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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tm9 | ||||||
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タイトル | Y29A mutant of Vitreoscilla stercoraria hemoglobin | ||||||
要素 | Bacterial hemoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) / globin 8-helix fold / oxygen storage | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vitreoscilla stercoraria (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Ratakonda, S. / Anand, A. / Dikshit, K. / Stark, B.C. / Howard, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013 タイトル: Crystallographic structure determination of B10 mutants of Vitreoscilla hemoglobin: role of Tyr29 (B10) in the structure of the ligand-binding site. 著者: Ratakonda, S. / Anand, A. / Dikshit, K. / Stark, B.C. / Howard, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tm9.cif.gz | 105 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tm9.ent.gz | 83.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tm9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tm9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15698.171 Da / 分子数: 1 / 変異: Y29A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Tyr29Ala mutant gene was cloned into the SmaI site of pBluescript 11KS+ under control of the native vgb gene promoter. 由来: (組換発現) Vitreoscilla stercoraria (バクテリア) 遺伝子: vhb / プラスミド: PDH88 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: P04252 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 27 mg/mL protein in 1.3M (NH4)2SO4, 0.05M NaH2P2O7, 3% ethylene glycol. Not streak-seeded, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | ||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日 詳細: Si(111) monochromator with sagittally bent second crystal | ||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si111 - sagittal second crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→32.5 Å / Num. obs: 20497 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 41.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0707 / Rsym value: 0.0707 / Net I/σ(I): 11.002 | ||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→31.123 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.3 Å2 / Biso mean: 25.1251 Å2 / Biso min: 9.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→31.123 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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