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- PDB-3u80: 1.60 Angstrom Resolution Crystal Structure of a 3-Dehydroquinate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u80
タイトル1.60 Angstrom Resolution Crystal Structure of a 3-Dehydroquinate Dehydratase-like Protein from Bifidobacterium longum
要素3-dehydroquinate dehydratase, type II
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Light, S.H. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Lavie, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a type II dehydroquinate dehydratase-like protein from Bifidobacterium longum.
著者: Light, S.H. / Krishna, S.N. / Bergan, R.C. / Lavie, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2011年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase, type II
B: 3-dehydroquinate dehydratase, type II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4942
ポリマ－33,4942
非ポリマー00
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.004, 72.684, 81.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3-dehydroquinate dehydratase, type II


分子量: 16747.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア)
株: JDM301 / 遺伝子: BLJ_0876 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D6ZTY6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.95 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 8.4 mg/ml, 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, pH 8.3. Screen Pact B2 (Qiagen), 0.1 M MIB buffer, 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月6日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 35461 / Num. obs: 35461 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 40.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 1738 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2DHQ

2dhq


解像度: 1.6→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.912 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2027 1772 5 %RANDOM
Rwork0.17642 ---
obs0.17783 33629 99.79 %-
all-33629 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.278 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---1.15 Å20 Å2
3---1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1930 0 0 214 2144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022128
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021373
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.9622926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79133414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4355291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1825.36197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.69815377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.909159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.639 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 109 -
Rwork0.227 2235 -
obs--98.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30070.1017-0.06720.396-0.3480.3093-0.06630.0011-0.01890.12930.0616-0.0079-0.1204-0.04950.00460.08550.01920.01340.044-0.02190.0208-0.700154.071918.3557
22.3799-0.1658-0.84180.7786-0.18360.6345-0.1791-0.02440.06580.35560.0807-0.0442-0.0010.04640.09830.17510.042-0.00290.04810.0090.05345.014151.701322.5485
30.5032-0.2235-0.12390.3719-0.17790.2401-0.036-0.0070.01770.02010.0238-0.00350.0083-0.01670.01220.01950.00320.00090.0372-0.00590.0388-3.75555.91957.4727
40.63210.1862-0.34970.71090.11220.4447-0.0641-0.0068-0.0130.08720.0225-0.02090.01320.04450.04160.05230.0031-0.00130.02980.00620.03247.636147.340210.7447
50.13050.25430.03621.5118-0.83220.814-0.0308-0.0008-0.0946-0.1363-0.017-0.26520.06410.0150.04780.03460.01710.02850.0246-0.00550.079117.669931.2181-0.2258
60.14090.2514-0.22561.2612-0.06890.5271-0.03170-0.0367-0.0272-0.0104-0.05980.07690.01740.04210.03010.01340.00370.0177-0.01050.03213.597827.51862.4322
75.77752.06528.22681.00192.416812.7744-0.21260.17680.1596-0.08620.03970.1008-0.26860.28180.17290.0314-0.02550.0010.0261-0.01660.0826-0.454722.95370.9956
80.35710.0080.12041.4329-0.28370.09830.00450.01060.0060.09710.00630.0565-0.01460.0014-0.01080.0408-0.00070.01220.0273-0.00090.02667.428936.66316.4074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2A26 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3A50 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4A121 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 32
6X-RAY DIFFRACTION6B33 - 80
7X-RAY DIFFRACTION7B81 - 92
8X-RAY DIFFRACTION8B93 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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