PDB-3t2x: Structure of shwanavidin low affinity mutant (F43A)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t2x

タイトル

Structure of shwanavidin low affinity mutant (F43A)

要素

Avidin/streptavidin

キーワード

Biotin-binding protein / avidin / biotin / streptavidin / shwanavidin / high affinity systems

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Livnah, O. / Meir, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Adaptation of a Thermostable Biotin-binding Protein in a Psychrophilic Environment.
著者: Meir, A. / Bayer, E.A. / Livnah, O.

履歴

登録	2011年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Database references
改定 1.2	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t2x.cif.gz	206.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t2x.ent.gz	167.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/3t2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/3t2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3szhC 3sziC 3szjC 3t2wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4f0e-3 3n00-d 6b5x-4 4h0z-d 4l6a-d 3gey-4 6b5x-3 1swg-3 2uz2-d 4f0e-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Avidin/streptavidin

B: Avidin/streptavidin

C: Avidin/streptavidin

D: Avidin/streptavidin

51.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Avidin/streptavidin

B: Avidin/streptavidin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Avidin/streptavidin

D: Avidin/streptavidin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.933, 113.933, 83.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Avidin/streptavidin 分子量: 12960.279 Da / 分子数: 4 / 変異: F43A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella denitrificans (バクテリア) 株: OS217 / ATCC BAA-1090 / DSM 15013 / 遺伝子: Sden_0912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12QS6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 1.1M Sodium Formate, 0.05M sodium acetate, 50mM bis tris, pH 6.5, microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9736 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月20日
放射	モノクロメーター: optical hutch / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9736 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→50 Å / Num. all: 142657 / Num. obs: 142657 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.101 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1707	7147	5 %	RANDOM
R_work	0.14466	-	-	-
obs	0.14596	135363	99.57 %	-
all	-	142657	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.217 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	-0.09 Å²	0 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3554	0	0	546	4100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3779
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.544	1.912	5195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.992	5	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.406	26.078	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.759	15	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.8	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	585
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.223	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.484	1.5	2469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.121	2	3910
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.718	3	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.433	4.5	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.477	3	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	6.053	3	546
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.512	3	3668

LS精密化シェル

解像度: 1.15→1.181 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	497	-
R_work	0.249	10056	-
obs	-	-	99.58 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)