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- PDB-3h1r: Order-disorder structure of fluorescent protein FP480 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h1r
タイトルOrder-disorder structure of fluorescent protein FP480
要素Fluorescent protein FP480
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / OD-structure / order-disorder structure
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Fluorescent protein FP480
機能・相同性情報
生物種Entacmaea Quadricolor (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Pletnev, S. / Morozova, K.S. / Verkhusha, V.V. / Dauter, Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Rotational order-disorder structure of fluorescent protein FP480
著者: Pletnev, S. / Morozova, K.S. / Verkhusha, V.V. / Dauter, Z.
履歴
登録2009年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein FP480


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3371
ポリマ－26,3371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.394, 91.394, 53.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Fluorescent protein FP480


分子量: 26336.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entacmaea Quadricolor (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VX33*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris, 25% PEG 3350, 200mM MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 4611 / % possible obs: 99.9 %
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.695 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→28.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / Occupancy max: 0.49 / Occupancy min: 0.49 / SU B: 13.668 / SU ML: 0.333 / ESU R Free: 0.526 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. THE COORDINATES REPRESENT THE CRYSTAL STRUCTURE OF FLUORESCENT PROTEIN FP480 SUFFERING FROM ROTATIONAL ORDER-DISORDER PATHOLOGY. THE LATTICE IS COMPOSED OF THE ...詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. THE COORDINATES REPRESENT THE CRYSTAL STRUCTURE OF FLUORESCENT PROTEIN FP480 SUFFERING FROM ROTATIONAL ORDER-DISORDER PATHOLOGY. THE LATTICE IS COMPOSED OF THE TETRAMERS WITH 222 SYMMETRY INCORPORATED INTO AN ARRAY IN TWO DIFFERENT ORIENTATIONS, ROTATED 90 DEGREES WITH RESPECT TO EACH OTHER AROUND THE CRYSTAL C-AXIS, WITH TETRAMER AXES COINCIDENT WITH CRYSTALLOGRAPHIC TWOFOLD AXES. THE DISTRIBUTION OF ALTERNATIVELY ORIENTED TETRAMERS IN THE CRYSTAL IS NEARLY RANDOM. THIS CREATES THE STRUCTURE WITH STATISTICALLY AVERAGED I422 SYMMETRY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 441 9.6 %
Rwork0.228 --
obs0.236 4602 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3----1.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→28.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 0 0 1797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221844
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1051.9872496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4755221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.12924.35385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.27715312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.649158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2231108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.75651789
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8796736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.748707
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.47 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 35 -
Rwork0.244 283 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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