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- PDB-3thy: Human MutSbeta complexed with an IDL of 2 bases (Loop2) and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3thy
タイトルHuman MutSbeta complexed with an IDL of 2 bases (Loop2) and ADP
要素
  • (DNA mismatch repair protein ...) x 2
  • DNA Loop2 minus strand
  • DNA Loop2 plus strand
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ABC family ATPase / mismatch recognition / mismatched unpaired IDL DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements ...somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / centromeric DNA binding / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / mismatched DNA binding / mitotic recombination / negative regulation of DNA recombination / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / response to UV-B / oxidative phosphorylation / DNA damage tolerance / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / ATP-dependent DNA damage sensor activity / germ cell development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / ATP-dependent activity, acting on DNA / mismatch repair / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / B cell differentiation / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / enzyme activator activity / male gonad development / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / chromatin binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal ...MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein Msh3 / DNA mismatch repair protein Msh2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.894 Å
データ登録者Yang, W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Mechanism of mismatch repair revealed by human MutSbeta bound to unpaired DNA loops
著者: Gupta, S. / Gellert, M. / Yang, W.
履歴
登録2011年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: software / struct_ref_seq
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein Msh2
B: DNA mismatch repair protein Msh3
D: DNA Loop2 minus strand
E: DNA Loop2 plus strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,2945
ポリマ－223,8674
非ポリマー4271
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14550 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area78230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.270, 91.106, 95.628
Angle α, β, γ (deg.)67.82, 86.98, 73.35
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
DNA mismatch repair protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh2 / hMSH2 / MutS protein homolog 2


分子量: 104861.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH2 / 細胞株 (発現宿主): Hi5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43246
#2: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh3 / hMSH3 / Divergent upstream protein / DUP / Mismatch repair protein 1 / MRP1


分子量: 104289.664 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 219- 1134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUC1, DUG, MSH3 / 細胞株 (発現宿主): Hi5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: GenBank: 119616268, UniProt: P20585*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#3: DNA鎖 DNA Loop2 minus strand


分子量: 7345.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized DNA
#4: DNA鎖 DNA Loop2 plus strand


分子量: 7369.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized DNA

-
非ポリマー , 2種, 16分子

#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium Acetate, 20-25% PEG3350 (w/v) and 0.1M MES pH 6.5-7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月30日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.894→50 Å / Num. all: 41551 / Num. obs: 39892 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1388 / % possible all: 64.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
CNS精密化
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.894→44.189 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1 / 位相誤差: 30.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2739 1125 2.82 %
Rwork0.1943 --
obs0.1965 39845 90.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.716 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.9594 Å2-2.576 Å213.7621 Å2
2--3.3457 Å23.3388 Å2
3----16.3051 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.894→44.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13670 916 27 15 14628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68220505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4135666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8941-3.02580.3904850.31243249X-RAY DIFFRACTION61
3.0258-3.18530.34471300.27444430X-RAY DIFFRACTION83
3.1853-3.38480.34531550.25544904X-RAY DIFFRACTION92
3.3848-3.6460.29181680.21955098X-RAY DIFFRACTION95
3.646-4.01270.2921540.19435197X-RAY DIFFRACTION97
4.0127-4.59280.22541350.16415269X-RAY DIFFRACTION98
4.5928-5.78440.26841400.17765282X-RAY DIFFRACTION99
5.7844-44.19430.23191580.16275291X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3115-0.9281.53122.9973-0.33281.2617-0.0783-0.35260.07230.2019-0.0083-0.40310.1335-0.3189-0.00010.340.011-0.1460.3026-0.09510.34391.0523-1.469628.7427
20.2492-1.03620.83841.394-1.74771.10830.09170.45880.24550.0138-0.1391-0.16420.5203-0.2151-0.01660.24090.034-0.06240.29990.02260.3545.5775-19.29499.1275
31.0522-0.5214-0.26091.2511-1.17621.7619-0.15450.03440.0811-0.3158-0.2779-0.4376-0.39270.6006-0.00050.3906-0.0939-0.06680.440.13820.41215.9948-14.80962.2256
40.3548-0.016-0.07860.17070.17020.2648-0.2908-0.42330.0188-1.0729-0.389-0.25291.36560.849-0.00121.020.15940.07970.38550.14670.59439.7804-36.374213.9073
51.4964-0.50.71370.5852-1.0281.36010.1642-0.3845-0.24340.455-0.4729-0.06171.027-0.3866-0.01030.7543-0.0133-0.00180.2850.0180.47288.1342-27.564111.8127
61.84990.8104-0.85710.7959-2.01311.0019-0.25880.2440.4535-0.17390.5886-0.07880.2117-0.71730.11130.413-0.2199-0.07260.69580.11320.2179-8.6831-19.6327-8.7369
7-0.26410.18540.29940.69340.65560.7846-0.24450.85030.54840.34870.60770.13660.23680.26550.01240.5346-0.447-0.12631.11090.11560.6518-20.3581-29.72034.5175
80.28970.06250.26820.25340.20130.1762-0.15110.01420.5370.23690.4551-0.36591.3583-1.14190.00040.8656-0.44070.03221.06020.19420.7386-26.9802-31.894717.6261
90.002-0.00850.0603-0.0086-0.05760.0772-0.49840.3725-0.25091.04070.151-0.00430.8095-0.62910.00031.3381-0.15350.5261.1221-0.37751.3139-32.4139-35.579733.266
102.8048-0.53282.92820.2101-0.15452.8678-0.8093-0.39290.15130.30710.1610.1820.0747-0.0124-3.26111.9532-0.19760.43730.9511-0.20380.9476-39.947-13.338350.8897
110.07740.01740.194-0.0434-0.01920.21770.5332-0.9489-0.17590.234-0.4365-0.4693-0.75750.53960.00011.4943-0.00780.02641.0151-0.20820.7761-28.2326-28.247941.6447
12-0.01810.5734-1.89162.26970.01331.30020.0150.3651-0.1165-0.18920.1730.21050.5254-0.3367-0.00160.2552-0.4229-0.17740.86070.12750.4063-11.2198-22.0869-9.3429
130.07940.0273-0.06740.003-0.02750.0597-0.54280.1128-0.5462-0.1002-0.7352-0.5949-0.1516-0.21790.00071.1737-0.267-0.54950.99470.39020.983-14.8414-0.03-19.9174
142.00120.4957-0.33681.2107-0.43353.0202-0.13670.3170.1536-0.43890.1183-0.1290.4479-0.5111-0.00030.3818-0.1251-0.02490.39120.01480.17174.3921-10.7931-21.6832
150.1404-0.12770.15330.3426-0.02690.17750.35751.07540.9301-0.34810.73010.6373-0.27990.35670.00150.50890.12470.06560.40170.07740.437719.26383.7462-23.9827
160.99410.2164-0.34751.0525-0.32751.2651-0.03130.2988-0.1535-0.48620.4004-0.07340.222-0.32930.04670.4056-0.0817-0.04650.56820.10630.17996.8873-1.5268-31.347
170.15130.2666-0.07010.087-0.07820.6851-0.20270.54170.2634-0.72770.57180.3113-0.4289-0.88050.00041.06180.0169-0.08190.87710.18070.615510.936716.9383-37.0071
180.0550.1226-0.36730.139-0.58242.7109-0.07990.29810.5935-0.30050.2854-0.58942.8950.85820.02031.01320.28910.22910.72940.12510.818733.947419.8576-52.4959
190.02660.04380.00130.07730.07110.0194-1.17210.22450.9284-0.42880.0752-1.07850.22890.61530.00151.0824-0.254-0.00071.37240.05540.995736.676531.415-58.6805
200.0131-0.06850.04270.45780.00030.2514-0.15810.64440.5127-0.39670.62270.006-0.3593-1.26370.00070.7298-0.3262-0.09570.6520.05960.202920.552320.0923-55.091
210.74780.5904-0.49290.64320.45270.8408-0.10530.17140.03350.2401-0.0835-0.04470.2634-0.8401-0.00010.17-0.0167-0.08260.4776-0.06460.378-26.08227.588321.0808
220.7297-0.3180.48511.25940.32560.36870.39340.14420.08130.0697-0.1371-0.035-0.4596-0.39380.00030.36140.1923-0.02810.45330.00880.4162-26.47219.098226.6675
231.55890.34930.00270.2458-0.22530.113-0.41240.31411.00320.4488-0.33730.01641.3739-0.31920.041.13530.01440.1980.3726-0.1980.4518-1.821218.747620.1303
240.9632-0.2639-0.28320.6024-0.09060.20670.27430.43290.24250.163-0.05380.0992-0.8443-0.7890.01770.50150.3550.05310.76030.15390.5201-10.101530.04810.2611
251.11520.275-0.84651.46950.66640.69230.24190.4551-0.0759-0.0966-0.1981-0.20420.122-0.4541-0.00010.37530.2005-0.00690.54460.0570.3239-8.959319.0625-2.9214
261.51240.228-0.00581.81530.41691.8210.69850.4141-0.00490.1663-0.22170.2676-0.3974-0.89130.21390.28370.42760.10540.53810.14170.5007-20.279833.93364.3542
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 12:117)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 118:175)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 176:231)
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21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 226:301)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 302:346)
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34X-RAY DIFFRACTION34(chain B and resid 771:814)
35X-RAY DIFFRACTION35(chain B and resid 815:849)
36X-RAY DIFFRACTION36(chain B and resid 850:953)
37X-RAY DIFFRACTION37(chain B and resid 954:979)
38X-RAY DIFFRACTION38(chain B and resid 980:1022)
39X-RAY DIFFRACTION39(chain B and resid 1023:1070)
40X-RAY DIFFRACTION40(chain B and resid 1071:1129)
41X-RAY DIFFRACTION41(chain D and resid 3:7)
42X-RAY DIFFRACTION42(chain D and resid 8:11)
43X-RAY DIFFRACTION43(chain D and resid 12:15)
44X-RAY DIFFRACTION44(chain D and resid 16:19)
45X-RAY DIFFRACTION45(chain D and resid 20:23)
46X-RAY DIFFRACTION46(chain E and resid 26:31)
47X-RAY DIFFRACTION47(chain E and resid 32:36)
48X-RAY DIFFRACTION48(chain E and resid 37:40)
49X-RAY DIFFRACTION49(chain E and resid 41:45)
50X-RAY DIFFRACTION50(chain E and resid 46:50)
51X-RAY DIFFRACTION51(chain G and resid 1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る