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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uo7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Human Thymine DNA Glycosylase Bound to Substrate 5-carboxylcytosine | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / dsDNA with 5caC / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G/T mismatch-specific thymine-DNA glycosylase activity / thymine-DNA glycosylase / G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / sodium ion binding / DNA N-glycosylase activity / SUMO binding ...G/T mismatch-specific thymine-DNA glycosylase activity / thymine-DNA glycosylase / G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / sodium ion binding / DNA N-glycosylase activity / SUMO binding / mismatched DNA binding / : / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / uracil DNA N-glycosylase activity / chloride ion binding / regulation of embryonic development / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / epigenetic regulation of gene expression / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / protein kinase C binding / transcription coregulator activity / 塩基除去修復 / PML body / : / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / nucleic acid binding / damaged DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / DNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.002 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L. / He, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012 タイトル: Thymine DNA glycosylase specifically recognizes 5-carboxylcytosine-modified DNA. 著者: Zhang, L. / Lu, X. / Lu, J. / Liang, H. / Dai, Q. / Xu, G.L. / Luo, C. / Jiang, H. / He, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3uo7.cif.gz | 110.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3uo7.ent.gz | 82.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3uo7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/3uo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/3uo7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7105.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 7045.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 22728.275 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 111-308 / Mutation: N140A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13569, thymine-DNA glycosylase |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M tripotassium citrate monohydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. all: 14639 / Num. obs: 14639 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2BRA 解像度: 3.002→36.613 Å / SU ML: 0.88 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.461 Å2 / ksol: 0.285 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.002→36.613 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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