADPH dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / OYE / old yellow enzyme / FMN / Alkene Reductase / assymetric alkene reduction / OYE1 homologue / TIM Barrel / NADPH Oxidoreductase / NAD(P)H

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH dehydrogenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Scheffersomyces stipitis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.781 Å

データ登録者

Pompeu, Y.A. / Stewart, J.D.

引用

ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2012
タイトル: Structural and Catalytic Characterization of Pichia stipitis OYE 2.6, a Useful Biocatalyst for Asymmetric Alkene Reductions
著者: Pompeu, Y.A. / Sullivan, B. / Walton, A.Z. / Stewart, J.D.

履歴

登録	2011年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3upw.cif.gz	110 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3upw.ent.gz	81.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3upw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3upw_validation.pdf.gz	844.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3upw_full_validation.pdf.gz	847.7 KB	表示
XML形式データ	3upw_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	3upw_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tjlC 4df2C 1oyaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4df2-1 4m5p-1 2ond-d 4c1s-d 2z5g-d 4kjr-d 1ku0-d 1sk6-3 6ooq-2 4qge-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Old Yellow Enzyme 2.6 (OYE2.6), NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Old Yellow Enzyme 2.6 (OYE2.6), NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Old Yellow Enzyme 2.6 (OYE2.6), NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.306, 127.306, 123.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-460- HOH
2	1	A-526- HOH
3	1	A-652- HOH
4	1	A-656- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Old Yellow Enzyme 2.6 (OYE2.6), NADPH dehydrogenase 分子量: 45295.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis (菌類) / 株: ATCC 58785 / CBS 6054 / NBRC 10063 / NRRL Y-11545 / 遺伝子: OYE2.6, PICST_44614 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A3LT82, NADPH dehydrogenase

#1: タンパク質

Old Yellow Enzyme 2.6 (OYE2.6), NADPH dehydrogenase

分子量: 45295.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Scheffersomyces stipitis (菌類) / 株: ATCC 58785 / CBS 6054 / NBRC 10063 / NRRL Y-11545 / 遺伝子: OYE2.6, PICST_44614 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A3LT82, NADPH dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 454分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド分子量: 122.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4M Na Malonate, 2%iPrOH, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月15日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 54454 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.44 Å² / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 37.1
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1786 / R_sym value: 0.55 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1OYA

1oya

解像度: 1.781→44.241 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1856	5649	10 %	10% random
R_work	0.1577	-	-	-
obs	0.1605	54454	99.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.738 Å² / k_sol: 0.399 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7835 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.7835 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.567 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.781→44.241 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3174	0	65	445	3684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3350
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.049	4567
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.053	1236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7809-1.8012	0.3032	178	0.2862	1608	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8012-1.8224	0.308	184	0.2504	1650	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8224-1.8446	0.2734	185	0.2328	1665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8446-1.8679	0.233	184	0.1995	1658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8679-1.8925	0.2176	185	0.191	1658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8925-1.9184	0.238	184	0.192	1662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9184-1.9458	0.2184	187	0.1815	1685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9458-1.9749	0.2217	184	0.1692	1653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9749-2.0057	0.2059	188	0.1624	1689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0057-2.0386	0.2121	187	0.1572	1677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0386-2.0738	0.1993	183	0.1633	1665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0738-2.1115	0.1882	188	0.1641	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1115-2.1521	0.1804	186	0.1587	1675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1521-2.196	0.1733	188	0.1484	1692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.196-2.2438	0.1822	186	0.1485	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2438-2.296	0.1884	188	0.1578	1685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.3534	0.1939	187	0.1554	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3534-2.417	0.1612	186	0.1518	1687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.417-2.4881	0.1837	188	0.1547	1686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4881-2.5684	0.1866	190	0.1606	1706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5684-2.6602	0.1852	187	0.1691	1689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6602-2.7667	0.209	190	0.1828	1703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7667-2.8926	0.2068	189	0.1747	1702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8926-3.0451	0.2004	190	0.1712	1710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0451-3.2358	0.1886	190	0.1589	1714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2358-3.4856	0.1722	190	0.1433	1712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4856-3.8361	0.1692	194	0.1312	1739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8361-4.3908	0.1508	195	0.1135	1753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3908-5.5303	0.1314	198	0.1308	1781	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5303-44.2542	0.1992	210	0.1792	1891	X-RAY DIFFRACTION	100

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