PDB-3tht: Crystal structure and RNA binding properties of the RRM/AlkB doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tht

タイトル

Crystal structure and RNA binding properties of the RRM/AlkB domains in human ABH8, an enzyme catalyzing tRNA hypermodification, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR5601B

要素

Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Alpha-beta two domain protein containing a zinc structure motif / tRNA modifying enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (carboxymethyluridine34-5-O)-methyltransferase / tRNA (5-carboxymethyluridine(34)-5-O)-methyltransferase activity / tRNA (uridine) methyltransferase activity / tRNA wobble uridine modification / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA methylation / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / tRNA binding / iron ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.01 Å

データ登録者

Pastore, C. / Topalidou, I. / Forouhar, F. / Yan, A.C. / Levy, M. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure and RNA binding properties of the RNA recognition motif (RRM) and AlkB domains in human AlkB homolog 8 (ABH8), an enzyme catalyzing tRNA hypermodification.
著者: Pastore, C. / Topalidou, I. / Forouhar, F. / Yan, A.C. / Levy, M. / Hunt, J.F.

履歴

登録	2011年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tht.cif.gz	252 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tht.ent.gz	202.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3tht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3tht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3thpSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xgp-2 1pqz-d 3sqb-1 6w8i-2 2vza-6 1kv1-d 1hh4-2 2fsm-d 6ymq-5 3ux9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: HR5601B

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

B: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

C: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

D: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
39.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
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3

C: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
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4

D: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

ヘテロ分子

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根拠: light scattering
39.6 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

B: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

ヘテロ分子

A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

B: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 4 ポリマー
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6

A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

B: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
79.3 kDa, 2 ポリマー
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7

C: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

D: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

ヘテロ分子

C: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

D: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 4 ポリマー
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8

C: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

D: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
79.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	150.166, 73.279, 149.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.73, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The light scattering data of this construct without C-tag shows mainly monomeric protein in the solution, while the same construct with C-tag appears to have population of monomer and tetrameric species. Consistent with the latter observation, the crystal structure reveals that a few residues of the C-tag play an important role in protein tetramerization, which is possibly not a physiological phenomenon

#1: タンパク質	Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8 / Probable alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase ABH8 分子量: 39359.684 Da / 分子数: 4 / 断片: RRM and AlkB domains of ABH8 / 変異: A C-tag (ENLYFQGLEHHHHHH) was added / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABH8, ALKBH8 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 参照: UniProt: Q96BT7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q96BT7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5.6 詳細: 2.8 mM Mn2Cl and 8.6 mM 2OG and a precipitant containing 28.5-30.5% (w/v) PEG 4K, 15% (v/v) glycerol, 170 mM NH4(CH3COO), 85 mM Na-citrate, pH 5.6, microbatch under oil, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97912 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→40 Å / Num. all: 30026 / Num. obs: 29876 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 44.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2993 / R_sym value: 0.272 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
CNS	1.2 & Xtalview	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3THP

3thp

解像度: 3.01→39.06 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high absF: 233864.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	2904	10 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
all	0.224	30026	-	-
obs	0.22	29071	96.2 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 23.431 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.63 Å²	0 Å²	1.64 Å²
2-	-	15.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.93 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.49 Å	0.36 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.7 Å	0.53 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.01→39.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9610	0	48	100	9758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.77

LS精密化シェル

解像度: 3→3.11 Å / R_factor R_free error: 0.028 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.44	243	10.3 %
R_work	0.343	2120	-
obs	-	2120	79.5 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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