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- PDB-4i1d: The crystal structure of an ABC transporter substrate-binding pro... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i1d | ||||||
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Title | The crystal structure of an ABC transporter substrate-binding protein from Bradyrhizobium japonicum USDA 110 | ||||||
![]() | ABC transporter substrate-binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fan, Y. / Tan, K. / Mack, J. / Zerbs, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-Coumaric acid and related aromatic acids. Authors: Tan, K. / Chang, C. / Cuff, M. / Osipiuk, J. / Landorf, E. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 514.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 442.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 517.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 532.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 50.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 69.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3rpwC ![]() 3sg0C ![]() 3tx6C ![]() 3uk0C ![]() 3ukjC ![]() 4dqdC ![]() 4eyoC ![]() 4eyqC ![]() 4f8jC ![]() 4fb4C ![]() 4fcl C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 35735.422 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 315 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/MLT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/MLT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-MLT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate:Acetic Acid:HCl, 50% (v/v) PEG400, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2011 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 100645 / Num. obs: 100645 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 31.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4572 / % possible all: 90.2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.608 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.201→49.892 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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