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Yorodumi- PDB-6jst: Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, Y99P/D266N doubl... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6jst | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, Y99P/D266N double mutant with bound 3-oxo-C8-HSL | ||||||
Components | Phosphotriesterase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Alpha-Beta Barrel | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationHydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds / hydrolase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Geobacillus kaustophilus (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.726 Å | ||||||
Authors | Xue, B. / Yew, W.S. | ||||||
| Funding support | Singapore, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2020Title: Directed Computational Evolution of Quorum-Quenching Lactonases from the Amidohydrolase Superfamily. Authors: Go, M.K. / Zhao, L.N. / Xue, B. / Supekar, S. / Robinson, R.C. / Fan, H. / Yew, W.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6jst.cif.gz | 518.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6jst.ent.gz | 423.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6jst.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/6jst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/6jst | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6jssC ![]() 6jsuC ![]() 4h9uS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 36812.883 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Y99P, D266N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (bacteria)Strain: HTA426 / Gene: GK1506 / Plasmid: modified pET15b / Production host: ![]() References: UniProt: Q5KZU5, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 774 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-LAE / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.06 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 17.00% w/v PEG 20000, 0.10 M TRIS-HCl, pH 8.5, 0.10 M MgCl2 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Oct 26, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.73→44.917 Å / Num. obs: 142028 / % possible obs: 83.8 % / Redundancy: 1.975 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 10.73 / Num. measured all: 468131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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| Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4H9U Resolution: 1.726→19.986 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.91 / Phase error: 26.49
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 84.32 Å2 / Biso mean: 30.5855 Å2 / Biso min: 3.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.726→19.986 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Geobacillus kaustophilus (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Singapore, 1items
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