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- PDB-3twx: Crystal structure of ARC4 from human Tankyrase 2 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3twx
タイトルCrystal structure of ARC4 from human Tankyrase 2 in complex with peptide from human FNBP1 (chimeric peptide)
要素
  • Tankyrase-2
  • human FNBP1
キーワードSIGNALING PROTEIN/PEPTIDE / ankyrin repeat / protein-protein interaction / substrate recruitment / poly(ADP-ribosyl)ation / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / TCF dependent signaling in response to WNT / nucleotidyltransferase activity / Degradation of AXIN / Regulation of PTEN stability and activity / Wnt signaling pathway / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Guettler, S. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Structural basis and sequence rules for substrate recognition by tankyrase explain the basis for cherubism disease.
著者: Guettler, S. / Larose, J. / Petsalaki, E. / Gish, G. / Scotter, A. / Pawson, T. / Rottapel, R. / Sicheri, F.
履歴
登録2011年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-2
B: Tankyrase-2
C: human FNBP1
D: human FNBP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,30112
ポリマ－39,4144
非ポリマー8878
水2,972165
1
A: Tankyrase-2
C: human FNBP1
ヘテロ分子

B: Tankyrase-2
D: human FNBP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,30112
ポリマ－39,4144
非ポリマー8878
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
Buried area6160 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area15210 Å2
手法PISA
2
A: Tankyrase-2
C: human FNBP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2106
ポリマ－19,7072
非ポリマー5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Tankyrase-2
D: human FNBP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0916
ポリマ－19,7072
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.196, 74.176, 103.343
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Tankyrase-2 / TANK2 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose ...TANK2 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein


分子量: 17851.180 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 488-649 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP5B, TANK2, TNKL, TNKS2 / プラスミド: pETM-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド human FNBP1


分子量: 1856.028 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid-state synthesized peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 173分子

#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M NaOAc pH 5.5, 2% (v/v) PEG 400, 2.5 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月18日
放射モノクロメーター: Si (220), Si (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 31795 / Num. obs: 31795 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→35.638 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0.29 / 位相誤差: 21.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2321 1598 5.05 %Random
Rwork0.1977 ---
obs0.1995 31622 98.24 %-
all-31622 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.155 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4323 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.111 Å20 Å2
3----0.5433 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2622 0 42 165 2829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072707
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.983654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7231001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.85980.31131320.28422401X-RAY DIFFRACTION88
1.8598-1.92620.2621290.25212738X-RAY DIFFRACTION99
1.9262-2.00330.27051550.20892709X-RAY DIFFRACTION99
2.0033-2.09450.22971340.18812725X-RAY DIFFRACTION99
2.0945-2.20490.23021410.18942740X-RAY DIFFRACTION99
2.2049-2.3430.20621490.18292730X-RAY DIFFRACTION100
2.343-2.52390.24331470.18292723X-RAY DIFFRACTION99
2.5239-2.77780.20741490.18852789X-RAY DIFFRACTION100
2.7778-3.17950.2361240.19172805X-RAY DIFFRACTION100
3.1795-4.0050.22211590.1872804X-RAY DIFFRACTION99
4.005-35.64540.23521790.20782860X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3396-0.9196-2.29176.71572.93584.03980.05520.1105-0.7947-0.0936-0.1508-0.05621.11990.1136-0.00470.36350.0803-0.02930.16170.00590.2113-7.2567-13.395-51.8384
27.8156-0.9428-5.29877.2166-0.32893.8739-0.1687-0.7588-0.04790.36120.0267-1.09590.36481.31060.10090.18570.0625-0.02950.31820.02660.2652-0.5162-5.0245-46.6792
33.6581-1.9068-2.39112.54741.27153.3902-0.06740.2754-0.1141-0.0230.06610.15530.53310.0921-0.00370.18690.0138-0.03140.1353-0.00760.1213-12.1103-6.5099-53.3293
47.9758-0.2609-4.96972.0961-1.76097.84340.1126-0.48820.82730.36350.0196-0.3134-0.51090.695-0.14360.1472-0.0165-0.04790.1649-0.02670.1904-6.07333.3527-48.9044
53.8977-1.1661-0.14461.89541.16634.3633-0.03880.2289-0.0686-0.0199-0.0080.08880.1351-0.3470.03950.0994-0.0181-0.0040.0780.0040.1067-19.9403-0.4472-52.9358
64.9810.4543-1.01561.154-0.3845.8670.0466-0.15710.95740.27070.01240.0357-0.96970.2243-0.10160.2056-0.0176-0.02030.099-0.02230.2006-15.88779.2708-46.5058
76.99623.41630.11585.78140.57462.5686-0.08030.63480.4375-0.2297-0.13420.2709-0.1364-0.36790.20380.09770.0478-0.00710.26640.01530.1417-26.01672.9873-56.8094
86.2507-0.21761.88863.4107-1.81267.0884-0.1922-0.72190.26080.2760.0784-0.17590.3571-0.41010.09960.15990.0195-0.0160.2672-0.03210.1567-29.9152.9068-46.3182
93.9586-1.5114-0.73432.11970.4572.0088-0.0879-0.39041.01140.15020.1447-0.4185-0.30660.0246-0.02380.17890.0758-0.09330.2007-0.17110.5313-26.103912.5389-45.0971
106.91621.5702-0.7375.15390.11624.0027-0.26140.83410.5636-0.4731-0.09330.071-0.1383-0.67240.23180.15980.0468-0.04540.359-0.01710.2469-36.05195.4255-55.4745
110.7051-1.25590.04894.1642.55953.642-0.3595-0.96270.55880.47220.22040.1077-0.1365-0.46530.12060.15910.1142-0.04040.5309-0.18680.3441-38.01117.8413-42.2007
125.48331.80894.81983.9490.34675.78070.068-0.08940.16550.0124-0.0573-0.7812-0.13591.1955-0.02320.17570.02630.02060.4225-0.02510.29643.47422.9374-21.6028
134.757-0.30150.15496.9126-1.46655.54780.26030.7436-0.5145-0.7235-0.0929-0.30250.76410.6349-0.0810.30130.1523-0.02230.406-0.05220.1978-0.7451-6.4623-27.5993
143.5699-0.44331.99880.2905-1.47147.83290.1967-0.0271-0.1350.4024-0.11620.09280.20170.2922-0.15310.27190.0236-0.00680.2159-0.02650.1394-3.0834-1.0785-15.7591
154.3397-0.51051.0715.55740.01685.5297-0.04680.00190.17960.11560.0482-0.267-0.3680.72570.00610.1549-0.03210.01520.12920.00940.1235-6.08447.0673-23.2601
162.79-1.2244-0.4076.0157-2.27226.18470.19610.1718-0.5917-0.1057-0.06340.23681.02580.249-0.1470.25690.0481-0.0340.1492-0.02990.1632-10.6772-5.6913-25.1371
172.5064-1.06710.45963.07551.14943.1417-0.0866-0.14170.12890.27230.0231-0.0414-0.30670.1280.0580.1784-0.0036-0.00180.065-0.0030.1065-13.99268.3205-20.7438
182.2509-2.9966-1.00345.5424-1.77078.1346-0.05770.0522-0.3581-0.2056-0.07470.59830.7719-0.52290.08130.1892-0.0322-0.01280.12710.00180.1275-20.69770.562-27.4138
193.33091.43160.68936.57720.57221.737-0.069-0.23310.13150.48440.02540.23360.0027-0.15190.04340.26880.04340.01070.1026-0.00610.1529-19.789211.9898-16.8191
203.5728-1.671-2.86186.60221.05297.37870.32880.23130.1734-0.7711-0.2363-0.2244-0.10180.1926-0.09280.33620.0927-0.03060.1467-0.03380.2126-21.404116.0469-27.1027
210.54020.0563-0.23152.0983-0.40690.48110.06490.1444-0.35910.2055-0.08980.5478-0.1567-0.1952-0.07760.24010.1041-0.08170.1642-0.10770.439-27.232214.4278-23.0553
220.5763-0.8601-0.09051.29290.06110.66860.26340.3995-0.3031-0.674-0.29360.615-0.0871-0.18480.17780.48890.2339-0.12760.2689-0.10110.3148-29.305321.2245-30.7435
236.5462-1.06492.40861.434-1.70684.26110.3183-0.0178-0.30390.1872-0.33920.26840.6072-0.6251-0.01740.211-0.04770.04270.1452-0.04710.153-23.0755-6.7516-44.389
244.0025-3.5054-1.86386.07270.5492.9041-0.0874-0.10140.3956-0.12190.3973-0.2194-0.62330.556-0.29930.2601-0.1073-0.01950.18620.0210.1518-9.600914.3218-29.1562
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 487:502)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 503:511)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 512:538)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 539:548)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 549:571)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 572:580)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 581:594)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 595:604)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 605:614)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 615:628)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resseq 629:644)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 487:502)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 503:511)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 512:521)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 522:538)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 539:548)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resseq 549:571)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resseq 572:580)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resseq 581:594)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resseq 595:604)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resseq 605:627)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resseq 628:644)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C'
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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