PDB-6jsu: Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, Y99C/D266N doubl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jsu

タイトル

Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, Y99C/D266N double mutant

要素

Phosphotriesterase

キーワード

HYDROLASE / Alpha-Beta Barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / catabolic process / hydrolase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Xue, B. / Yew, W.S.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Directed Computational Evolution of Quorum-Quenching Lactonases from the Amidohydrolase Superfamily.
著者: Go, M.K. / Zhao, L.N. / Xue, B. / Supekar, S. / Robinson, R.C. / Fan, H. / Yew, W.S.

履歴

登録	2019年4月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jsu.cif.gz	276.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jsu.ent.gz	221.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/6jsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/6jsu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jssC 6jstC 4h9uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h9y-d 6jst-1 3f4d-d 2d2h-1 3tn3-d 4h9z-d 3tnb-d 4h9u-d 3tn5-d 3a3w-1 4ha0-d 6gbk-d 3ojg-1 4wvx-d 6jst-2 4ker-1 3wml-1 6g0m-1 2r1k-2 5vej-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
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アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
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#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase

B: Phosphotriesterase

ヘテロ分子

73.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.600, 157.487, 50.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphotriesterase 分子量: 36818.910 Da / 分子数: 2 / 変異: Y99C, D266N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: GK1506 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5KZU5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 17.00% w/v PEG 20000, 0.10 M TRIS-HCl, pH 8.5, 0.10 M MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→45.078 Å / Num. obs: 61214 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.505 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 1.159 / Net I/σ(I): 16.01 / Num. measured all: 421538

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.9	3.495	0.272	3.49	65890	19932	18855	0.947	0.321	94.6
1.9-2.04	3.407	0.156	5.87	62430	18550	18326	0.98	0.186	98.8
2.04-2.2	3.556	0.099	9.64	60578	17313	17037	0.992	0.117	98.4
2.2-2.41	3.632	0.072	14.07	57327	15940	15786	0.995	0.084	99
2.41-2.69	3.515	0.055	18.65	50264	14455	14298	0.996	0.065	98.9
2.69-3.11	3.375	0.044	23.88	42183	12684	12500	0.997	0.052	98.5
3.11-3.8	3.637	0.036	32.31	38877	10790	10690	0.998	0.043	99.1
3.8-5.35	3.397	0.032	35.08	27855	8349	8201	0.998	0.038	98.2
5.35-45.078	3.533	0.03	36.53	16134	4691	4567	0.998	0.035	97.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	29.65 Å
Translation	3.5 Å	29.65 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4H9U

4h9u

解像度: 1.8→19.873 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 21.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1899	6382	5.32 %
R_work	0.1595	-	-
obs	0.1612	60749	98.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.56 Å² / B_iso mean: 31.4311 Å² / B_iso min: 12.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→19.873 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5074	0	6	467	5547
B_iso mean	-	-	20.91	40.06	-
残基数	-	-	-	-	646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5208
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	7022
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	928
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.596	3094

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.2729	221	0.2363	3759	3980	97
1.8205-1.8419	0.1993	165	0.2062	3764	3929	98
1.8419-1.8643	0.2998	222	0.2108	3763	3985	99
1.8643-1.8879	0.2498	194	0.2089	3851	4045	99
1.8879-1.9127	0.2337	174	0.1914	3777	3951	98
1.9127-1.9389	0.2482	222	0.1974	3766	3988	99
1.9389-1.9666	0.2531	206	0.2087	3793	3999	99
1.9666-1.9959	0.2692	231	0.1948	3728	3959	98
1.9959-2.027	0.2801	183	0.1886	3803	3986	99
2.027-2.0602	0.213	171	0.187	3840	4011	98
2.0602-2.0957	0.2374	214	0.1852	3746	3960	98
2.0957-2.1338	0.2262	197	0.1777	3823	4020	99
2.1338-2.1748	0.2048	236	0.1757	3751	3987	99
2.1748-2.2191	0.2145	175	0.1742	3853	4028	100
2.2191-2.2673	0.2442	180	0.1729	3843	4023	99
2.2673-2.32	0.221	214	0.1754	3788	4002	99
2.32-2.3779	0.2058	194	0.1681	3818	4012	99
2.3779-2.4421	0.2369	228	0.1773	3789	4017	100
2.4421-2.5138	0.1953	261	0.1675	3734	3995	99
2.5138-2.5948	0.2093	251	0.1696	3753	4004	99
2.5948-2.6873	0.2261	252	0.1764	3724	3976	99
2.6873-2.7946	0.207	289	0.1749	3792	4081	99
2.7946-2.9214	0.1976	183	0.1719	3750	3933	99
2.9214-3.0749	0.1935	209	0.1589	3793	4002	99
3.0749-3.2668	0.1794	224	0.1522	3770	3994	100
3.2668-3.5177	0.1976	214	0.1503	3812	4026	100
3.5177-3.8694	0.1616	196	0.1373	3847	4043	99
3.8694-4.4239	0.129	249	0.1238	3752	4001	99
4.4239-5.5535	0.1401	188	0.1257	3790	3978	98
5.5535-19.8739	0.1486	239	0.1391	3763	4002	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0381	-0.0538	0.0442	0.087	-0.0685	0.2378	-0.0017	-0.0395	-0.0366	0.1002	0.1642	-0.2582	0.0465	0.104	0.1394	0.1796	0.0471	0.0189	0.2101	-0.078	0.2697	11.4673	2.3952	13.2908
2	0.1959	0.0635	-0.0886	0.0234	-0.0481	0.1716	0.0334	-0.0849	-0.0497	0.2521	0.059	-0.0452	0.2051	0.1406	0.0935	0.4557	0.0794	-0.0314	0.2031	0.0057	0.1519	6.8126	9.3552	31.4862
3	0.2174	0.1423	-0.119	0.0855	-0.0618	0.1208	-0.0512	0.0051	0.0392	0.1841	0.1891	-0.1236	0.0561	0.2062	0.0657	0.187	0.0656	-0.0347	0.1964	-0.0489	0.1748	9.5073	11.3665	20.5203
4	0.0644	-0.0904	0.0453	0.1955	-0.2317	0.9155	-0.102	0.1622	-0.1258	-0.0822	0.1793	-0.1256	-0.3711	0.1258	0.0282	0.1928	-0.0839	0.0489	0.2302	-0.0699	0.1972	13.3688	28.4511	11.4472
5	0.2536	-0.1697	0.2135	0.3408	0.0459	0.3256	-0.1502	0.0382	-0.0523	-0.1322	0.2428	-0.2387	-0.3093	0.1295	0.0812	0.1205	-0.0501	0.0175	0.2088	-0.0452	0.1657	8.2443	21.0019	9.6355
6	0.1624	-0.1569	-0.0101	0.5014	0.0993	0.0322	-0.0965	0.0175	-0.0906	-0.3276	0.0686	0.1723	-0.1404	0.0114	-0.0232	0.1465	-0.0278	-0.0151	0.1806	-0.0013	0.1213	-4.0314	14.2309	4.813
7	0.0072	-0.0265	0.0176	0.2396	-0.1566	0.1012	-0.0632	-0.011	-0.0206	0.1289	0.036	0.2504	-0.0471	-0.1441	-0.0155	0.1497	-0.0414	0.0543	0.2402	-0.0034	0.3362	-13.1143	6.1977	15.279
8	0.2947	-0.1854	0.0614	0.2407	-0.0076	0.1439	-0.0456	-0.0071	-0.1487	0.3463	0.1174	0.3838	0.0378	-0.1262	0.1148	0.3099	-0.0167	0.1191	0.1949	0.0276	0.2339	-6.9106	3.6711	21.1002
9	0.0013	0.0019	0.0013	0.0031	0.0006	0.0049	0.0208	0.0013	-0.1351	-0.0088	0.0533	0.0309	0.1622	0.0749	-0	0.2181	0.0063	0.0165	0.1968	-0.0309	0.2221	1.3147	-2.8666	6.6736
10	0.5436	0.1597	0.0057	0.065	-0.0746	0.2255	-0.018	0.0405	-0.0136	0.3002	0.1417	-0.1836	0.1232	0.0391	0.1401	0.3388	0.0516	-0.3	0.129	-0.11	0.0926	17.4011	43.1452	45.8165
11	0.0098	-0.0143	0.0273	0.0359	-0.0504	0.0767	-0.127	0.0351	0.1971	0.0189	0.1649	-0.2496	0.0458	0.0193	-0.0506	-0.2938	-0.1045	-0.1285	0.2253	-0.1802	0.3613	22.9275	35.4451	28.0238
12	0.032	0.0374	-0.0259	0.116	-0.0702	0.2826	-0.1017	-0.0018	-0.024	0.3245	0.21	-0.2208	0.0977	-0.0363	0.1601	0.1867	0.0325	-0.1049	0.1871	-0.0543	0.1994	15.1573	36.4046	36.5255
13	0.4316	-0.3012	-0.2104	0.2143	0.1773	0.3371	-0.0786	0.095	-0.0927	0.383	-0.0735	0.1667	0.1087	-0.102	-0.148	0.4326	-0.0407	0.1329	0.1743	-0.0307	0.1662	-1.6371	26.3443	39.0619
14	0.0195	0.099	-0.0112	0.4713	-0.0779	0.0198	0.004	0.047	0.039	0.2816	0.03	0.1686	0.2069	-0.0319	0.0147	0.2306	0.0307	-0.0273	0.1664	0.0034	0.1304	5.2824	35.1106	38.0756
15	0.3147	-0.012	-0.0852	0.0102	-0.0005	0.025	-0.0582	0.137	-0.1021	0.306	0.0295	0.2521	0.0419	-0.0448	0.0155	0.2896	-0.0292	0.1379	0.1839	-0.0091	0.291	-3.9223	35.4994	41.2568
16	0.3453	0.1393	0.2931	0.1095	0.0979	0.3424	-0.1003	0.03	0.2106	0.1261	-0.0682	0.3931	-0.0517	-0.031	-0.0853	0.1637	0.0089	0.0319	0.1504	-0.0027	0.2498	-0.9218	49.8495	37.2496
17	0.0179	-0.0075	0.001	0.0058	-0.0012	0.004	-0.1042	0.1803	0.0945	-0.206	0.0522	0.077	-0.0488	-0.0607	-0.0001	0.281	-0.0695	-0.022	0.2209	0.0206	0.2256	8.9869	57.3363	27.1476
18	0.1088	-0.0511	0.0687	0.2238	-0.1271	0.3922	-0.0656	0.1801	0.0591	-0.0967	0.1146	-0.1271	-0.2279	0.1	-0.0144	0.1795	-0.086	0.0447	0.2381	-0.0328	0.2174	16.2592	52.4485	28.1269
19	0.0012	0.0012	-0.0039	0.0038	0.0037	0.0075	0.0015	0.0336	0.1789	0.1585	0.053	-0.0794	0.0453	0.1052	-0.0001	0.2813	0.0011	-0.0355	0.1943	-0.0267	0.1916	13.7181	55.8106	45.5947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 26 )	A	3 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 61 )	A	27 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 62 through 106 )	A	62 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 131 )	A	107 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 132 through 171 )	A	132 - 171
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 172 through 228 )	A	172 - 228
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 229 through 254 )	A	229 - 254
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 255 through 308 )	A	255 - 308
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 309 through 325 )	A	309 - 325
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 3 through 26 )	B	3 - 26
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 27 through 61 )	B	27 - 61
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 62 through 106 )	B	62 - 106
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 107 through 131 )	B	107 - 131
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 132 through 154 )	B	132 - 154
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 155 through 171 )	B	155 - 171
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 172 through 228 )	B	172 - 228
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 229 through 254 )	B	229 - 254
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 255 through 308 )	B	255 - 308
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 309 through 325 )	B	309 - 325

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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