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- PDB-3tld: Crystal Structure of Y29F mutant of Vitreoscilla hemoglobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tld
タイトルCrystal Structure of Y29F mutant of Vitreoscilla hemoglobin
要素Bacterial hemoglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT (血液) / globin 8-helix fold / oxygen storage
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Globin/Protoglobin / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bacterial hemoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Vitreoscilla stercoraria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.896 Å
データ登録者Ratakonda, S. / Anand, A. / Dikshit, K. / Stark, B.C. / Howard, A.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallographic structure determination of B10 mutants of Vitreoscilla hemoglobin: role of Tyr29 (B10) in the structure of the ligand-binding site.
著者: Ratakonda, S. / Anand, A. / Dikshit, K. / Stark, B.C. / Howard, A.J.
履歴
登録2011年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterial hemoglobin
B: Bacterial hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0587
ポリマ－31,5492
非ポリマー1,5095
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area14660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.614, 41.068, 62.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bacterial hemoglobin / Soluble cytochrome O


分子量: 15774.269 Da / 分子数: 2 / 変異: Y29F / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cloned in pET-28c (+) (Novagen) at the NdeI and BamHI sites
由来: (組換発現) Vitreoscilla stercoraria (バクテリア)
遺伝子: vhb / プラスミド: pY29F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pET-28c / 参照: UniProt: P04252
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30 mg/mL protein in 1.2M (NH4)2SO4, 0.05M NaH2P2O7, 3% Ethylene Glycol, streak-seeded, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日
詳細: Si(111) monochromator with sagittally bent second crystal
放射モノクロメーター: Si 111 - sagittal 2nd crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→31.5 Å / Num. all: 27232 / Num. obs: 27232 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.17 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0593 / Rsym value: 0.0593 / Net I/σ(I): 16.44
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.77-1.83331.490.23823.290.2382161.7
1.9935-2.09853.70.13097.310.13091100
3.81-313.370.04535.10.045198.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.896→31.575 Å / FOM work R set: 0.8945 / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1888 1998 8.47 %
Rwork0.1647 21593 -
obs0.1668 23591 97.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.81 Å2 / Biso mean: 26.84 Å2 / Biso min: 7.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.896→31.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2178 0 104 241 2523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0813241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.804833
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.896-1.94340.20241060.19991224133078
1.9434-1.9960.21171320.18841433156592
1.996-2.05470.21281480.177415681716100
2.0547-2.1210.19181410.173515441685100
2.121-2.19680.18181500.15715821732100
2.1968-2.28470.20581390.156515761715100
2.2847-2.38870.1651450.158515581703100
2.3887-2.51460.16481460.150315661712100
2.5146-2.6720.18951470.150415771724100
2.672-2.87820.1761470.158215821729100
2.8782-3.16760.21271450.167915781723100
3.1676-3.62540.18461480.161415811729100
3.6254-4.56540.17341540.148915941748100
4.5654-31.57940.20231500.18841630178098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0458-0.0849-0.00720.3996-0.03810.07380.0627-0.0159-0.0876-0.0435-0.01890.3254-0.0202-0.06950.04170.14580.05480.08020.1924-0.03630.2961-11.65464.9094-23.9627
20.28250.01640.03770.0435-0.03630.04210.0193-0.12080.06430.2472-0.02160.0461-0.04720.089-0.13980.1546-0.0020.01270.1425-0.00230.05416.5281-3.4421-17.9493
30.013-0.0064-0.01020.00730.00240.00760.0608-0.1250.09120.04150.1448-0.17690.08140.1659-0.00050.17090.0515-0.00190.15870.00380.199512.0948-12.4277-24.1834
40.2007-0.22680.16450.35240.14221.19160.0750.02-0.61110.02640.0232-0.66380.46310.62350.02760.22090.0847-0.03630.27240.060.52716.6512-3.3609-26.2157
50.0930.06140.04440.3394-0.13360.11360.0057-0.10730.0230.1277-0.13610.0647-0.0639-0.2048-0.09510.07790.0189-0.00630.1521-0.04180.0757-2.11343.6827-28.6336
60.3402-0.02820.16110.6161-0.16170.50740.0232-0.17630.0685-0.18250.0454-0.09180.0141-0.15910.06090.14370.0225-0.02940.0868-0.0120.09421.0936-2.1452-37.9371
70.1186-0.05380.08330.04920.04380.3676-0.0624-0.217-0.12020.23180.04750.16120.1984-0.05240.06780.12650.00360.04530.1557-0.00360.1391-2.4694-4.9114-18.9304
80.40250.06420.15920.8771-0.16820.26050.03170.0947-0.113-0.142-0.1530.450.0761-0.17350.30380.10740.0194-0.05190.1525-0.04230.1792-4.2767-8.0168-33.3202
90.0843-0.06040.06850.1995-0.03840.0637-0.1219-0.0691-0.19180.0519-0.0808-0.10080.17190.0753-0.47210.07-0.09250.21130.15070.13780.2906-25.785-10.2723-43.2947
100.01970.01020.05020.00710.01640.2564-0.07840.1243-0.0480.0534-0.0410.24440.0026-0.1492-0.01010.0907-0.00850.00240.1662-0.010.1758-26.1462-1.406-61.8199
110.0127-0.0019-0.01180.0089-0.00180.0103-0.06890.09970.0078-0.06320.0749-0.01710.0875-0.055900.2044-0.00090.00060.15250.05270.1468-18.63147.577-65.3135
120.3234-0.06720.00930.1715-0.1730.17860.00450.4880.3476-0.5611-0.0954-0.2101-0.45940.0905-0.03270.43740.0403-0.0060.26090.06360.1922-15.3303-1.7375-69.1439
130.1411-0.1861-0.02270.28020.03010.0940.0097-0.1472-0.1328-0.0688-0.11830.08780.1674-0.1434-0.02770.1116-0.0387-0.00090.1526-0.0020.1171-18.3895-8.5534-50.4348
140.3327-0.19180.20910.60340.0290.2057-0.0868-0.0511-0.0244-0.09030.0488-0.14850.0119-0.2010.03390.1284-0.0219-0.05340.09230.01630.1327-8.6876-2.9286-50.5416
150.10660.04940.11070.1219-0.02080.2787-0.06050.03620.09960.020.03660.2414-0.1261-0.1722-0.05540.136-0.0050.03580.1577-0.01630.1593-28.0979-0.2702-52.739
160.1236-0.20050.14080.4986-0.01160.40970.0743-0.20930.00670.3018-0.1211-0.0496-0.0989-0.0202-0.34080.1928-0.0348-0.02450.14480.01370.1014-14.9393.0296-47.0523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 20)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 36)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 37 through 43)A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 44 through 56)A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 57 through 67)A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 68 through 90)A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 91 through 115)A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 116 through 146)A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 20)B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 21 through 36)B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 37 through 43)B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 44 through 56)B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 57 through 67)B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 68 through 90)B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 91 through 115)B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 116 through 146)B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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