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- PDB-4dqd: The crystal structure of a transporter in complex with 3-phenylpy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dqd
タイトルThe crystal structure of a transporter in complex with 3-phenylpyruvic acid
要素Extracellular ligand-binding receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural ge nomics / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYPYRUVIC ACID / 3-PHENYLPYRUVIC ACID / Extracellular ligand-binding receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Tan, K. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-Coumaric acid and related aromatic acids.
著者: Tan, K. / Chang, C. / Cuff, M. / Osipiuk, J. / Landorf, E. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R.
履歴
登録2012年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular ligand-binding receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7837
ポリマ－38,9421
非ポリマー8416
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.038, 62.422, 60.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-679-

HOH

詳細Experimentally unknown. It is predicted to be monomeric.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Extracellular ligand-binding receptor


分子量: 38942.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: HaA2 / 遺伝子: RPB_4630 / 参照: UniProt: Q2IR47

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非ポリマー , 5種, 346分子

#2: 化合物 ChemComp-PPY / 3-PHENYLPYRUVIC ACID / フェニルピルビン酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-3PY / 3-HYDROXYPYRUVIC ACID / ヒドロキシピルビン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Trimethylamine N-oxide, 0.1M Tris:HCl, 20% (w/v) PEG MME 2000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月8日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→26 Å / Num. all: 56211 / Num. obs: 56211 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.6→1.62 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2210 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3SG0

3sg0


解像度: 1.601→25.97 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1623 2848 5.07 %random
Rwork0.1429 ---
all0.1439 56150 --
obs0.1439 56150 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.379 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7619 Å20 Å20.1312 Å2
2--6.1791 Å20 Å2
3----3.4172 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.601→25.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 57 340 3097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0993877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2891100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075431
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6009-1.62850.24131350.21072535X-RAY DIFFRACTION96
1.6285-1.65810.21161490.18432661X-RAY DIFFRACTION100
1.6581-1.690.18721340.17522673X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.72440.18131520.16222616X-RAY DIFFRACTION100
1.7244-1.76190.20581540.15362671X-RAY DIFFRACTION100
1.7619-1.80290.17381470.14772626X-RAY DIFFRACTION100
1.8029-1.8480.19191090.14182717X-RAY DIFFRACTION100
1.848-1.89790.17371410.13862647X-RAY DIFFRACTION100
1.8979-1.95380.16221540.13262687X-RAY DIFFRACTION100
1.9538-2.01680.16551320.12792645X-RAY DIFFRACTION100
2.0168-2.08890.15231370.13092654X-RAY DIFFRACTION100
2.0889-2.17240.15661340.12942704X-RAY DIFFRACTION100
2.1724-2.27130.14581450.12912643X-RAY DIFFRACTION100
2.2713-2.39090.1581440.13552699X-RAY DIFFRACTION100
2.3909-2.54060.15611440.13762646X-RAY DIFFRACTION100
2.5406-2.73660.16161470.14752691X-RAY DIFFRACTION100
2.7366-3.01160.17461420.14482678X-RAY DIFFRACTION100
3.0116-3.44650.15061530.14262681X-RAY DIFFRACTION100
3.4465-4.3390.15191460.13142720X-RAY DIFFRACTION100
4.339-25.97360.1561490.15532708X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.90630.57840.04061.08030.06860.93310.0935-0.28020.1310.1149-0.06250.0864-0.1171-0.0602-0.03860.15930.00010.00520.1581-0.02150.15376.81276.264933.6179
21.22380.4341-0.30121.0681-0.2970.71040.0399-0.1846-0.05520.1307-0.0419-0.06630.07380.0746-0.00020.15940.0088-0.01650.140.01070.144811.0924-6.199531.2579
31.48320.1147-0.11550.91360.05021.1592-0.07230.1999-0.1636-0.10570.0889-0.10170.1020.1741-0.02060.16150.00520.01810.1969-0.0350.161126.646-3.33359.3676
41.78670.00020.08260.54320.0170.8639-0.10560.33750.2848-0.11210.1051-0.009-0.15470.0269-0.00480.1879-0.0305-0.01080.18270.03120.160516.81197.67157.465
50.91810.4064-0.0830.8339-0.14081.1990.0089-0.02340.02390.00620.03960.13950.0485-0.1811-0.04850.13180.0085-0.00160.1443-00.1652-0.8442-2.910924.4469
63.0580.4289-0.25263.8241-0.50722.5975-0.17630.60220.0096-0.4290.13730.11560.2472-0.05310.02820.1985-0.0293-0.02830.2422-0.00130.13499.19050.74213.9578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 23:83)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 84:139)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 140:220)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 221:279)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 280:365)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 366:383)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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