PDB-3t2w: Crystal structure of shwanavidin (F43A) - biotin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t2w

タイトル

Crystal structure of shwanavidin (F43A) - biotin complex

要素

Avidin/streptavidin

キーワード

Biotin-binding protein / avidin / streptavidin / biotin / high affinity systems / shwanavidin

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Livnah, O. / Meir, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Adaptation of a Thermostable Biotin-binding Protein in a Psychrophilic Environment.
著者: Meir, A. / Bayer, E.A. / Livnah, O.

履歴

登録	2011年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Database references
改定 1.2	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.3	2016年10月12日	Group: Advisory
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t2w.cif.gz	61.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t2w.ent.gz	45.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/3t2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/3t2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3szhC 3sziC 3szjC 3t2xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2by7-d 4abb-d 1o3m-d 4abh-d 6swv-d 5mnl-d 2blv-d 5mnc-d 1o3d-d 6svi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Avidin/streptavidin

ヘテロ分子

13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Avidin/streptavidin

ヘテロ分子

A: Avidin/streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.212, 63.212, 65.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-124- HOH

#1: タンパク質	Avidin/streptavidin 分子量: 12960.279 Da / 分子数: 1 / 変異: F43A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella denitrificans (バクテリア) 株: OS217 / ATCC BAA-1090 / DSM 15013 / 遺伝子: Sden_0912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12QS6
#2: 化合物	ChemComp-BTN / BIOTIN 分子量: 244.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.3 詳細: 1.5M Ammonium Sulfate, 50mM tris, pH 8.3, microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9736 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月20日
放射	モノクロメーター: optical hutch / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9736 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 21787 / Num. obs: 21787 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.897 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20762	1111	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17687	-	-	-
obs	0.17841	20652	99.07 %	-
all	-	21787	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.663 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	867	0	16	109	992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	925
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.589	1.93	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.52	5	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.37	25.641	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.652	15	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	1.514	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.273	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.166	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.387	1.5	590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.007	2	922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.073	3	402
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.486	4.5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.511	3	992
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	5.927	3	109
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.357	3	901

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	69	-
R_work	0.237	1500	-
obs	-	-	99.49 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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