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- PDB-3thx: Human MutSbeta complexed with an IDL of 3 bases (Loop3) and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3thx
タイトルHuman MutSbeta complexed with an IDL of 3 bases (Loop3) and ADP
要素
  • (DNA mismatch repair protein ...) x 2
  • DNA Loop3 minus strand
  • DNA Loop3 plus strand
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ABC family ATPase / mismatch recognition / mismatched unpaired IDL DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements ...somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements / positive regulation of helicase activity / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / centromeric DNA binding / mitotic recombination / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / isotype switching / oxidative phosphorylation / response to UV-B / postreplication repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / ATP-dependent DNA damage sensor activity / germ cell development / response to X-ray / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / ATP-dependent activity, acting on DNA / protein localization to chromatin / B cell differentiation / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / male gonad development / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / chromatin binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal ...DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein Msh3 / DNA mismatch repair protein Msh2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yang, W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Mechanism of mismatch recognition revealed by human MutSbeta bound to unpaired DNA loops
著者: Gupta, S. / Gellert, M. / Yang, W.
履歴
登録2011年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_ref_seq
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein Msh2
B: DNA mismatch repair protein Msh3
D: DNA Loop3 minus strand
E: DNA Loop3 plus strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,6306
ポリマ－224,1804
非ポリマー4502
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14930 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area78240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.120, 91.540, 95.580
Angle α, β, γ (deg.)67.88, 86.51, 72.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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DNA mismatch repair protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh2 / hMSH2 / MutS protein homolog 2


分子量: 104861.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH2 / 細胞株 (発現宿主): Hi5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43246
#2: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh3 / hMSH3 / Divergent upstream protein / DUP / Mismatch repair protein 1 / MRP1


分子量: 104289.664 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 219-1137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUC1, DUG, MSH3 / 細胞株 (発現宿主): Hi5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: GenBank: 119616268, UniProt: P20585*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#3: DNA鎖 DNA Loop3 minus strand


分子量: 7345.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#4: DNA鎖 DNA Loop3 plus strand


分子量: 7682.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized

-
非ポリマー , 3種, 29分子

#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium Acetate, 20-25% PEG3350 (w/v) and 0.1M MES pH 6.5-7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→27 Å / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / % possible all: 43.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→27 Å / SU ML: 0.41 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1 / 位相誤差: 31.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 1315 2.77 %
Rwork0.21 --
obs0.212 49511 89.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.35 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3597 Å2-0.0819 Å23.5102 Å2
2--1.114 Å21.6695 Å2
3----6.4737 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13522 937 28 27 14514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55820474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5555669
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0372359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022446
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6995-2.80750.428660.35442915X-RAY DIFFRACTION48
2.8075-2.93510.38361170.3384345X-RAY DIFFRACTION73
2.9351-3.08970.39441520.30675039X-RAY DIFFRACTION84
3.0897-3.2830.32711470.27185363X-RAY DIFFRACTION90
3.283-3.53590.29411820.24945580X-RAY DIFFRACTION93
3.5359-3.89080.26651730.22015597X-RAY DIFFRACTION94
3.8908-4.45170.24991600.17535718X-RAY DIFFRACTION96
4.4517-5.60040.22641440.16635828X-RAY DIFFRACTION97
5.6004-27.02020.22811740.16665791X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8183-0.65210.19990.7440.34751.2859-0.0143-0.0710.20830.28170.0298-0.38440.1412-0.2013-0.02080.3203-0.0459-0.11280.1721-0.07950.32981.0727-3.328927.191
20.30010.2522-0.51220.9364-1.62412.7821-0.16360.0359-0.0354-0.4107-0.2174-0.31830.46450.32620.2660.4047-0.02080.05050.28340.0550.30613.6219-21.07265.1843
31.65470.6428-0.67990.6948-0.8181.3271-0.38380.3514-0.1092-0.1660.2715-0.02040.5927-0.50550.11970.487-0.20070.04420.3679-0.02040.147-2.8765-23.8206-1.4278
41.53920.0055-0.79941.05590.80261.0156-0.70330.30310.13170.34260.32870.36680.4844-0.1940.28270.5445-0.28440.09840.5889-0.02070.4383-27.3323-29.471517.154
50.6997-0.3494-0.54430.2964-0.00260.93240.5791-0.29910.06190.0634-0.1030.0198-0.54030.1628-0.37521.1977-0.11190.32431.0372-0.24350.9519-36.1115-16.375448.4112
60.5350.417-0.88780.6459-0.38551.4565-0.17970.55280.0767-0.36360.28410.08770.2974-0.8077-0.09260.3486-0.1232-0.03160.58110.10790.14441.9343-6.9536-22.1079
71.75880.1991-0.65350.77560.03410.3624-0.62670.0549-0.1089-0.17260.2558-0.01640.41370.22390.3220.5634-0.15480.0540.42990.01740.249225.569419.4576-52.9723
80.6847-0.8134-0.96481.1190.73381.86560.08090.4147-0.05550.0778-0.16870.1749-0.0362-0.63430.08350.14860.0311-0.04510.4099-0.07080.3616-23.774912.332923.3579
92.0473-0.6497-1.0081.03620.40370.5160.46991.01040.0389-0.474-0.33990.1049-0.264-0.5919-0.12540.45680.31380.02010.71460.10720.2718-12.052325.3828-0.1066
101.0327-0.1243-0.59160.46350.69951.060.3930.17930.0708-0.1513-0.0456-0.1642-0.5136-0.2171-0.30980.4170.12430.14040.22150.08570.29821.485229.75576.2233
111.63080.4652-1.34210.3165-0.31241.13570.2072-0.26290.13970.0866-0.0012-0.0017-0.25820.2037-0.07720.2112-0.01920.07160.1651-0.04210.2008-12.741426.530842.8282
120.8545-0.1997-1.14280.37610.70721.77180.43280.10230.3794-0.25270.0694-0.1954-0.5548-0.1169-0.41910.30460.0890.16220.10520.07860.254913.739826.1262-1.9586
130.07910.3809-0.16370.8849-0.75981.3143-0.00410.01070.0093-0.16980.26230.097-0.10360.0343-0.19180.4263-0.01370.14650.2864-0.00410.279327.331815.5792-27.779
140.51460.7864-0.58421.83090.21433.09180.012-0.2875-0.2974-0.29040.12710.3009-0.4770.3335-0.11931.14770.459-0.13180.97470.02040.9685-15.6469-3.185453.6857
154.03371.7028-0.49661.013-0.59250.9729-1.18060.7222-1.22140.02980.5941-0.66430.0759-0.45890.55150.303-0.06570.11110.7338-0.11280.7429-41.27565.409837.9549
163.0652.19141.371.61180.67215.5857-1.02330.38920.78850.0575-0.1876-0.32110.6031-1.66831.01040.559-0.20440.21570.9178-0.11290.7152-42.20135.956539.0474
170.25390.31981.20761.93440.5528.2199-0.7194-0.4255-0.09230.0725-1.03750.597-0.0597-0.08111.66450.1864-0.17440.05580.6046-0.34440.8216-17.77780.870531.1023
180.764-0.8244-0.43450.95930.31480.58120.23140.0759-0.5350.13850.5154-0.0516-0.0072-0.0969-0.65460.27230.448-0.0180.87630.09061.008-11.70893.514534.9226
192.481-0.0388-1.96057.0395-4.59234.7312-0.1265-0.7657-0.0411.20980.7310.37340.21430.8179-0.39470.87810.43730.06340.6472-0.12780.4984-13.4705-2.973653.1995
205.98751.18311.42561.1621.19861.3135-0.3032-0.68560.6138-0.06230.39020.40580.1245-0.4425-0.0460.6220.001-0.06181.26490.23330.8631-4.05692.1047-21.8621
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain a and resi 12:145
2X-RAY DIFFRACTION2chain a and resi 146:250
3X-RAY DIFFRACTION3chain a and resi 251:380
4X-RAY DIFFRACTION4chain a and resi 381:501
5X-RAY DIFFRACTION5chain a and resi 502:580
6X-RAY DIFFRACTION6chain a and resi 581:850
7X-RAY DIFFRACTION7chain a and resi 852:950
8X-RAY DIFFRACTION8chain b and resi 217:351
9X-RAY DIFFRACTION9chain b and resi 352:471
10X-RAY DIFFRACTION10chain b and resi 472:591
11X-RAY DIFFRACTION11chain b and resi 592:791
12X-RAY DIFFRACTION12chain b and resi 792:991
13X-RAY DIFFRACTION13chain b and resi 992:1120
14X-RAY DIFFRACTION14chain d and resi 3:14
15X-RAY DIFFRACTION15chain d and resi 15:23
16X-RAY DIFFRACTION16chain e and resi 26:35
17X-RAY DIFFRACTION17chain e and resi 36:38
18X-RAY DIFFRACTION18chain e and resi 39
19X-RAY DIFFRACTION19chain e and resi 40:50
20X-RAY DIFFRACTION20chain g

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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