[日本語] English
万見
- PDB-3ue3: Crystal structure of Acinetobacter baumanni PBP3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ue3
タイトルCrystal structure of Acinetobacter baumanni PBP3
要素Septum formation, penicillin binding protein 3, peptidoglycan synthetase
キーワードTRANSFERASE / transpeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #330 / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain ...Beta-Lactamase - #330 / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-Lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Han, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Distinctive attributes of beta-lactam target proteins in Acinetobacter baumannii relevant to development of new antibiotics
著者: Han, S. / Caspers, N. / Zaniewski, R.P. / Lacey, B.M. / Tomaras, A.P. / Feng, X. / Geoghegan, K.F. / Shanmugasundaram, V.
履歴
登録2011年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Septum formation, penicillin binding protein 3, peptidoglycan synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1671
ポリマ－61,1671
非ポリマー00
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.657, 89.707, 211.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Septum formation, penicillin binding protein 3, peptidoglycan synthetase


分子量: 61166.844 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 64-609 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter (バクテリア) / 遺伝子: ftsI, HMPREF0023_2561 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0VN42, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 4000, 0.1M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月20日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→105 Å / Num. obs: 33995 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 33.34 Å2
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.9.6精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.3→38.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8241 / SU R Cruickshank DPI: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2504 1721 5.07 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.2187 33931 97.79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5345 Å20 Å20 Å2
2--16.042 Å20 Å2
3----14.5075 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.306 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3305 0 0 165 3470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013363HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.34552HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1173SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes78HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes490HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3363HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion443SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3799SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 141 5.16 %
Rwork0.2114 2594 -
all0.2144 2735 -
obs--97.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.7217 Å / Origin y: 15.5768 Å / Origin z: -42.8714 Å
111213212223313233
T-0.1734 Å2-0.0092 Å20.053 Å2--0.0047 Å2-0.007 Å2---0.0843 Å2
L0.6988 °20.1423 °20.0026 °2-1.6356 °2-0.4937 °2--0.7284 °2
S0.0983 Å °-0.1635 Å °0.0075 Å °0.0815 Å °-0.0593 Å °0.0215 Å °0.0094 Å °0.0097 Å °-0.039 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る