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- PDB-3tie: Crystal structure of the vaccinia derived peptide A11R in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tie
タイトルCrystal structure of the vaccinia derived peptide A11R in complex with the murine MHC CLASS I H-2 KB
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
  • Vaccinia derived octamer peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antigen presentation / Peptide binding / IgG / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / Neutrophil degranulation / negative regulation of receptor binding ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / Neutrophil degranulation / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / learning or memory / defense response to bacterium / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Poxvirus A11 / Poxvirus A11 Protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Poxvirus A11 / Poxvirus A11 Protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / Beta-2-microglobulin / Protein OPG137
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Nguyen, T.T. / Shen, Z.T. / Stern, L.J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2013
タイトル: Disparate epitopes mediating protective heterologous immunity to unrelated viruses share peptide-MHC structural features recognized by cross-reactive T cells.
著者: Shen, Z.T. / Nguyen, T.T. / Daniels, K.A. / Welsh, R.M. / Stern, L.J.
履歴
登録2011年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
C: Vaccinia derived octamer peptide
F: Vaccinia derived octamer peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1286
ポリマ－91,1286
非ポリマー00
水7,422412
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Vaccinia derived octamer peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5643
ポリマ－45,5643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Vaccinia derived octamer peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5643
ポリマ－45,5643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.264, 84.710, 87.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and ((resseq 1:160))
211chain 'D' and ((resseq 1:160))
112chain 'A' and ((resseq 230:277))
212chain 'D' and ((resseq 230:277))
113chain 'B'
213chain 'E'
114chain 'C'
214chain 'F'

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H-2K(B)


分子量: 32938.805 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Vaccinia derived octamer peptide


分子量: 876.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vaccinia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q49PI7*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8K, Cacodylate, Magnesium Acetate, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.089 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日 / 詳細: Insertion Device
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.089 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 47727 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→43.507 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.64 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: : statistics at the very beginning when nothing is done yet : 0.3125 0.3272 5.644575e+00 5.741753e+00 : 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 : 32.545 0.7388 0.8882 24356.079 : 1. ...詳細: : statistics at the very beginning when nothing is done yet : 0.3125 0.3272 5.644575e+00 5.741753e+00 : 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 : 32.545 0.7388 0.8882 24356.079 : 1.174 0.009 0.082 13.097 0.004 4.121 9.0416e-02 : 12.018 0.084 0.439 84.894 0.024 2.029 5.7777e-02 : 135.06 10.02 35.57 135.06 11.04 35.90 58.45 10.02 30.53 : 0.000 0.000 0.000
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 2416 5.07 %
Rwork0.1823 --
obs0.1842 47665 99.57 %
all-47871 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.716 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8448 Å20 Å21.8433 Å2
2--10.8342 Å20 Å2
3----5.9894 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→43.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6296 0 0 412 6708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1788829
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1142415
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082909
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041152
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1298X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
12D1298X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
21A388X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.244
22D388X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.244
31B855X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL2.553
32E855X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL2.553
41C61X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
42F61X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.33040.28842280.2254489X-RAY DIFFRACTION99
2.3304-2.42370.27662540.21644471X-RAY DIFFRACTION99
2.4237-2.5340.26882280.20944518X-RAY DIFFRACTION99
2.534-2.66760.29282190.21354532X-RAY DIFFRACTION100
2.6676-2.83470.25632370.20344508X-RAY DIFFRACTION100
2.8347-3.05350.26012480.18874523X-RAY DIFFRACTION100
3.0535-3.36070.2382430.20064514X-RAY DIFFRACTION100
3.3607-3.84680.20682540.18324554X-RAY DIFFRACTION100
3.8468-4.84550.15792510.13444543X-RAY DIFFRACTION100
4.8455-43.51470.18632540.17064597X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6684-0.0768-0.13250.84760.16570.8826-0.02170.01730.0784-0.03050.1474-0.24350.04920.0863-0.06420.08120.0020.02080.0727-0.02290.145517.5494-12.85631.008
20.87780.56670.10521.58921.01021.6080.06360.26370.1653-0.1731-0.45240.32660.0584-0.68130.28620.12540.05-0.06110.4047-0.09570.1522-18.5344-22.158524.2121
30.68-0.294-0.47540.23940.19650.32970.0199-0.02020.08940.02280.02260.0733-0.0138-0.0066-0.03390.052-0.0122-0.00270.03490.00140.0505-7.676-16.838744.0457
40.23990.1943-0.00010.2534-0.12420.22420.00940.19180.09520.0388-0.0449-0.15830.03020.157-0.02070.10940.00230.0420.211-0.02110.276723.294-9.97231.3303
50.5609-0.1491-0.14610.73640.0810.94320.0017-0.1767-0.0294-0.00390.02390.0788-0.0245-0.1187-0.01210.11450.0189-0.00110.1157-0.01680.0745-8.5533-15.5745-8.6211
61.0364-0.1768-0.12270.789-0.63981.3895-0.0053-0.24730.17280.0523-0.229-0.15560.13180.49630.18510.0948-0.0114-0.05310.26940.0610.092627.5809-24.7388-0.2453
70.6579-0.16640.21321.1634-0.2410.290.10740.15710.0488-0.1006-0.1321-0.12950.05720.09-0.09840.1250.06140.00450.11380.00090.077916.4987-22.2608-20.3453
80.26240.1310.36370.06790.2070.58990.0978-0.04290.0708-0.00680.1464-0.00720.0336-0.2068-0.19220.07770.07420.03890.25210.01910.2043-14.549-12.737-9.7589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:180)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 181:277)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resseq 1:180)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resseq 181:277)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E'
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F'

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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