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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jss | ||||||
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Title | Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, Y99P mutant | ||||||
![]() | Phosphotriesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Alpha-Beta Barrel | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds / catabolic process / hydrolase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xue, B. / Yew, W.S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Directed Computational Evolution of Quorum-Quenching Lactonases from the Amidohydrolase Superfamily. Authors: Go, M.K. / Zhao, L.N. / Xue, B. / Supekar, S. / Robinson, R.C. / Fan, H. / Yew, W.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 425.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 465.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 52.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 75.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6jstC ![]() 6jsuC ![]() 4h9uS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36813.867 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Y99P Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: HTA426 / Gene: GK1506 / Plasmid: modified pET15b / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q5KZU5, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-OH / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 17.00% w/v PEG 20000, 0.10 M TRIS-HCl, pH 8.5, 0.10 M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.16→19.714 Å / Num. obs: 74284 / % possible obs: 94.3 % / Redundancy: 1.134 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.509 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 159053 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4H9U Resolution: 2.16→19.714 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.14 / Phase error: 25.04
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 80.67 Å2 / Biso mean: 30.0952 Å2 / Biso min: 5.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.16→19.714 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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