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- PDB-3tpx: Crystal structure of human MDM2 in complex with a trifluoromethyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tpx
タイトルCrystal structure of human MDM2 in complex with a trifluoromethylated D-peptide inhibitor
要素
  • D-peptide inhibitor DPMI-delta
  • E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex / MDM2-D-peptide inhibitor complex / p53-binding domain of MDM2-D-peptide inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / response to ether / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / fibroblast activation / atrial septum development / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / response to ether / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / fibroblast activation / atrial septum development / receptor serine/threonine kinase binding / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / peroxisome proliferator activated receptor binding / SUMO transferase activity / negative regulation of protein processing / response to iron ion / response to steroid hormone / NEDD8 ligase activity / cellular response to peptide hormone stimulus / AKT phosphorylates targets in the cytosol / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of muscle cell differentiation / cellular response to alkaloid / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / regulation of protein catabolic process / blood vessel development / cardiac septum morphogenesis / ligase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / response to magnesium ion / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / protein localization to nucleus / cellular response to UV-C / blood vessel remodeling / cellular response to estrogen stimulus / protein autoubiquitination / cellular response to actinomycin D / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / transcription repressor complex / NPAS4 regulates expression of target genes / regulation of heart rate / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of protein export from nucleus / ubiquitin binding / proteolysis involved in protein catabolic process / response to cocaine / Stabilization of p53 / protein destabilization / Regulation of RUNX3 expression and activity / establishment of protein localization / RING-type E3 ubiquitin transferase / cellular response to growth factor stimulus / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / cellular response to gamma radiation / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / disordered domain specific binding / endocytic vesicle membrane / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / 5S rRNA binding / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-peptide inhibitor DPMI-delta / ACETATE ION / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wu, X. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: An Ultrahigh Affinity d-Peptide Antagonist Of MDM2.
著者: Zhan, C. / Zhao, L. / Wei, X. / Wu, X. / Chen, X. / Yuan, W. / Lu, W.Y. / Pazgier, M. / Lu, W.
履歴
登録2011年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42013年6月19日Group: Structure summary
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: D-peptide inhibitor DPMI-delta
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: D-peptide inhibitor DPMI-delta
E: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
F: D-peptide inhibitor DPMI-delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,57818
ポリマ－34,8776
非ポリマー70212
水4,053225
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: D-peptide inhibitor DPMI-delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7223
ポリマ－11,6262
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area5890 Å2
手法PISA
2
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: D-peptide inhibitor DPMI-delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0669
ポリマ－11,6262
非ポリマー4407
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area5670 Å2
手法PISA
3
E: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
F: D-peptide inhibitor DPMI-delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7916
ポリマ－11,6262
非ポリマー1654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area5950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.532, 211.811, 45.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-392-

HOH

21C-346-

HOH

31E-351-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / Polypeptide(D) , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 10044.889 Da / 分子数: 3 / 断片: p53 binding domain (UNP residues 25-109) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q00987, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: Polypeptide(D) D-peptide inhibitor DPMI-delta


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1580.729 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 参照: D-peptide inhibitor DPMI-delta

-
非ポリマー , 4種, 237分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M MES, pH 5.5, 25% PEG4000, 0.15 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月29日
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 34913 / Num. obs: 34765 / % possible obs: 58.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 40.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.781 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LNJ

3lnj


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.066 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23118 1585 5 %RANDOM
Rwork0.19769 ---
obs0.19942 30272 99.43 %-
all-30272 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2398 0 36 225 2659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6852.0913301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.835257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.31923.11190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.34315428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1681512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6881.51414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.95322246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.07731064
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3324.51054
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 113 -
Rwork0.252 2172 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8644-0.2780.64351.17420.08760.5798-0.09020.13090.06840.14260.0386-0.0733-0.02410.07620.05160.0574-0.0324-0.03150.14330.01140.081122.6911-47.13945.9224
20.42020.07030.27891.3255-0.53691.5794-0.0174-0.05440.0314-0.16080.1330.0702-0.1215-0.2413-0.11550.1219-0.001-0.07180.09550.04990.11269.6377-28.4365-3.2556
30.8253-0.180.10691.3871-0.06630.46970.07030.0195-0.03020.28220.0128-0.1816-0.02530.0106-0.08310.1283-0.0155-0.07110.0130.02430.127120.2131-9.2757.8303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2C26 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3E25 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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