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- PDB-3u1a: N-terminal 81-aa fragment of smooth muscle tropomyosin alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u1a
タイトルN-terminal 81-aa fragment of smooth muscle tropomyosin alpha
要素smooth muscle tropomyosin alpha
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Muscle contraction / Actin
機能・相同性
機能・相同性情報


Smooth Muscle Contraction / Striated Muscle Contraction / cytoskeletal protein binding / cardiac muscle contraction / actin filament organization / actin filament / actin filament binding / actin cytoskeleton / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity ...Smooth Muscle Contraction / Striated Muscle Contraction / cytoskeletal protein binding / cardiac muscle contraction / actin filament organization / actin filament / actin filament binding / actin cytoskeleton / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Tropomyosins signature. / Tropomyosin / Tropomyosin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tropomyosin alpha-1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jampani, N. / Dominguez, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural analysis of smooth muscle tropomyosin alpha and beta isoforms.
著者: Rao, J.N. / Rivera-Santiago, R. / Li, X.E. / Lehman, W. / Dominguez, R.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: smooth muscle tropomyosin alpha
B: smooth muscle tropomyosin alpha
C: smooth muscle tropomyosin alpha
D: smooth muscle tropomyosin alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4434
ポリマ－38,4434
非ポリマー00
水3,891216
1
A: smooth muscle tropomyosin alpha
B: smooth muscle tropomyosin alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2222
ポリマ－19,2222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
2
C: smooth muscle tropomyosin alpha
D: smooth muscle tropomyosin alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2222
ポリマ－19,2222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12270 Å2
手法PISA
3
A: smooth muscle tropomyosin alpha
B: smooth muscle tropomyosin alpha

C: smooth muscle tropomyosin alpha
D: smooth muscle tropomyosin alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4434
ポリマ－38,4434
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554x+1/2,-y+1/2,-z-11
Buried area8780 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area22700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.768, 63.181, 101.299
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
smooth muscle tropomyosin alpha


分子量: 9610.754 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 1-81 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P04268
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 0.1 M Sodium acetate, pH 4.4, 20 mM Calcium chloride, 30-33 % 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月8日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 26243 / Num. obs: 25949 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.05 % / Rmerge(I) obs: 0.1058 / Net I/σ(I): 14.59
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4198 / Mean I/σ(I) obs: 4.52 / Num. unique all: 3473 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JDirector(Rigaku)データ収集
PHENIXAutosolモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXAutosol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→39.519 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2652 1253 5.03 %RANDOM
Rwork0.2223 ---
all0.2245 24909 --
obs0.2245 24909 95.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.187 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.047 Å20 Å2-0 Å2
2--0.8771 Å20 Å2
3----7.9241 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.519 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2637 0 0 216 2853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9353557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9561098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003483
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.08010.33281250.26472420242089
2.0801-2.17480.27391310.25122446244690
2.1748-2.28940.32291340.22262516251693
2.2894-2.43280.26711380.23462599259995
2.4328-2.62060.30291390.23882626262696
2.6206-2.88430.2621410.2352664266497
2.8843-3.30150.25981440.22432708270898
3.3015-4.15880.24141470.19772782278299
4.1588-39.52630.25481540.21742895289599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5054-0.013-0.4230.2741-0.15510.44620.1329-0.12630.0621-0.0563-0.0529-0.0351-0.2759-0.07650.01610.3572-0.00710.01750.1265-0.01980.076820.62087.23019.4895
20.3589-0.0838-0.1470.25130.1360.2926-0.0669-0.1629-0.0278-0.0493-0.04120.0028-0.02210.28660.01490.3554-0.04080.00080.1153-0.010.069221.34125.714712.5096
30.18990.0405-0.15290.34740.0410.20130.04620.06910.0632-0.0515-0.00460.0282-0.07710.1637-0.09670.3760.01420.01590.10850.02740.08462.781624.043-6.9616
40.04740.0630.14270.3014-0.36190.35430.09080.08460.044-0.08640.08290.04630.20060.0182-0.12320.44310.0522-0.00880.18590.00110.11511.994122.5574-9.076
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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