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- PDB-4f8j: The structure of an aromatic compound transport protein from Rhod... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f8j | ||||||
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Title | The structure of an aromatic compound transport protein from Rhodopseudomonas palustris in complex with p-coumarate | ||||||
![]() | Putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / lignin degratation / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha/beta | ||||||
Function / homology | Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / ABC transporter substrate-binding protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-Coumaric acid and related aromatic acids. Authors: Tan, K. / Chang, C. / Cuff, M. / Osipiuk, J. / Landorf, E. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 160.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 130.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 471 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 474.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3rpwC ![]() 3sg0C ![]() 3tx6C ![]() 3uk0C ![]() 3ukjC ![]() 4dqdC ![]() 4eyoC ![]() 4eyqC ![]() 4fb4C ![]() 4i1dC C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 39155.152 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: CGA009 / Gene: LivK, RPA1789 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 396 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HC4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HC4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Chemical | ChemComp-HC4 / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES: NaOH pH 7.5, 2M ammonium sulfate, p-coumarate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 2, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97929 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 10.3 % / Av σ(I) over netI: 42.8 / Number: 428255 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.9 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 41416 / % possible obs: 99.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. all: 41416 / Num. obs: 41416 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.901 / Net I/σ(I): 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.394 / FOM acentric: 0.449 / FOM centric: 0 / Reflection: 21410 / Reflection acentric: 18776 / Reflection centric: 2634 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis acentric: 1.5 / R cullis centric: 1 / Highest resolution: 2 Å / Lowest resolution: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.2 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 18776 / Reflection centric: 2634 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 45428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.94 Å2 / Biso mean: 26.3713 Å2 / Biso min: 14.12 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→36.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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