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万見
- PDB-5vej: High resolution crystal structure of a fluoride-inhibited organo-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vej
タイトルHigh resolution crystal structure of a fluoride-inhibited organo-phosphate-degrading metallohydrolase
要素Phosphotriesterase
キーワードHYDROLASE / metallohydrolase / fluoride / inhibited / organo-phosphate-degrading
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on ester bonds / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / FLUORIDE ION / Phosphotriesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.301 Å
データ登録者Selleck, C.
引用ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2017
タイトル: High resolution crystal structure of a fluoride-inhibited organophosphate-degrading metallohydrolase.
著者: Selleck, C. / Guddat, L.W. / Ollis, D.L. / Schenk, G. / Pedroso, M.M.
履歴
登録2017年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotriesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8436
ポリマ－35,5891
非ポリマー2555
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12730 Å2
2
A: Phosphotriesterase
ヘテロ分子

A: Phosphotriesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,68712
ポリマ－71,1772
非ポリマー51010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_557-x,-x+y,-z+7/31
Buried area4500 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area22350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.072, 109.072, 62.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Phosphotriesterase


分子量: 35588.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: opdA / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93LD7
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION


分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 mM MES, pH 6.0, with 0.16 M calcium acetate, 80 mM sodium car-bonate and 14% v/v PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→47.2 Å / Num. obs: 105162 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 15.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D2J

2d2j


解像度: 1.301→37.744 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1437 2001 1.9 %
Rwork0.1308 --
obs0.1311 105067 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.301→37.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2504 0 11 473 2988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072686
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0463661
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.464991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3005-1.3330.19591400.20917148X-RAY DIFFRACTION98
1.333-1.36910.22281400.18797349X-RAY DIFFRACTION100
1.3691-1.40940.19771410.17857311X-RAY DIFFRACTION100
1.4094-1.45480.18361420.1677356X-RAY DIFFRACTION100
1.4548-1.50680.18211420.15247301X-RAY DIFFRACTION100
1.5068-1.56720.171440.14347368X-RAY DIFFRACTION100
1.5672-1.63850.14231420.13637334X-RAY DIFFRACTION100
1.6385-1.72490.14421440.13177355X-RAY DIFFRACTION100
1.7249-1.8330.13641430.13057376X-RAY DIFFRACTION100
1.833-1.97450.14571400.12367388X-RAY DIFFRACTION100
1.9745-2.17320.11931440.11317385X-RAY DIFFRACTION100
2.1732-2.48760.12811410.117411X-RAY DIFFRACTION100
2.4876-3.13380.13991460.1177451X-RAY DIFFRACTION100
3.1338-37.760.13461520.13137533X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0429-0.3978-0.37622.7191.55521.69540.02630.2429-0.2554-0.1891-0.0229-0.0157-0.03150.0255-0.00120.08370.00640.00460.07440.00070.09685.4878-51.598560.7109
22.71630.58350.59731.8406-0.91971.44730.0683-0.1561-0.05240.05-0.0613-0.05460.00970.0306-0.01170.1312-0.02820.00880.143-0.00610.137715.9114-40.427580.9671
33.23613.18131.89783.64741.39951.90150.154-0.1443-0.39810.2038-0.0557-0.26360.14550.0418-0.14820.1086-0.0042-0.00770.12060.02960.15497.0056-53.267978.2672
42.57321.55980.31432.4835-0.27981.21810.04010.0043-0.11680.0668-0.0461-0.11540.03290.11070.00540.08060.01120.01090.0969-0.00430.101210.2201-47.925769.2016
51.40.63070.07351.52-0.02150.6798-0.03810.09420.0437-0.0426-0.0123-0.042-0.04690.07840.05050.0866-0.0057-0.00160.12160.00810.092114.627-36.048461.8771
61.7920.4011-0.15055.97564.46465.1737-0.06170.22180.2193-0.35040.0422-0.0523-0.26750.09570.0420.1233-0.0112-0.01160.16060.0450.126910.7434-29.780854.8628
72.1931-0.0338-0.19560.7834-0.17420.9594-0.0065-0.01660.26880.0350.02540.0725-0.1332-0.0852-0.0290.10080.0132-0.01510.1031-0.00390.1507-4.6653-32.79464.2033
82.4365-0.21311.46571.53220.15143.2291-0.00410.05330.0152-0.08020.02190.1525-0.0352-0.2716-0.0220.10510.0044-0.02870.13810.00820.157-14.3811-41.140261.7525
93.24761.9260.73112.20.87980.47350.1928-0.45130.20830.2094-0.22910.07280.02720.01710.03840.1113-0.0230.01790.1713-0.02170.15410.6508-41.111880.6335
103.4950.1131-0.2530.9706-0.19022.3910.04370.219-0.1234-0.09370.0430.08820.0584-0.2604-0.07490.0912-0.0048-0.01960.0766-0.00470.1332-9.3525-49.462162.2846
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 58 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 76 through 92 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 120 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 121 through 177 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 178 through 194 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 195 through 276 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 277 through 298 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 299 through 323 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 324 through 361 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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