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- PDB-3uh8: N-terminal domain of phage TP901-1 ORF48 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uh8
タイトルN-terminal domain of phage TP901-1 ORF48
要素ORF48
キーワードVIRAL PROTEIN / all beta protein / immunoglobulin fold / structural protein / TP901-1 ORF46 and ORF49 / phage baseplate
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3350 / Baseplate upper protein, immunoglobulin like domain / Baseplate upper protein immunoglobulin like domain / BppU, N-terminal / BppU N-terminal domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Veesler, D. / Spinelli, S. / Mahony, J. / Lichiere, J. / Blangy, S. / Bricogne, G. / Legrand, P. / Ortiz-Lombardia, M. / Campanacci, V.I. / van Sinderen, D. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of the phage TP901-1 1.8 MDa baseplate suggests an alternative host adhesion mechanism.
著者: Veesler, D. / Spinelli, S. / Mahony, J. / Lichiere, J. / Blangy, S. / Bricogne, G. / Legrand, P. / Ortiz-Lombardia, M. / Campanacci, V. / van Sinderen, D. / Cambillau, C.
履歴
登録2011年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF48


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4431
ポリマ－14,4431
非ポリマー00
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.060, 41.060, 54.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 ORF48


分子量: 14443.050 Da / 分子数: 1 / 断片: ORF48 N-terminus, UNP residues 1-128 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLYS / 参照: UniProt: Q9AZ56
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein 33 mg/ml, 1.5 M K2HPO4/0.4 M NaH2PO4, 0.2M NaCl, 0.1 M imidazole, pH 8.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月9日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45 Å / Num. all: 4537 / Num. obs: 4537 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 2.3→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 27 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXモデル構築
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→35.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8536 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2531 333 7.34 %RANDOM
Rwork0.2348 ---
all0.236 4537 --
obs0.236 4537 --
原子変位パラメータBiso mean: 38.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4638 Å20 Å20 Å2
2--6.4638 Å20 Å2
3----12.9277 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数922 0 0 74 996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.007951HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.091289HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d0325SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes029HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0141HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it0951HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.06
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0126SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact01040SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.57 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3151 93 7.2 %
Rwork0.3075 1199 -
all0.308 1292 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1546-0.05010.0422-0.03130.02540.0153-0.00030.0003-0.00260.0003-0.0005-0.0001-0.00110.00090.00090.0011-0.0029-0.0065-0.0010.00250.005120.36123.174922.6701
20.1008-0.04960.0406-0.012-0.02820.0590.00060.0012-0.0014-0.0013-0.00060.0004-0.00040.00070-0.0059-0.0029-0.00270.00010.00150.000712.281212.799116.8209
30.0277-0.0078-0.0233-0.0182-0.02120.0123-0.00010.00050.0007-0.00040.0006-0.0014-0.00140.0011-0.0005-0.0032-0.0035-0.0064-0.0011-0.0018-0.000323.919523.301229.6966
40.0281-0.0134-0.090.08420.09820.0735-0.0003-0.00030.001600.00120.0008-0.00020.0004-0.0008-0.00060.0032-0.00810.0027-0.00340.002110.45722.190231.5704
5-0.00560.0033-0.00120.0327-0.04280.0908-0.0010.0010.00050.00050.0008-0.0004-0.0008-0.00020.00020.0050.0015-0.0085-0.0048-0.00150.000117.404116.372932.7817
6-0.00740.00220.12530.01650.0270-0.00050.00120.001-0.00020.0009-0.0009-0.0024-0.0025-0.0004-0.01280.0027-0.00690.00210.0007-0.00046.224817.243921.3842
70.0003-0.00070.00540.00150.016100.0001-0.00130.00140.0009-0.00040.0006-0.0004-0.00020.00030.00080.0011-0.0056-0.0024-0.0018-0.001812.304423.270239.7971
80.01410.02940.00240.0311-0.00710-0.0011-0.00040.00240.00180.0008-0.0017-0.00170.00050.0002-0.00140.0002-0.0053-0.00170.0051-0.000212.407223.732123.5086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - A|15}A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2{A|16 - A|30}A16 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3{A|31 - A|45}A31 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4{A|46 - A|58}A46 - 58
5X-RAY DIFFRACTION5{A|64 - A|80}A64 - 80
6X-RAY DIFFRACTION6{A|81 - A|95}A81 - 95
7X-RAY DIFFRACTION7{A|96 - A|110}A96 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8{A|111 - A|123}A111 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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