+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tm9 | ||||||
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Title | Y29A mutant of Vitreoscilla stercoraria hemoglobin | ||||||
Components | Bacterial hemoglobin | ||||||
Keywords | OXYGEN TRANSPORT / globin 8-helix fold / oxygen storage | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vitreoscilla stercoraria (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.72 Å | ||||||
Authors | Ratakonda, S. / Anand, A. / Dikshit, K. / Stark, B.C. / Howard, A.J. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2013 Title: Crystallographic structure determination of B10 mutants of Vitreoscilla hemoglobin: role of Tyr29 (B10) in the structure of the ligand-binding site. Authors: Ratakonda, S. / Anand, A. / Dikshit, K. / Stark, B.C. / Howard, A.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tm9.cif.gz | 105 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tm9.ent.gz | 83.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tm9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tm9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15698.171 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: Y29A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Tyr29Ala mutant gene was cloned into the SmaI site of pBluescript 11KS+ under control of the native vgb gene promoter. Source: (gene. exp.) Vitreoscilla stercoraria (bacteria) / Gene: vhb / Plasmid: PDH88 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DH5ALPHA / References: UniProt: P04252 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / | ||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 27 mg/mL protein in 1.3M (NH4)2SO4, 0.05M NaH2P2O7, 3% ethylene glycol. Not streak-seeded, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | ||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Aug 12, 2009 Details: Si(111) monochromator with sagittally bent second crystal | ||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si111 - sagittal second crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→32.5 Å / Num. obs: 20497 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 41.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0707 / Rsym value: 0.0707 / Net I/σ(I): 11.002 | ||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.72→31.123 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / Phase error: 19.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.3 Å2 / Biso mean: 25.1251 Å2 / Biso min: 9.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→31.123 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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