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- PDB-3tnz: Crystal structure of Mus musculus iodotyrosine deiodinase (IYD) C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tnz
タイトルCrystal structure of Mus musculus iodotyrosine deiodinase (IYD) C217A, C239A bound to FMN and mono-iodotyrosine (MIT)
要素Iodotyrosine dehalogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / DEHALOGENASE / IODIDE SALVAGE / FMN / MONO-IODOTYROSINE / MIT / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


Thyroxine biosynthesis / iodotyrosine deiodinase / iodotyrosine deiodinase activity / thyroid hormone metabolic process / tyrosine metabolic process / cytoplasmic vesicle membrane / FMN binding / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 3-IODO-TYROSINE / Iodotyrosine deiodinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Buss, J.M. / McTamney, P.M. / Rokita, S.E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Expression of a soluble form of iodotyrosine deiodinase for active site characterization by engineering the native membrane protein from Mus musculus.
著者: Buss, J.M. / McTamney, P.M. / Rokita, S.E.
履歴
登録2011年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iodotyrosine dehalogenase 1
B: Iodotyrosine dehalogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,93610
ポリマ－59,8472
非ポリマー2,0898
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13560 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.986, 108.986, 49.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 66:286 )
211chain B and (resseq 66:286 )

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Iodotyrosine dehalogenase 1 / IYD-1


分子量: 29923.273 Da / 分子数: 2 / 変異: C217A, C239A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: 10090 / 遺伝子: Dehal1, Iyd, IYD-1 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: Q9DCX8, EC: 1.22.1.1

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非ポリマー , 5種, 306分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-IYR / 3-IODO-TYROSINE / 3-ヨ-ド-L-チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 307.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10INO3
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG 10,000, 0.1M citric acid pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月1日
放射モノクロメーター: KOHZU HLD8-24 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 31135 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8 % / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3065 / Rsym value: 0.593 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CCP4Phaserモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4Phaser位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GFD

3gfd


解像度: 2.25→26.537 Å / SU ML: 0.72 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2003 1567 5.04 %RANDOM
Rwork0.1706 ---
obs0.1721 31094 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.381 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0042 Å2-0 Å20 Å2
2---0.0042 Å20 Å2
3---0.0085 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→26.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3572 0 128 298 3998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3845142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6271456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007638
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1773X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1773X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.32060.33751230.27212601X-RAY DIFFRACTION96
2.3206-2.40350.25731320.24042704X-RAY DIFFRACTION100
2.4035-2.49970.27811420.20232716X-RAY DIFFRACTION100
2.4997-2.61330.2511540.20572654X-RAY DIFFRACTION100
2.6133-2.7510.22421450.16012702X-RAY DIFFRACTION100
2.751-2.92310.17871590.16922691X-RAY DIFFRACTION100
2.9231-3.14850.21521490.16162685X-RAY DIFFRACTION100
3.1485-3.46470.19121230.16352705X-RAY DIFFRACTION100
3.4647-3.96460.18011380.15292686X-RAY DIFFRACTION100
3.9646-4.98960.14771610.1242704X-RAY DIFFRACTION100
4.9896-26.53840.18731410.17952679X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2147-0.2910.04710.7651-0.02970.82530.040.0401-0.0838-0.0469-0.0012-0.03830.02730.0983-0.03820.13410.0365-0.00770.1675-0.0060.14439.5607-9.95428.4838
21.1057-0.3968-0.00880.93930.05890.76970.0114-0.0683-0.03460.02880.01390.0876-0.0615-0.0712-0.02610.12510.0307-0.00440.17460.00840.140825.9248-2.158414.4572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 66:287)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 66:286)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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