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万見
- PDB-3tn5: Crystal structure of GkaP mutant Y99L from Geobacillus kaustophil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tn5
タイトルCrystal structure of GkaP mutant Y99L from Geobacillus kaustophilus HTA426
要素Phosphotriesterase
キーワードHYDROLASE / phosphotriesterase / lactonase
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / catabolic process / hydrolase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Phosphotriesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者An, J. / Zhang, Z. / Zhang, Y. / Feng, Y. / Wu, G.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Engineering a thermostable lactonase for enhanced phosphotriesterase activity against organophosphate pesticides
著者: An, J. / Zhang, Z. / Zhang, Y. / Feng, Y. / Wu, G.
履歴
登録2011年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotriesterase
B: Phosphotriesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3047
ポリマ－79,9732
非ポリマー3315
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area24800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.357, 80.295, 92.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphotriesterase


分子量: 39986.461 Da / 分子数: 2 / 変異: Y99L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
株: HTA426 / 遺伝子: GK1506 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: Q5KZU5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 % / Mosaicity: 0.367 °
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14% PEG 20000, 0.1M MES pH6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 74050

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.165 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24928 3732 5 %RANDOM
Rwork0.22192 ---
obs-70261 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.19 Å2 / Biso mean: 27.3618 Å2 / Biso min: 12.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20.13 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5088 0 9 500 5597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.881.9627042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6025646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.94923.76250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97715870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9671538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1931.53210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.3625158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.38531994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6824.51884
LS精密化 シェル解像度: 1.752→1.798 Å / Total num. of bins used: 20
反射数%反射
Rfree262 -
Rwork5098 -
all5360 -
obs-97.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3160.0818-0.16710.5525-0.22290.801-0.0295-0.0267-0.0350.05390.03230.02990.0641-0.072-0.00280.0354-0.0054-0.00550.07030.01290.05597.8485-24.082135.0458
20.66760.104-0.09020.7344-0.18020.7927-0.00980.00710.0133-0.01270.011-0.0106-0.0743-0.0063-0.00120.0108-0.0001-0.00550.00020.00030.014829.0634-3.54339.7431
30.1046-0.2262-0.16470.4970.36490.2689-0.0164-0.009-0.01120.0370.00080.02250.0277-0.00560.01550.0291-0.0304-0.03610.06790.0420.055320.2318-13.711923.9969
40.22040.1127-0.13570.2322-0.12890.3203-0.0096-0.0085-0.0027-0.00470.0131-0.00070.0147-0.017-0.00350.07930.0054-0.01450.085-0.00140.09919.7-13.345620.6403
574.7162-112.064-72.8405236.339947.705126.5054-0.72550.32390.03770.31550.0325-0.88921.36-0.81090.6930.1628-0.00870.00950.2360.03120.13124.813-1.390816.5828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 326
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 326
3X-RAY DIFFRACTION3A327 - 328
4X-RAY DIFFRACTION3B327 - 328
5X-RAY DIFFRACTION4A329 - 576
6X-RAY DIFFRACTION4B330 - 581
7X-RAY DIFFRACTION5B329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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