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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3t2x | ||||||
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Title | Structure of shwanavidin low affinity mutant (F43A) | ||||||
![]() | Avidin/streptavidin | ||||||
![]() | Biotin-binding protein / avidin / biotin / streptavidin / shwanavidin / high affinity systems | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Livnah, O. / Meir, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Adaptation of a Thermostable Biotin-binding Protein in a Psychrophilic Environment. Authors: Meir, A. / Bayer, E.A. / Livnah, O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 202.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 172.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 446 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 450.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12960.279 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: F43A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 6.5 Details: 1.1M Sodium Formate, 0.05M sodium acetate, 50mM bis tris, pH 6.5, microbatch, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 20, 2010 |
Radiation | Monochromator: optical hutch / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9736 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.15→50 Å / Num. all: 142657 / Num. obs: 142657 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.217 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.15→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.15→1.181 Å / Total num. of bins used: 20
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