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- PDB-3tn4: Crystal structure of GkaP mutant G209D from Geobacillus kaustophi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tn4 | ||||||
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Title | Crystal structure of GkaP mutant G209D from Geobacillus kaustophilus HTA426 | ||||||
![]() | Phosphotriesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / phosphotriesterase / lactonase | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds / catabolic process / hydrolase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | An, J. / Zhang, Z. / Zhang, Y. / Feng, Y. / Wu, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Engineering a thermostable lactonase for enhanced phosphotriesterase activity against organophosphate pesticides Authors: An, J. / Zhang, Z. / Zhang, Y. / Feng, Y. / Wu, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 302.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 244 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 448 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 452.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3tn3C ![]() 3tn5C ![]() 3tn6C ![]() 3tnbC ![]() 4wvxC ![]() 3orwS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 320 / Label seq-ID: 37 - 354
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 40094.512 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G209D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q5KZU5, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds #2: Chemical | ChemComp-CO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.3 Details: 13% PEG 8000, 8% ethylene glycol, 2% glycerol, 0.05M sodium hepes pH7.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Dec 29, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 118387 / % possible obs: 94.3 % / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 12.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3ORW Resolution: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.699 / SU ML: 0.045 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.071 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.568 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 2505 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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