PDB-4h9u: Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, wild-type with Zn2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h9u

タイトル

Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, wild-type with Zn2+

要素

Phosphotriesterase

キーワード

HYDROLASE / (beta/alpha)8 barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / catabolic process / hydrolase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.099 Å

データ登録者

Xue, B. / Chow, J.Y. / Yew, W.S. / Robinson, R.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural evidence of a productive active site architecture for an evolved quorum-quenching GKL lactonase.
著者: Xue, B. / Chow, J.Y. / Baldansuren, A. / Yap, L.L. / Gan, Y.H. / Dikanov, S.A. / Robinson, R.C. / Yew, W.S.

履歴

登録	2012年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h9u.cif.gz	270.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h9u.ent.gz	218.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h9u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/4h9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/4h9u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h9tC 4h9vC 4h9xC 4h9yC 4h9zC 4ha0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tnb-d 4ha0-d 6jst-1 3f4d-d 6jsu-d 4wvx-d 4h9z-d 6jst-2 3tn5-d 3tn3-d 4ker-1 3a3w-1 4ker-2 4pcn-d 4h9y-d 5vej-2 4xay-d 3so7-1 6fu6-d 4kes-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
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プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
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#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase

B: Phosphotriesterase

ヘテロ分子

74 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.340, 157.122, 49.936
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.180, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain 'A' and (resseq 3:99 or resseq 108:144 or resseq...	A	0
2	1	1	chain 'B' and (resseq 3:99 or resseq 108:144 or resseq...	B	0

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.270367, -0.712584, 0.6474), (-0.712294, -0.600454, -0.363444), (0.647718, -0.362876, -0.669912)
ベクター: 7.56682, 56.7556, 47.446301)

#1: タンパク質	Phosphotriesterase 分子量: 36879.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: GK1506 / プラスミド: pET-15b, modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5KZU5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: sitting-drop vapor diffusion / pH: 7.5 詳細: 100 mM Tris, pH 7.5, 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) glycerol, 0.1 mM ZnCl2, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月6日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.099→30 Å / Num. all: 37427 / Num. obs: 37427 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 0.875 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	3	0.418	1786	0.774	1	92.5
2.14-2.18	3.1	0.38	1824	0.811	1	95.9
2.18-2.22	3.3	0.377	1821	0.784	1	97.4
2.22-2.26	3.3	0.357	1871	1.57	1	96.4
2.26-2.31	3.6	0.321	1838	0.845	1	98
2.31-2.37	3.7	0.218	1902	0.796	1	98.1
2.37-2.42	3.7	0.194	1833	0.815	1	98.4
2.42-2.49	3.8	0.159	1895	0.785	1	98.5
2.49-2.56	3.8	0.132	1863	0.788	1	98.2
2.56-2.65	3.8	0.113	1887	0.775	1	98.8
2.65-2.74	3.8	0.118	1861	1.08	1	98.5
2.74-2.85	3.8	0.09	1899	0.853	1	98.9
2.85-2.98	3.8	0.071	1886	0.834	1	98.6
2.98-3.14	3.8	0.061	1884	0.832	1	99
3.14-3.33	3.8	0.054	1886	0.814	1	99.2
3.33-3.59	3.8	0.054	1895	0.978	1	99.2
3.59-3.95	3.7	0.054	1907	1.088	1	99.1
3.95-4.52	3.7	0.048	1878	0.9	1	99.2
4.52-5.69	3.6	0.045	1888	0.726	1	97.8
5.69-30	3.8	0.047	1923	0.698	1	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 33.56 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	19.89 Å
Translation	3.5 Å	19.89 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.099→19.889 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2168	1695	5.01 %	random
R_work	0.1725	-	-	-
all	0.1747	33812	-	-
obs	0.1747	33812	88.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.337 Å² / k_sol: 0.318 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.37 Å² / B_iso mean: 32.5037 Å² / B_iso min: 4.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.4845 Å²	0 Å²	0.1237 Å²
2-	-	0.651 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.3652 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.099→19.889 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5086	0	6	273	5365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5204
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.288	7042
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	930
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.752	1930

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2333	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
1	2	B	2333	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.099-2.1607	0.2661	54	0.2042	1123	1177	37
2.1607-2.2303	0.2639	82	0.2145	1784	1866	59
2.2303-2.3099	0.305	122	0.2359	2447	2569	82
2.3099-2.4023	0.2361	172	0.1983	2910	3082	98
2.4023-2.5114	0.2588	160	0.1897	2983	3143	98
2.5114-2.6435	0.2454	143	0.1857	2969	3112	99
2.6435-2.8087	0.2257	169	0.194	2952	3121	99
2.8087-3.0249	0.2488	164	0.1964	2972	3136	99
3.0249-3.328	0.2249	141	0.1862	3003	3144	99
3.328-3.8067	0.2021	151	0.1648	2991	3142	99
3.8067-4.785	0.1821	157	0.131	3001	3158	99
4.785-19.8895	0.1845	180	0.1505	2982	3162	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0078	0.0112	-0.0053	0.0181	-0.0071	0.0018	-0.001	0.0091	-0.0055	-0.0068	0.0351	-0.0323	0.0027	0.0296	0.0484	0.1536	0.0416	0.0719	0.1634	-0.1211	0.2903	15.1305	0.6505	9.8795
2	0.0489	0.002	-0.0074	0.0122	0.0139	0.0273	0.0155	-0.0253	-0.024	0.1809	-0.0197	-0.0419	-0.0001	0.021	-0.0009	0.2042	-0.052	-0.0034	0.0679	-0.0244	0.0616	4.518	15.425	27.1678
3	0	-0	-0	0.0001	0.0001	0.0002	0.0019	-0.0009	-0.001	-0.0073	-0.001	-0	0.0065	-0.0106	0	0.4812	0.0766	-0.0807	0.2739	0.0648	0.192	10.8963	9.8714	35.7147
4	0.0346	-0.0027	0.0159	0.0034	-0.01	0.0302	-0.0055	-0.0348	-0.0078	0.033	0.0152	-0.0078	-0.0036	-0.0086	0.02	0.5192	0.0318	-0.1186	0.1847	0.0587	0.1906	6.0543	-2.0353	27.2893
5	0.0405	-0.0056	-0.0107	0.0401	0.0056	0.0076	0.0629	-0.0811	-0.0291	0.0417	0.0117	-0.0415	0.0638	0.068	0.0464	0.102	0.0007	-0.0234	0.136	-0.0217	0.0961	9.2093	10.0526	20.0294
6	0.0123	0.0004	-0.0051	0.0003	-0.0002	0.0026	-0.0083	-0.0052	0.0153	0.0154	0.0158	-0.0263	-0.0194	0.0073	0.0467	0.3308	0.0738	-0.1872	0.2733	0.0184	0.3714	16.9672	3.0536	25.3905
7	0.1236	-0.0664	0.044	0.0442	0.0078	0.1887	0.0687	-0.006	-0.0039	0.0347	0.0947	0.0434	-0.0451	0.042	0.1423	0.0745	-0.016	0.0285	0.0814	0.0002	0.085	6.7176	18.5452	17.5964
8	0.0001	-0.0001	-0	0.0002	0	0.0001	0.0053	-0.0123	-0.0095	-0.002	0.0026	-0.0034	-0.0122	-0.008	0	0.2548	-0.0802	0.0836	0.1818	-0.0456	0.1737	8.9234	36.1798	13.4224
9	0.0093	0.0118	-0.006	0.016	-0.0151	0.022	-0.0104	0.0235	-0.0246	-0.0263	0.0251	-0.0257	-0.0291	0.0225	0.0246	0.1615	-0.2656	0.2144	0.2037	-0.0723	0.1501	14.9682	25.103	8.663
10	0.1058	0.0141	-0.0179	0.0938	-0.0203	0.0075	0.0001	-0.0309	-0.0304	0.0344	0.0276	-0.1831	-0.0013	0.1124	0.0878	-0.0303	-0.0137	-0.0048	0.1917	-0.0624	0.1506	12.9902	15.9704	13.9765
11	0.048	0.018	0.0146	0.022	0.0266	0.0343	-0.0061	-0.0036	0.0129	-0.0085	0.0098	0.0023	-0.0243	0.0117	0.0093	0.1609	-0.0366	-0.0966	0.0887	0.0088	0.1025	-5.7925	27.6817	9.3591
12	0.0003	-0.0001	0.0012	0.0248	-0.0055	0.0042	-0.035	0.0402	-0.0141	-0.0452	0.0349	-0.0322	-0.0466	0.0475	-0.0234	0.215	-0.1962	0.147	0.2017	-0.0191	0.0147	7.7916	21.613	4.637
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15	0.0081	0.0093	0.0022	0.0114	0.0026	0.0007	0.0187	0.014	-0.0053	0.0011	-0.0011	0.008	0.0019	0.0038	0.0066	0.1142	-0.0807	0.0078	0.4011	-0.0053	0.3946	-16.5938	4.34	14.7469
16	0.0446	0.0016	-0.0063	0.0141	0.0215	0.0362	-0.0036	0.0173	-0.041	-0.0342	-0.0071	0.0386	0.0425	-0.0421	-0.0169	0.1904	-0.1133	-0.0617	0.1721	-0.0902	0.2367	-9.4679	0.8733	3.1225
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23	0.0022	0.0011	-0.0016	0.0029	-0.0006	0.0034	0.0083	-0.0041	0.0137	-0.0156	0.0012	-0.0278	0.0081	0.0092	-0	0.1954	0.0515	-0.0013	0.4902	-0.1104	0.4837	26.6747	30.0104	27.0497
24	0.0073	0.0113	0.0036	0.0275	0.0029	0.0066	-0.0002	0.0265	0.0184	-0.0035	0.0104	-0.0147	-0.0128	0.0324	-0.0012	0.0945	-0.0719	0.0021	0.3344	-0.2114	0.5405	28.3807	43.6629	33.9019
25	0.0977	-0.0211	0.072	0.0045	-0.0229	0.1014	-0.0158	-0.016	0.0435	0.0753	0.0326	-0.1037	-0.0181	0.0186	0.0763	-0.0736	-0.0269	-0.2136	0.0176	-0.0591	0.009	15.9436	36.8312	36.401
26	0.049	-0.0155	0.022	0.0448	-0.0007	0.0263	-0.0004	-0.0004	0.0058	-0.0046	0.011	-0.0166	0.003	0.0113	0.0233	0.1984	0.0827	-0.2217	0.1383	-0.0626	0.2975	26.5037	33.5329	40.3984
27	0.0058	-0.0216	-0.0004	0.0648	-0.0049	0.0035	-0.085	0.0574	0.055	0.11	-0.0174	-0.0854	-0.0047	-0.0202	-0.1434	0.0884	-0.0295	-0.0573	0.0958	-0.0209	0.1318	7.6626	34.3738	33.3358
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32	0.0145	0.0091	0.0039	0.0048	0.0041	0.0019	-0.026	0.0209	-0.0277	0.0723	-0.0238	0.0577	0.0273	-0.0358	-0.089	0.2074	-0.2044	0.3371	0.2016	-0.0987	0.309	-2.6271	36.4723	41.5982
33	0.211	-0.0377	0.0749	0.0435	0.0798	0.2758	-0.0074	0.0963	0.0453	0.0047	-0.1579	0.2625	-0.0157	-0.1329	-0.3041	0.1049	0.0106	0.0417	0.1339	-0.0742	0.2792	-1.4055	49.4115	35.2444
34	0.0369	0.0205	0.0242	0.0179	0.0104	0.0175	-0.1002	0.11	0.0181	-0.1199	-0.0098	0.1595	-0.0935	0.0063	-0.0034	0.2112	-0.017	0.0428	0.1443	-0.0031	0.3243	5.3913	52.3249	31.1836
35	0.0015	-0.0011	0.0003	0.0007	-0.0005	0.0038	-0.0187	0.0275	0.0061	-0.0471	-0.0203	0.0116	0.0186	0.0022	0	0.4145	0.0211	-0.0672	0.2634	0.1248	0.2751	9.6538	60.5584	25.3094
36	0.0119	0.0024	-0.0161	0.005	-0.007	0.0233	-0.0536	0.0006	-0.03	0.0586	-0.0397	0.0308	0.0324	-0.029	-0.0108	0.1912	-0.007	-0.0429	0.0557	-0.0318	0.2415	6.4968	61.7772	38.9691
37	0.1064	0.0003	-0.0097	0.0495	0.0138	0.0057	-0.0175	0.0725	0.0169	-0.05	0.0187	-0.0363	-0.0261	-0.0167	-0.0729	0.1842	-0.0956	0.1228	0.194	-0.0473	0.1945	17.3685	42.0333	21.101
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39	0.0291	0.012	0.0055	0.0256	-0.0002	0.0334	0.0097	-0.016	0.0066	0.0117	0.0066	-0.0117	0.0004	-0.002	0.0173	0.2136	-0.1235	-0.0425	0.053	0.0295	0.2259	17.5099	67.3999	38.4613
40	0.0241	-0.0048	0.0029	0.0013	-0	0.001	0.0055	-0.0018	0.0145	0.0518	0.0196	-0.0029	0.0344	0.0057	0.0063	0.2959	-0.0127	-0.0192	0.0808	-0.0177	0.1275	13.1769	54.008	45.3946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:19)	A	3 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 20:41)	A	20 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 42:47)	A	42 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 48:61)	A	48 - 61
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 62:81)	A	62 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 82:87)	A	82 - 87
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 88:109)	A	88 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 110:114)	A	110 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 115:131)	A	115 - 131
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 132:149)	A	132 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 150:155)	A	150 - 155
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 156:175)	A	156 - 175
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 176:217)	A	176 - 217
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 218:240)	A	218 - 240
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 241:248)	A	241 - 248
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 249:262)	A	249 - 262
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 263:282)	A	263 - 282
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 283:302)	A	283 - 302
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 303:310)	A	303 - 310
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 311:325)	A	311 - 325
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 3:19)	B	3 - 19
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 20:41)	B	20 - 41
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 42:47)	B	42 - 47
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 48:61)	B	48 - 61
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 62:81)	B	62 - 81
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 82:87)	B	82 - 87
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 88:109)	B	88 - 109
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 110:114)	B	110 - 114
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 115:131)	B	115 - 131
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 132:149)	B	132 - 149
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 150:155)	B	150 - 155
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 156:175)	B	156 - 175
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 176:217)	B	176 - 217
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 218:240)	B	218 - 240
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 241:248)	B	241 - 248
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 249:262)	B	249 - 262
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 263:282)	B	263 - 282
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 283:302)	B	283 - 302
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 303:310)	B	303 - 310
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 311:325)	B	311 - 325

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)