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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u8a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of monomeric reversibly photoswitchable red fluorescent protein rsTagRFP in the OFF state | ||||||
![]() | Fluorescent protein rsTagRFP | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / beta-barrel / light induced reversible photoswitching / reversibly photoswitchable fluorescent protein / cis-trans isomerization | ||||||
機能・相同性 | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pletnev, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A structural basis for reversible photoswitching of absorbance spectra in red fluorescent protein rsTagRFP. 著者: Pletnev, S. / Subach, F.V. / Dauter, Z. / Wlodawer, A. / Verkhusha, V.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 373.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 317.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27639.455 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Ammonium Citrate, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.783→30 Å / Num. obs: 82797 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.355 / Net I/σ(I): 15.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.78 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 155.94 Å2 / Biso mean: 51.0663 Å2 / Biso min: 20 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.783→26.653 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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