PDB-3tld: Crystal Structure of Y29F mutant of Vitreoscilla hemoglobin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tld

タイトル

Crystal Structure of Y29F mutant of Vitreoscilla hemoglobin

要素

Bacterial hemoglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / globin 8-helix fold / oxygen storage

機能・相同性

機能・相同性情報

nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vitreoscilla stercoraria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.896 Å

データ登録者

Ratakonda, S. / Anand, A. / Dikshit, K. / Stark, B.C. / Howard, A.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallographic structure determination of B10 mutants of Vitreoscilla hemoglobin: role of Tyr29 (B10) in the structure of the ligand-binding site.
著者: Ratakonda, S. / Anand, A. / Dikshit, K. / Stark, B.C. / Howard, A.J.

履歴

登録	2011年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tld.cif.gz	181.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tld.ent.gz	149.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tld.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/3tld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/3tld	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tm3C 3tm9C 2vhb C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tm3-1 1vhb-d 4vhb-d 2vhb-d 5a1k-2 3vba-3 5bmu-2 5z2e-d 5dgg-d 3vhb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
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類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacterial hemoglobin

B: Bacterial hemoglobin

ヘテロ分子

33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.614, 41.068, 62.395
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.580, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bacterial hemoglobin / Soluble cytochrome O 分子量: 15774.269 Da / 分子数: 2 / 変異: Y29F / 由来タイプ: 組換発現詳細: Cloned in pET-28c (+) (Novagen) at the NdeI and BamHI sites 由来: (組換発現) Vitreoscilla stercoraria (バクテリア) 遺伝子: vhb / プラスミド: pY29F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pET-28c / 参照: UniProt: P04252
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 30 mg/mL protein in 1.2M (NH4)2SO4, 0.05M NaH2P2O7, 3% Ethylene Glycol, streak-seeded, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日
詳細: Si(111) monochromator with sagittally bent second crystal

放射

モノクロメーター: Si 111 - sagittal 2nd crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.77→31.5 Å / Num. all: 27232 / Num. obs: 27232 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.17 % / B_iso Wilson estimate: 42.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.0593 / R_sym value: 0.0593 / Net I/σ(I): 16.44

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.77-1.8333	1.49	0.2382	3.29	0.2382	1	61.7
1.9935-2.0985	3.7	0.1309	7.31	0.1309	1	100
3.81-31	3.37	0.045	35.1	0.045	1	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
X-GEN		データ削減
X-GEN		データスケーリング
SERGUI		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.896→31.575 Å / FOM work R set: 0.8945 / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1888	1998	8.47 %
R_work	0.1647	21593	-
obs	0.1668	23591	97.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.81 Å² / B_iso mean: 26.84 Å² / B_iso min: 7.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.896→31.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2178	0	104	241	2523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2362
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	3241
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	404
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.804	833

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.896-1.9434	0.2024	106	0.1999	1224	1330	78
1.9434-1.996	0.2117	132	0.1884	1433	1565	92
1.996-2.0547	0.2128	148	0.1774	1568	1716	100
2.0547-2.121	0.1918	141	0.1735	1544	1685	100
2.121-2.1968	0.1818	150	0.157	1582	1732	100
2.1968-2.2847	0.2058	139	0.1565	1576	1715	100
2.2847-2.3887	0.165	145	0.1585	1558	1703	100
2.3887-2.5146	0.1648	146	0.1503	1566	1712	100
2.5146-2.672	0.1895	147	0.1504	1577	1724	100
2.672-2.8782	0.176	147	0.1582	1582	1729	100
2.8782-3.1676	0.2127	145	0.1679	1578	1723	100
3.1676-3.6254	0.1846	148	0.1614	1581	1729	100
3.6254-4.5654	0.1734	154	0.1489	1594	1748	100
4.5654-31.5794	0.2023	150	0.1884	1630	1780	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0458	-0.0849	-0.0072	0.3996	-0.0381	0.0738	0.0627	-0.0159	-0.0876	-0.0435	-0.0189	0.3254	-0.0202	-0.0695	0.0417	0.1458	0.0548	0.0802	0.1924	-0.0363	0.2961	-11.6546	4.9094	-23.9627
2	0.2825	0.0164	0.0377	0.0435	-0.0363	0.0421	0.0193	-0.1208	0.0643	0.2472	-0.0216	0.0461	-0.0472	0.089	-0.1398	0.1546	-0.002	0.0127	0.1425	-0.0023	0.0541	6.5281	-3.4421	-17.9493
3	0.013	-0.0064	-0.0102	0.0073	0.0024	0.0076	0.0608	-0.125	0.0912	0.0415	0.1448	-0.1769	0.0814	0.1659	-0.0005	0.1709	0.0515	-0.0019	0.1587	0.0038	0.1995	12.0948	-12.4277	-24.1834
4	0.2007	-0.2268	0.1645	0.3524	0.1422	1.1916	0.075	0.02	-0.6111	0.0264	0.0232	-0.6638	0.4631	0.6235	0.0276	0.2209	0.0847	-0.0363	0.2724	0.06	0.527	16.6512	-3.3609	-26.2157
5	0.093	0.0614	0.0444	0.3394	-0.1336	0.1136	0.0057	-0.1073	0.023	0.1277	-0.1361	0.0647	-0.0639	-0.2048	-0.0951	0.0779	0.0189	-0.0063	0.1521	-0.0418	0.0757	-2.1134	3.6827	-28.6336
6	0.3402	-0.0282	0.1611	0.6161	-0.1617	0.5074	0.0232	-0.1763	0.0685	-0.1825	0.0454	-0.0918	0.0141	-0.1591	0.0609	0.1437	0.0225	-0.0294	0.0868	-0.012	0.0942	1.0936	-2.1452	-37.9371
7	0.1186	-0.0538	0.0833	0.0492	0.0438	0.3676	-0.0624	-0.217	-0.1202	0.2318	0.0475	0.1612	0.1984	-0.0524	0.0678	0.1265	0.0036	0.0453	0.1557	-0.0036	0.1391	-2.4694	-4.9114	-18.9304
8	0.4025	0.0642	0.1592	0.8771	-0.1682	0.2605	0.0317	0.0947	-0.113	-0.142	-0.153	0.45	0.0761	-0.1735	0.3038	0.1074	0.0194	-0.0519	0.1525	-0.0423	0.1792	-4.2767	-8.0168	-33.3202
9	0.0843	-0.0604	0.0685	0.1995	-0.0384	0.0637	-0.1219	-0.0691	-0.1918	0.0519	-0.0808	-0.1008	0.1719	0.0753	-0.4721	0.07	-0.0925	0.2113	0.1507	0.1378	0.2906	-25.785	-10.2723	-43.2947
10	0.0197	0.0102	0.0502	0.0071	0.0164	0.2564	-0.0784	0.1243	-0.048	0.0534	-0.041	0.2444	0.0026	-0.1492	-0.0101	0.0907	-0.0085	0.0024	0.1662	-0.01	0.1758	-26.1462	-1.406	-61.8199
11	0.0127	-0.0019	-0.0118	0.0089	-0.0018	0.0103	-0.0689	0.0997	0.0078	-0.0632	0.0749	-0.0171	0.0875	-0.0559	0	0.2044	-0.0009	0.0006	0.1525	0.0527	0.1468	-18.6314	7.577	-65.3135
12	0.3234	-0.0672	0.0093	0.1715	-0.173	0.1786	0.0045	0.488	0.3476	-0.5611	-0.0954	-0.2101	-0.4594	0.0905	-0.0327	0.4374	0.0403	-0.006	0.2609	0.0636	0.1922	-15.3303	-1.7375	-69.1439
13	0.1411	-0.1861	-0.0227	0.2802	0.0301	0.094	0.0097	-0.1472	-0.1328	-0.0688	-0.1183	0.0878	0.1674	-0.1434	-0.0277	0.1116	-0.0387	-0.0009	0.1526	-0.002	0.1171	-18.3895	-8.5534	-50.4348
14	0.3327	-0.1918	0.2091	0.6034	0.029	0.2057	-0.0868	-0.0511	-0.0244	-0.0903	0.0488	-0.1485	0.0119	-0.201	0.0339	0.1284	-0.0219	-0.0534	0.0923	0.0163	0.1327	-8.6876	-2.9286	-50.5416
15	0.1066	0.0494	0.1107	0.1219	-0.0208	0.2787	-0.0605	0.0362	0.0996	0.02	0.0366	0.2414	-0.1261	-0.1722	-0.0554	0.136	-0.005	0.0358	0.1577	-0.0163	0.1593	-28.0979	-0.2702	-52.739
16	0.1236	-0.2005	0.1408	0.4986	-0.0116	0.4097	0.0743	-0.2093	0.0067	0.3018	-0.1211	-0.0496	-0.0989	-0.0202	-0.3408	0.1928	-0.0348	-0.0245	0.1448	0.0137	0.1014	-14.939	3.0296	-47.0523

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 36)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 43)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 44 through 56)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 57 through 67)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 68 through 90)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 91 through 115)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 116 through 146)	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 20)	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 21 through 36)	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 37 through 43)	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 44 through 56)	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 57 through 67)	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 68 through 90)	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 91 through 115)	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 116 through 146)	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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