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- PDB-4hu0: Crystal Structure of a metagenome-derived cellulase Cel5A in comp... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hu0 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of a metagenome-derived cellulase Cel5A in complex with cellotetraose | |||||||||
![]() | Cellulase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / (alpha/beta)8 barrel / Family 5 endoglucanase | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhuang, N. / Lee, K.H. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of a metagenome-derived cellulase Cel5A in complex with cellotetraose Authors: Zhuang, N. / Lee, K.H. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 151.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 122.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 752.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 765.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 41677.605 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: Cel5A / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() ![]() | ||
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#2: Polysaccharide | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose | ||
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 291 K / pH: 6.5 Details: PEG 4000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 1, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.23985 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.38→50 Å / Num. obs: 34430 / % possible obs: 100 % |
Reflection shell | Resolution: 2.38→2.47 Å / % possible all: 99.6 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→43.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.38→2.44 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -54.1611 Å / Origin y: -60.1265 Å / Origin z: -25.2994 Å
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