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万見
- PDB-3tt9: Crystal structure of the stable degradation fragment of human pla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tt9
タイトルCrystal structure of the stable degradation fragment of human plakophilin 2 isoform a (PKP2a) C752R variant
要素Plakophilin-2
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of protein localization at cell tip / maintenance of animal organ identity / intermediate filament bundle assembly / intermediate filament binding / regulation of cell-substrate adhesion / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading ...maintenance of protein localization at cell tip / maintenance of animal organ identity / intermediate filament bundle assembly / intermediate filament binding / regulation of cell-substrate adhesion / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / desmosome assembly / cell tip / desmosome / alpha-catenin binding / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / positive regulation of sodium ion transport / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / ventricular cardiac muscle cell action potential / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / intermediate filament / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / sodium channel regulator activity / protein kinase C binding / protein localization to plasma membrane / adherens junction / cell-cell adhesion / cell junction / cell-cell junction / cell-cell signaling / heart development / molecular adaptor activity / transmembrane transporter binding / cadherin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Plakophilin/Delta catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Schuetz, A. / Roske, Y. / Gerull, B. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Circ Cardiovasc Genet / 年: 2012
タイトル: Molecular insights into arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy caused by plakophilin-2 missense mutations.
著者: Kirchner, F. / Schuetz, A. / Boldt, L.H. / Martens, K. / Dittmar, G. / Haverkamp, W. / Thierfelder, L. / Heinemann, U. / Gerull, B.
履歴
登録2011年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plakophilin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3983
ポリマ－26,2141
非ポリマー1842
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.350, 63.038, 74.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Plakophilin-2


分子量: 26214.057 Da / 分子数: 1 / 断片: ARM domains 1, 2, and 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: amino acids 346-817 expressed, stable fragment (aa 346-576) purified and crystallized
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKP2 / プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q99959
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHOR STATES THAT THEY CRYSTALLIZED ISOFORM A WHICH IS EQUIVALENT TO ISOFORM 1. THE SEQUENCE ...THE AUTHOR STATES THAT THEY CRYSTALLIZED ISOFORM A WHICH IS EQUIVALENT TO ISOFORM 1. THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE CORRESPONDING TO THIS ISOFORM IS UNP Q99959-2.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: reservoir: 22% (w/v) PEG 3350, 75 M malonic acid pH 7.0, protein: 5 mg/mL in 20 mM HEPES, NaOH pH 7.5, 0.1 M NaCl, 3 mM DTT, mix 1:1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月19日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→35 Å / Num. all: 32554 / Num. obs: 32363 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEGUIデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XM9

1xm9


解像度: 1.55→33.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.809 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19231 1619 5 %RANDOM
Rwork0.15822 ---
all0.15994 32554 --
obs0.15994 30744 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→33.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1831 0 12 282 2125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5951.9772636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9225256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11524.74297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85315369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8981517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9221.51193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58521931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7543749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4664.5693
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 115 -
Rwork0.202 2180 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.307-0.23820.15730.4219-0.28440.2190.01440.0174-0.0162-0.0155-0.015-0.0040.00610.0210.00060.0042-0.00130.0010.0059-0.00370.010515.349-3.51620.091
21.5614-1.273-0.20232.2771-1.53423.98580.09260.1813-0.1681-0.0313-0.00840.2080.0873-0.2427-0.08420.02610.0061-0.01210.0594-0.02220.0529-5.7563.701-1.071
30.69930.07730.12110.71450.03940.2781-0.0261-0.034-0.00720.00130.04450.0297-0.0207-0.0204-0.01840.00920.00410.00120.00630.00370.0098-4.3612.28112.956
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A344 - 491
2X-RAY DIFFRACTION2A492 - 506
3X-RAY DIFFRACTION3A507 - 576

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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