[日本語] English
万見
- PDB-3tka: crystal structure and solution saxs of methyltransferase rsmh fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tka
タイトルcrystal structure and solution saxs of methyltransferase rsmh from E.coli
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H
キーワードTRANSFERASE / methyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (cytosine1402-N4)-methyltransferase / rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative methyltransferase TM0872, insert domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Vaccinia Virus protein VP39 / DNA polymerase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Putative methyltransferase TM0872, insert domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Vaccinia Virus protein VP39 / DNA polymerase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / S-ADENOSYLMETHIONINE / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Gao, Z.Q. / Wei, Y. / Zhang, H. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal and solution structures of methyltransferase RsmH provide basis for methylation of C1402 in 16S rRNA.
著者: Wei, Y. / Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Wang, W.J. / Shtykova, E.V. / Xu, J.H. / Liu, Q.S. / Dong, Y.H.
履歴
登録2011年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9819
ポリマ－38,6651
非ポリマー1,3168
水2,612145
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H
ヘテロ分子

A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,96218
ポリマ－77,3302
非ポリマー2,63216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.660, 85.660, 107.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-385-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / 16S rRNA m(4)C1402 methyltransferase / rRNA (cytosine-N(4)-)-methyltransferase RsmH


分子量: 38664.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rsmH, mraW, yabC, b0082, JW0080 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P60390, 16S rRNA (cytosine1402-N4)-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 153分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-CTN / 4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / CYTIDINE / シチジン


分子量: 243.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O5
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.0M ammonium sulfate, 0.1M Hepes, pH 6.5, 0.5% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月10日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 18379 / Num. obs: 18379 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.3 % / Biso Wilson estimate: 38.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 9.59 / Num. unique all: 896 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WG8

1wg8


解像度: 2.25→40.111 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 926 5.11 %RANDOM
Rwork0.1843 ---
all0.1868 18379 --
obs0.1868 18115 98.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.101 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0167 Å20 Å2-0 Å2
2--1.0167 Å20 Å2
3----2.0333 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.111 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2212 0 81 145 2438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092345
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.173169
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.405911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005411
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.25-2.36860.41261310.3159232694
2.3686-2.5170.25571290.2344245599
2.517-2.71130.27551350.2165245299
2.7113-2.98410.28921380.2044245899
2.9841-3.41570.22541370.18692477100
3.4157-4.30260.20611390.15192490100
4.3026-40.1170.1991170.16572531100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.5892 Å / Origin y: 16.7012 Å / Origin z: 15.1349 Å
111213212223313233
T0.1686 Å2-0.0124 Å20.0329 Å2-0.1578 Å20.0344 Å2--0.1666 Å2
L1.2951 °2-0.2862 °20.0506 °2-3.7794 °20.0261 °2--2.4331 °2
S0.1644 Å °0.0142 Å °-0.0146 Å °0.0146 Å °-0.1903 Å °-0.0484 Å °0.0087 Å °0.0915 Å °0.017 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る