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万見
- PDB-3uk0: RPD_1889 protein, an extracellular ligand-binding receptor from R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uk0
タイトルRPD_1889 protein, an extracellular ligand-binding receptor from Rhodopseudomonas palustris.
要素Extracellular ligand-binding receptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / AMINO-ACID TRANSPORT / EXTRACELLULAR RECEPTOR
機能・相同性Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 3-(4-HYDROXY-PHENYL)PYRUVIC ACID / Extracellular ligand-binding receptor
機能・相同性情報
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Mack, J. / Zerbs, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-Coumaric acid and related aromatic acids.
著者: Tan, K. / Chang, C. / Cuff, M. / Osipiuk, J. / Landorf, E. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R.
履歴
登録2011年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年11月23日ID: 3SNR
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular ligand-binding receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8276
ポリマ－39,3301
非ポリマー4965
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.272, 71.578, 105.002
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Extracellular ligand-binding receptor


分子量: 39330.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: BisB5 / 遺伝子: RPD_1889 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q139W5
#2: 化合物 ChemComp-ENO / 3-(4-HYDROXY-PHENYL)PYRUVIC ACID / HPP / 4-ヒドロキシフェニルピルビン酸


分子量: 180.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2 M magnesium sulfate, 20% PEG-4000, 10% glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月9日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→42.3 Å / Num. all: 53560 / Num. obs: 53560 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 2.417 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.49-1.526.70.6382.0722010.79882.2
1.52-1.547.40.56824160.76389.6
1.54-1.577.90.52725230.77194.8
1.57-1.618.40.50226610.78498.4
1.61-1.648.90.48326730.81299.7
1.64-1.689.30.41527070.855100
1.68-1.729.50.35726670.977100
1.72-1.779.60.31526851.084100
1.77-1.8211.60.30427301.116100
1.82-1.8816.70.28226841.138100
1.88-1.9416.80.23527061.399100
1.94-2.0216.80.18627041.741100
2.02-2.1116.90.16227222.075100
2.11-2.2316.90.13827082.388100
2.23-2.3716.80.12727292.693100
2.37-2.5516.70.11927553.053100
2.55-2.816.60.11327443.624100
2.8-3.2116.40.127704.172100
3.21-4.0415.70.07428174.492100
4.04-5014.60.07129586.56299.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.49→42.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / SU B: 3.466 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1944 2698 5.1 %RANDOM
Rwork0.1361 ---
all0.1391 53356 --
obs0.1391 53356 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.48 Å2 / Biso mean: 27.1515 Å2 / Biso min: 11.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å20 Å20 Å2
2--2.38 Å20 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→42.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2716 0 31 268 3015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022951
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.9924032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98635055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5445402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62424.248113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.9515534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7471518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02557
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.29134996
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.716576
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.74955115
LS精密化 シェル解像度: 1.486→1.525 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 166 -
Rwork0.248 2888 -
all-3054 -
obs-3261 80.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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