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- PDB-3tku: MRCK beta in complex with fasudil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tku
タイトルMRCK beta in complex with fasudil
要素Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PROTEIN KINASE / SERINE THREONINE KINASE / MRCK / MRCK BETA / CD BINDING PROTEIN KINASE BETA / FASUDIL / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


actomyosin / actomyosin structure organization / establishment or maintenance of cell polarity / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / cell leading edge / CDC42 GTPase cycle / cytoskeleton organization / small GTPase binding / cell-cell junction ...actomyosin / actomyosin structure organization / establishment or maintenance of cell polarity / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / cell leading edge / CDC42 GTPase cycle / cytoskeleton organization / small GTPase binding / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase MRCK beta, catalytic domain / KELK-motif containing domain / KELK-motif containing domain of MRCK Ser/Thr protein kinase / Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / CRIB domain profile. ...Serine/threonine-protein kinase MRCK beta, catalytic domain / KELK-motif containing domain / KELK-motif containing domain of MRCK Ser/Thr protein kinase / Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(1,4-DIAZEPAN-1-SULFONYL)ISOQUINOLINE / Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Heikkila, T.J. / Turnbull, A. / Wheatley, E. / Schroder, E. / Crighton, D. / Olson, M.F.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Co-crystal structures of inhibitors with MRCK, a key regulator of tumor cell invasion
著者: Heikkila, T. / Wheatley, E. / Crighton, D. / Schroder, E. / Boakes, A. / Kaye, S.J. / Mezna, M. / Pang, L. / Rushbrooke, M. / Turnbull, A. / Olson, M.F.
履歴
登録2011年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
B: Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0208
ポリマ－99,7312
非ポリマー1,2906
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area33510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.950, 123.520, 84.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase MRCK beta / CDC42-binding protein kinase beta / DMPK-like beta / Myotonic dystrophy kinase-related CDC42- ...CDC42-binding protein kinase beta / DMPK-like beta / Myotonic dystrophy kinase-related CDC42-binding kinase beta / MRCK beta / Myotonic dystrophy protein kinase-like beta


分子量: 49865.355 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC42BPB, KIAA1124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: Q9Y5S2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-M77 / 5-(1,4-DIAZEPAN-1-SULFONYL)ISOQUINOLINE / Fasudil / (5-ISOQUINOLINESULFONYL)HOMOPIPERAZINE / ファスジル


分子量: 291.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17N3O2S / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10-20% PEG 3350, 0.1 M BISTRIS, 0.1 M SODIUM TARTRATE, 0.1 M AMMONIUM SULPHATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月5日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97631
20.921
反射解像度: 2.15→49.59 Å / Num. all: 47854 / Num. obs: 45515 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.116
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.467 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VD5

2vd5


解像度: 2.15→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 15.413 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 2412 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.223 45515 97.3 %-
all-47854 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.216 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.58 Å20 Å20.8 Å2
2---1.55 Å20 Å2
3---3.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6225 0 88 218 6531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0226472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0091.9678776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0565788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67824.242297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.052151055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9481531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9831.53933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79326304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.89532539
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4994.52472
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1424TIGHT POSITIONAL0.050.05
208MEDIUM POSITIONAL0.270.5
1182LOOSE POSITIONAL0.125
1424TIGHT THERMAL0.170.5
208MEDIUM THERMAL0.192
1182LOOSE THERMAL0.210
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 156 -
Rwork0.283 2760 -
obs-6046 80.96 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.9711 Å / Origin y: -41.3743 Å / Origin z: 19.7056 Å
111213212223313233
T0.0552 Å2-0.0199 Å2-0.0056 Å2-0.1232 Å20.0046 Å2--0.0422 Å2
L0.0623 °2-0.2135 °2-0.0052 °2-3.7125 °20.0082 °2--0.0432 °2
S0.0281 Å °0.0187 Å °-0.0032 Å °0.2645 Å °-0.0748 Å °-0.0017 Å °-0.0064 Å °0.0056 Å °0.0467 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B421 - 529
2X-RAY DIFFRACTION1A421 - 529
3X-RAY DIFFRACTION1B418 - 420
4X-RAY DIFFRACTION1A418 - 420
5X-RAY DIFFRACTION1B2 - 415
6X-RAY DIFFRACTION1A2 - 415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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