PDB-3h1o: The Structure of Fluorescent Protein FP480

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h1o

タイトル

The Structure of Fluorescent Protein FP480

要素

Fluorescent protein FP480

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / OD-structure / order-disorder structure

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Fluorescent protein FP480

機能・相同性情報

生物種

Entacmaea Quadricolor (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Pletnev, S. / Morozova, K.S. / Verkhusha, V.V. / Dauter, Z.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Rotational order-disorder structure of fluorescent protein FP480
著者: Pletnev, S. / Morozova, K.S. / Verkhusha, V.V. / Dauter, Z.

履歴

登録	2009年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h1o.cif.gz	108.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h1o.ent.gz	83.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/3h1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/3h1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h1rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bxa-d 3svu-6 3svu-5 6dej-2 3ip2-1 4oj0-6 2zo6-1 2i7t-d 3e5v-1 4kgf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Fluorescent protein FP480

B: Fluorescent protein FP480

ヘテロ分子

53.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.208, 98.208, 108.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Fluorescent protein FP480 分子量: 26336.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entacmaea Quadricolor (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VX33*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 80mM citric acid, 20% PEG 3350, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 34954 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 1.111 / Net I/σ(I): 16.995

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	4	0.534	3439	1.047	1	100
2.07-2.15	4.2	0.421	3536	1.083	1	100
2.15-2.25	4.2	0.338	3490	1.169	1	100
2.25-2.37	4.2	0.248	3459	1.218	1	100
2.37-2.52	4.2	0.189	3504	1.17	1	100
2.52-2.71	4.2	0.146	3477	1.16	1	100
2.71-2.99	4.2	0.104	3479	1.126	1	100
2.99-3.42	4.2	0.073	3510	1.173	1	100
3.42-4.31	4.3	0.056	3505	1.079	1	100
4.31-30	4.2	0.041	3555	0.885	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SERGUI		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→29.21 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.833 / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	1396	4.04 %
R_work	0.175	-	-
obs	-	34552	99.98 %

溶媒の処理

B_sol: 61.601 Å² / k_sol: 0.372 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 164.15 Å² / B_iso mean: 39.835 Å² / B_iso min: 17.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.159 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.159 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.319 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3594	0	30	221	3845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.71	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.495	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.097	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2-2.01	0.232	476	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.01-2.021	0.233	462	X-RAY DIFFRACTION	66	94
2.021-2.031	0.215	535	X-RAY DIFFRACTION	66	98
2.031-2.042	0.211	520	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.042-2.053	0.187	511	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.053-2.065	0.202	466	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.065-2.076	0.194	515	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.076-2.088	0.215	502	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.088-2.1	0.202	502	X-RAY DIFFRACTION	66	95
2.1-2.113	0.205	506	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.113-2.125	0.199	489	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.125-2.138	0.208	524	X-RAY DIFFRACTION	66	95
2.138-2.152	0.207	495	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.152-2.165	0.206	486	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.165-2.179	0.199	515	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.179-2.194	0.208	506	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.194-2.209	0.207	482	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.209-2.224	0.196	510	X-RAY DIFFRACTION	66	94
2.224-2.24	0.214	509	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.24-2.256	0.185	498	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.256-2.272	0.197	489	X-RAY DIFFRACTION	66	98
2.272-2.289	0.194	530	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.289-2.307	0.197	479	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.307-2.325	0.204	495	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.325-2.344	0.184	522	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.344-2.363	0.18	493	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.363-2.383	0.19	510	X-RAY DIFFRACTION	66	94
2.383-2.404	0.196	489	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.404-2.425	0.189	503	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.425-2.448	0.199	518	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.448-2.471	0.189	501	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.471-2.495	0.187	500	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.495-2.52	0.173	518	X-RAY DIFFRACTION	66	95
2.52-2.546	0.214	464	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.546-2.573	0.198	511	X-RAY DIFFRACTION	66	95
2.573-2.601	0.202	469	X-RAY DIFFRACTION	66	94
2.601-2.63	0.183	499	X-RAY DIFFRACTION	66	95
2.63-2.661	0.179	533	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.661-2.694	0.168	471	X-RAY DIFFRACTION	66	95
2.694-2.728	0.184	521	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.728-2.764	0.195	508	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.764-2.802	0.21	496	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.802-2.842	0.19	520	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.842-2.884	0.186	500	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.884-2.929	0.178	517	X-RAY DIFFRACTION	66	97
2.929-2.977	0.175	487	X-RAY DIFFRACTION	66	96
2.977-3.028	0.203	507	X-RAY DIFFRACTION	66	96
3.028-3.083	0.2	495	X-RAY DIFFRACTION	66	96
3.083-3.142	0.191	510	X-RAY DIFFRACTION	66	96
3.142-3.207	0.163	499	X-RAY DIFFRACTION	66	96
3.207-3.276	0.181	518	X-RAY DIFFRACTION	66	98
3.276-3.352	0.149	511	X-RAY DIFFRACTION	66	96
3.352-3.436	0.146	475	X-RAY DIFFRACTION	66	94
3.436-3.529	0.164	510	X-RAY DIFFRACTION	66	95
3.529-3.632	0.153	499	X-RAY DIFFRACTION	66	95
3.632-3.749	0.164	504	X-RAY DIFFRACTION	66	96
3.749-3.883	0.151	504	X-RAY DIFFRACTION	66	96
3.883-4.038	0.145	502	X-RAY DIFFRACTION	66	96
4.038-4.221	0.138	510	X-RAY DIFFRACTION	66	94
4.221-4.443	0.128	502	X-RAY DIFFRACTION	66	96
4.443-4.72	0.128	495	X-RAY DIFFRACTION	66	96
4.72-5.083	0.137	501	X-RAY DIFFRACTION	66	95
5.083-5.592	0.148	521	X-RAY DIFFRACTION	66	97
5.592-6.393	0.176	501	X-RAY DIFFRACTION	66	95
6.393-8.027	0.196	517	X-RAY DIFFRACTION	66	96
8.027-29.213	0.188	523	X-RAY DIFFRACTION	66	96

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