PDB-3u94: Crystal structure of the GluK3 ligand binding domain complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u94

タイトル

Crystal structure of the GluK3 ligand binding domain complex with glutamate and zinc: P21212 form

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ION CHANNEL

機能・相同性

機能・相同性情報

Presynaptic function of Kainate receptors / cochlear hair cell ribbon synapse / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / glutamate receptor activity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate receptor signaling pathway / kainate selective glutamate receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.962 Å

データ登録者

Kumar, J. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2012
タイトル: Zinc Potentiates GluK3 Glutamate Receptor Function by Stabilizing the Ligand Binding Domain Dimer Interface.
著者: Veran, J. / Kumar, J. / Pinheiro, P.S. / Athane, A. / Mayer, M.L. / Perrais, D. / Mulle, C.

履歴

登録	2011年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u94.cif.gz	600.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u94.ent.gz	508.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u94.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3u94_validation.pdf.gz	489.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u94_full_validation.pdf.gz	508.2 KB	表示
XML形式データ	3u94_validation.xml.gz	46.8 KB	表示
CIF形式データ	3u94_validation.cif.gz	67.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u94	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3u92C 3u93C 1s50S 1txf 3s9e C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3u93-1 3u92-1 1h38-4 6e9f-d 5ftu-2 1h38-1 1s0v-4 5ftu-3 6hd3-d 6oih-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (11) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

C: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

D: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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4

C: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
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5

D: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.155, 111.374, 129.851
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-80- HIS

詳細

THE OBSERVED BIOLOGICAL UNIT DOES NOT OCCUR FOR THE FULL LENGTH PROTEIN THEREFORE, IS NOT BIOLOGICALLY RELEVANT

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Glutamate receptor, ionotropic kainate 3 分子量: 29053.371 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 433-546 and 669-807 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GRIK3 / プラスミド: PET22 modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI B(DE3) / 参照: UniProt: P42264

#1: タンパク質

Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

分子量: 29053.371 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 433-546 and 669-807 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GRIK3 / プラスミド: PET22 modified / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI B(DE3) / 参照: UniProt: P42264

-
非ポリマー , 5種, 707分子

#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GLUK3. TRANSMEMBRANE REGIONS ...THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GLUK3. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER THEREFORE, THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH THE REFERENCE DATABASE (433-546 AND 669-807)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 6% PEG 3350, 0.1 M BisTrisPropane, 0.2 M NaSulfate, 5 mM glutamate, 10 mM ZnAcate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月19日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→40 Å / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 25.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 26.9
反射シェル	解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S50

1s50

解像度: 1.962→38.937 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2468	4529	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1934	-	-	-
obs	0.196	92846	97.59 %	-
all	-	92846	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.242 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.9585 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	4.6297 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-9.5881 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.962→38.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8056	0	64	687	8807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	8297
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.384	11163
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.279	3111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	1230
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1399

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.962-1.9843	0.2764	143	0.2136	2613	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9843-2.0077	0.2739	144	0.2077	2830	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0077-2.0322	0.2711	147	0.2065	2846	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0322-2.0579	0.258	155	0.1946	2839	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0579-2.085	0.2253	141	0.1973	2843	X-RAY DIFFRACTION	98
2.085-2.1135	0.2702	137	0.1954	2864	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1135-2.1437	0.2544	155	0.1936	2861	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1437-2.1757	0.2784	144	0.1858	2838	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1757-2.2097	0.2472	158	0.191	2835	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2097-2.2459	0.2537	149	0.1891	2864	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2459-2.2846	0.2521	148	0.1794	2854	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2846-2.3262	0.2253	135	0.1839	2835	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3262-2.3709	0.2685	138	0.2005	2871	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3709-2.4193	0.2695	147	0.2082	2865	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4193-2.4719	0.2873	147	0.2107	2855	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4719-2.5294	0.284	149	0.2112	2826	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5294-2.5926	0.2728	166	0.2027	2818	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5926-2.6627	0.2843	154	0.2006	2829	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6627-2.7411	0.2742	135	0.2087	2850	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7411-2.8295	0.2647	169	0.2112	2830	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8295-2.9306	0.2768	156	0.2111	2828	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9306-3.0479	0.3074	174	0.208	2866	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0479-3.1865	0.2379	154	0.2072	2933	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1865-3.3545	0.2199	160	0.2025	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3545-3.5645	0.2604	167	0.1991	2961	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5645-3.8395	0.2249	140	0.189	2956	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8395-4.2255	0.178	152	0.166	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2255-4.8359	0.1573	144	0.1408	3010	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8359-6.089	0.2595	156	0.1866	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
6.089-38.9451	0.2933	165	0.2196	3108	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.991	-0.4097	-0.1853	0.8053	-0.6747	1.559	0.0109	-0.459	-0.368	0.6773	-0.0021	0.0134	0.2418	0.0374	0.0157	0.52	-0.099	-0.056	0.236	0.0989	0.2173	8.7766	7.4722	116.5718
2	3.0941	1.0696	0.4143	2.0486	-0.2709	1.3874	0.0659	-0.0076	-0.5191	0.2571	-0.0302	-0.4011	0.187	0.1914	0.0264	0.2751	-0.0334	-0.0691	0.2012	-0.0057	0.2441	15.1624	9.7211	105.8857
3	1.8089	-0.1124	-0.1081	2.3	0.0934	1.6953	0.0039	0.0275	-0.1554	0.195	-0.0159	-0.2393	0.0298	0.197	-0.0187	0.2071	-0.0509	-0.0708	0.153	0.0047	0.1967	14.6926	14.8672	100.9007
4	0.7054	0.1289	0.1706	0.4586	0.1264	0.7985	-0.0666	-0.144	0.1452	0.2734	-0.0151	-0.2012	-0.3906	0.3168	-0.177	0.5085	-0.2463	-0.3302	0.2235	-0.0247	0.0845	22.3362	31.0472	114.6202
5	2.3246	-0.3144	-0.2233	1.5736	0.2403	1.9779	0.0636	-0.1046	-0.0334	0.2234	-0.0701	0.032	-0.0084	-0.0943	-0.0278	0.2161	-0.0735	-0.0162	0.1445	-0.015	0.1785	1.1968	15.7225	102.2912
6	1.7754	0.5303	0.8305	0.3319	0.4967	0.7442	0.0275	-0.6972	0.3518	0.7389	-0.4009	0.1302	-0.3038	-0.2538	0.1391	0.6052	-0.046	-0.0356	0.4613	-0.0578	0.1676	2.9251	24.8724	123.0328
7	2.2746	-0.0006	-0.0545	1.1893	-0.5589	0.8165	-0.0343	-0.4594	0.5259	0.4054	0.0668	0.0174	-0.6589	0.1084	-0.1864	0.7641	-0.1152	0.0642	0.2621	-0.1934	0.2727	-8.8707	48.6323	114.3586
8	1.4039	-0.0933	-0.5019	1.7133	0.1745	1.244	-0.0018	-0.0009	0.3567	0.2736	0.1365	0.3089	-0.5412	-0.3357	-0.0133	0.4674	0.097	0.1293	0.1632	0.0021	0.3328	-21.7197	42.5872	102.1563
9	1.1436	0.4272	-0.1908	0.7192	-0.3	1.2938	-0.112	-0.0599	-0.0239	0.1992	0.0656	0.1894	0.1627	-0.2931	-0.1494	0.4071	0.0202	0.1948	0.1985	-0.0291	0.201	-23.8898	23.954	109.1543
10	0.4129	0.1766	-0.4256	0.4921	-0.0762	1.3231	0.0147	-0.2123	0.0568	0.4107	-0.0179	0.231	-0.1116	-0.1979	-0.0767	0.4889	0.0698	0.2133	0.2675	-0.0372	0.1689	-21.5977	27.5331	117.114
11	2.2685	-0.2206	0.1073	1.5286	-0.4742	1.9028	-0.0318	-0.1117	0.2034	0.1993	-0.0367	-0.031	-0.4071	0.3445	-0.0435	0.4621	-0.1477	0.003	0.2411	-0.0074	0.1687	-2.3972	40.1999	102.3387
12	1.7969	-0.0044	0.2316	-0.0001	-0.0005	0.03	0.0572	-0.6809	-0.1199	0.8325	-0.1696	0.1506	0.0702	0.0082	0.0792	0.6478	-0.0396	0.0754	0.4598	-0.0451	0.1638	-5.3592	30.9957	123.0007
13	1.8417	0.2668	-0.3718	1.3041	-0.3338	2.1549	0.0532	0.4821	0.0263	-0.1794	0.0989	0.1118	-0.2227	0.0447	-0.0725	0.1428	-0.0303	0.0106	0.3175	0.0036	0.1762	-12.6619	19.6629	68.9269
14	1.1137	0.0507	0.1483	0.9037	-0.1252	1.0802	0.036	0.1013	-0.2671	0.0683	0.0941	0.188	0.0852	-0.2259	0.0164	0.0929	-0.045	-0.0039	0.1984	0.0066	0.2191	-19.1548	10.5116	81.4242
15	1.6724	0.6419	-0.5247	1.4299	-0.8463	1.3412	0.0436	-0.0646	-0.46	-0.0531	0.201	0.2142	0.3414	-0.489	0.1407	0.1988	-0.1896	-0.0572	0.3813	0.1279	0.3631	-31.8915	3.2027	83.2076
16	1.9381	-0.1049	0.2685	0.7091	-0.2313	0.8925	0.025	-0.0359	0.0014	-0.0214	0.1265	0.2161	-0.0335	-0.3829	-0.0892	0.1108	0.0061	0.0051	0.2921	0.0325	0.1799	-27.1978	16.0163	82.3372
17	2.5104	-2.2185	0.3176	3.8274	-0.6734	1.5161	0.1783	-0.1176	0.126	0.1262	-0.0255	0.0045	-0.2551	0.1011	-0.0734	0.1621	-0.0623	0.0358	0.1512	-0.025	0.1591	-7.7335	22.7576	89.46
18	6.585	2.0046	-3.0039	4.186	1.6803	7.5904	0.2495	0.2776	0.8242	0.0362	0.0314	0.6431	-0.8228	-0.8031	-0.14	0.234	0.0994	0.0419	0.1996	0.0106	0.2336	-20.6486	29.1374	81.2314
19	1.3954	-0.1071	0.193	1.9372	0.2292	2.7595	0.1084	0.4255	0.1383	-0.132	-0.0286	-0.0457	0.1542	0.1182	-0.0255	0.2195	-0.019	0.0065	0.2523	0.0467	0.1862	11.9905	36.0884	69.2449
20	1.1724	0.0414	0.1672	1.0951	-0.1132	1.5236	0.1412	0.1167	0.4988	0.028	-0.0042	-0.1243	-0.2999	0.1177	0.0182	0.229	-0.086	0.0375	0.1726	0.0445	0.3237	11.4634	45.9355	80.3763
21	1.8662	0.1522	0.3647	1.566	0.2602	0.8661	0.1289	-0.0785	0.3612	0.1102	-0.0135	-0.3466	-0.3387	0.6997	0.0898	0.3275	-0.2611	0.0044	0.5115	-0.0235	0.4011	36.4809	48.0836	86.4465
22	1.7884	-0.0548	-0.3219	0.9633	0.0474	1.0395	0.0509	-0.0981	0.0568	-0.1149	-0.0389	-0.171	-0.1521	0.6632	0.0421	0.2248	-0.0694	-0.0181	0.409	0.0112	0.2434	30.9365	38.5762	81.4125
23	1.7413	-0.4979	-0.2685	3.3502	-1.6133	1.8543	0.1526	-0.1942	0.1795	0.3229	-0.0305	0.053	-0.4076	-0.1312	-0.0762	0.2899	-0.1058	0.0033	0.2384	0.0135	0.2149	3.3093	42.1961	88.0309
24	3.1082	2.3617	-1.6529	2.894	-2.0384	6.9459	0.012	-0.1168	-0.3264	-0.0258	-0.0902	-0.0998	0.1556	0.1281	0.0932	0.26	-0.0515	-0.0852	0.1675	0.0363	0.2434	14.3439	26.9167	85.8159

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:40)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 41:72)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 73:106)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 107:216)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 217:246)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 247:257)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 4:53)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 54:97)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 98:159)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 160:216)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 217:246)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 247:256)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 4:31)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 32:134)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 135:173)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 174:225)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 226:246)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 247:251)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 4:31)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 32:108)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain D and resid 109:166)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 167:216)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 217:237)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 238:251)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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