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- PDB-3u8a: Crystal structure of monomeric reversibly photoswitchable red flu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u8a | ||||||
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Title | Crystal structure of monomeric reversibly photoswitchable red fluorescent protein rsTagRFP in the OFF state | ||||||
![]() | Fluorescent protein rsTagRFP | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / beta-barrel / light induced reversible photoswitching / reversibly photoswitchable fluorescent protein / cis-trans isomerization | ||||||
Function / homology | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pletnev, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: A structural basis for reversible photoswitching of absorbance spectra in red fluorescent protein rsTagRFP. Authors: Pletnev, S. / Subach, F.V. / Dauter, Z. / Wlodawer, A. / Verkhusha, V.V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 373.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 317.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 459.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 485 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 43 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27639.455 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.2M Ammonium Citrate, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.783→30 Å / Num. obs: 82797 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.355 / Net I/σ(I): 15.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.78 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.94 Å2 / Biso mean: 51.0663 Å2 / Biso min: 20 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.783→26.653 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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