PDB-3tfe: Crystal structure of an H-NOX protein from Nostoc sp. PCC 7120, L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tfe

タイトル

Crystal structure of an H-NOX protein from Nostoc sp. PCC 7120, L66W mutant under 6 atm of xenon

要素

Alr2278 protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Heme-based Sensor Domain / Gas Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.991 Å

データ登録者

Winter, M.B. / Herzik Jr., M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Tunnels modulate ligand flux in a heme nitric oxide/oxygen binding (H-NOX) domain.
著者: Winter, M.B. / Herzik, M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2011年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tfe.cif.gz	229.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tfe.ent.gz	190.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tfe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tfe_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tfe_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3tfe_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	3tfe_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tfe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tf0C 3tf1C 3tf8C 3tf9C 3tfaC 3tfdSC 3tffC 3tfgC 2o09 2o0c 2o0g C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tfd-2 2o0g-2 3l6j-2 3tfg-1 2o0c-1 6pj5-d 3tfd-1 4iae-2 4iah-1 7lgk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (5) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alr2278 protein

B: Alr2278 protein

ヘテロ分子

44.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Alr2278 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alr2278 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.295, 123.295, 123.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Alr2278 protein 分子量: 21286.695 Da / 分子数: 2 / 変異: L66W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr2278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YUQ7
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-XE / XENON / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#4: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.9-2.0 M malonic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.4 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月16日
放射	モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.4 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.991→50 Å / Num. all: 79661 / Num. obs: 79661 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.991→2.02 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TFD

3tfd

解像度: 1.991→43.591 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1731	4045	5.08 %
R_work	0.1558	-	-
obs	0.1567	79661	95.96 %
all	-	79661	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.228 Å² / k_sol: 0.448 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.991→43.591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2886	0	111	170	3167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3139
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.227	4287
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.239	1132
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	434
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	554

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.991-2.0144	0.2577	145	0.2528	2412	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0144-2.0389	0.2795	143	0.2312	2351	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0389-2.0648	0.2592	130	0.2203	2467	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0648-2.0919	0.2072	135	0.2084	2462	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0919-2.1206	0.2295	131	0.2	2446	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1206-2.1509	0.2228	135	0.202	2521	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1509-2.183	0.1841	120	0.1872	2468	X-RAY DIFFRACTION	92
2.183-2.2171	0.1846	127	0.1842	2579	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2171-2.2534	0.2111	155	0.1666	2570	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2534-2.2923	0.1639	130	0.1602	2568	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2923-2.334	0.1625	166	0.1614	2543	X-RAY DIFFRACTION	96
2.334-2.3789	0.2126	118	0.1531	2648	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3789-2.4274	0.1705	134	0.1698	2619	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4274-2.4802	0.1596	152	0.1665	2630	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4802-2.5379	0.206	132	0.1609	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5379-2.6013	0.1582	131	0.1638	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6013-2.6717	0.1753	123	0.1713	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6717-2.7503	0.1829	157	0.1695	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7503-2.839	0.2083	153	0.1697	2642	X-RAY DIFFRACTION	98
2.839-2.9405	0.2039	166	0.1732	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9405-3.0582	0.1661	124	0.1581	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0582-3.1973	0.1603	161	0.1539	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1973-3.3658	0.2085	140	0.1516	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3658-3.5766	0.1543	110	0.1495	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5766-3.8526	0.1453	149	0.1394	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8526-4.24	0.1217	138	0.1174	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.24-4.8529	0.1249	124	0.1163	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8529-6.1114	0.1718	168	0.1445	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1114-43.6018	0.1899	148	0.1791	2719	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2463	0.1658	0.4113	1.3562	-0.5407	0.318	-0.0762	-0.5515	-0.2824	0.3094	0.1087	-0.1745	0.0671	0.315	-0.0141	0.3057	0.0571	-0.0204	0.4808	0.0069	0.2695	49.3508	46.7867	74.0753
2	0.6304	-0.1464	-0.133	0.6436	-0.2015	0.1287	-0.3956	-0.7054	-0.0717	0.6586	0.1705	-0.006	0.124	0.0684	0.0178	0.5099	0.1825	0.0242	0.712	0.1752	0.3483	50.7643	40.2376	83.2729
3	0.4308	0.3917	0.6091	0.8834	0.4858	0.8714	-0.4384	-0.399	-0.9285	-0.0968	0.035	0.1186	0.3327	0.3255	0.0692	0.3051	0.1203	0.0948	0.4437	0.172	0.4313	49.727	35.9904	70.7167
4	0.6761	-0.8862	-0.4936	1.3846	0.2928	0.9199	-0.3573	-0.7278	-0.4994	0.4183	0.3	0.5432	0.1042	-0.0104	0.0001	0.4044	0.122	0.112	0.6165	0.1898	0.4188	40.1859	42.5777	79.8991
5	2.9376	0.8281	-0.1235	1.9111	-0.7617	0.3694	-0.0969	-0.5955	-0.1777	0.4406	-0.0252	-0.0532	-0.3738	0.3788	0.0401	0.2994	0.0129	0.0152	0.3971	-0.0072	0.2313	44.7084	53.5158	73.813
6	1.521	0.529	-0.4174	0.7734	0.0462	1.4518	-0.1858	-0.6596	-0.019	0.0042	0.0282	-0.1388	-0.1368	0.1422	0.0434	0.2771	-0.0055	0.0195	0.4083	0.0404	0.2988	49.3444	59.1761	59.99
7	0.06	0.1038	-0.0245	1.021	-0.1627	0.2757	0.0992	0.0973	0.0162	-0.2119	-0.3831	-0.1928	0.0698	-0.1433	0.1656	0.3627	0.0132	0.0269	0.3357	0.0163	0.2486	40.644	56.9111	57.1329
8	1.7645	-2.1975	-0.2158	3.5636	0.5191	1.2183	0.3716	0.3391	-0.2633	-0.6707	-0.4255	0.2262	-0.1489	-0.1817	0.0307	0.3442	0.0235	-0.0261	0.358	-0.0396	0.296	34.6811	53.7501	59.7413
9	0.7885	-0.3517	-0.355	0.2818	0.5295	1.2611	0.0605	0.139	-0.1518	-0.1784	-0.2161	0.1424	-0.1662	-0.2059	0.0641	0.3238	-0.0035	-0.009	0.3442	-0.029	0.2617	30.619	56.2252	65.402
10	0.2811	-0.0959	-0.0646	0.4582	0.1949	0.3107	0.0161	-0.1648	-0.0249	0.2325	-0.0445	-0.0396	-0.1138	0.0399	-0.0077	0.3338	-0.0064	0.0308	0.3427	-0.0566	0.2709	37.4553	62.2496	71.2709
11	0.5272	-0.5066	0.0773	0.5623	0.1287	1.2272	0.044	0.2058	-0.1445	-0.1163	-0.1078	0.2096	-0.1651	-0.1615	0.0324	0.3181	-0.01	0.0293	0.3205	-0.0609	0.2875	27.642	58.9619	68.9842
12	0.9949	0.222	-0.9871	1.3019	-0.7643	1.7254	0.1625	-0.0339	0.1878	-0.3326	-0.1422	0.3127	-0.3029	0.0032	-0.058	0.4013	0.0352	-0.0002	0.2678	-0.0096	0.2772	17.8474	80.8273	78.6148
13	0.2288	0.0144	-0.1142	0.0304	-0.0051	0.6709	0.1858	0.4002	0.0355	-0.3556	-0.3459	0.3242	-0.7785	-0.1527	0.2791	0.672	0.208	-0.1728	0.4572	-0.0386	0.354	11.3351	81.7685	69.2163
14	1.0103	0.4781	-0.2053	0.4606	-0.4632	0.6153	0.0613	-0.0743	-0.138	-0.1878	-0.3831	0.6369	-0.3182	-0.4309	-0.0806	0.3744	0.1466	-0.11	0.3522	-0.1219	0.4101	6.9842	81.1204	81.696
15	1.6701	-0.877	0.1302	1.3775	1.2362	1.8656	0.2112	0.4912	-0.3271	-0.3498	-0.3259	0.3646	-0.3699	-0.2499	0.048	0.4145	0.0669	-0.1063	0.3947	-0.0831	0.3602	13.8703	71.3877	72.9776
16	1.1462	0.2933	1.1278	0.6494	0.6674	1.3573	-0.2361	0.1754	0.1011	-0.2316	0.0188	0.1125	-0.3943	0.2424	0.1052	0.3502	-0.0129	-0.0256	0.2618	-0.025	0.2453	25.639	78.4138	83.3895
17	1.4509	1.0653	-0.3711	2.0397	-1.0152	0.5527	0.2147	0.7579	-0.0003	-0.3176	0.1989	0.0458	0.389	0.2306	-0.161	0.3667	0.0487	-0.0412	0.444	-0.0472	0.2663	35.512	72.1403	93.5972
18	0.7995	0.4398	-1.0064	2.4483	-0.3731	1.2832	-0.3148	-0.5017	0.3198	0.4744	-0.0752	-0.2576	-0.1989	-0.5425	-0.1256	0.345	0.0378	-0.0572	0.39	-0.0913	0.222	23.0534	74.3922	97.6838
19	2.9094	-1.9521	-0.3615	1.7241	-0.18	0.9276	-0.1675	-0.5472	-0.1015	0.3149	0.2203	0.153	0.1496	0.1421	-0.0084	0.3415	0.0271	0.0023	0.3088	-0.0208	0.3035	24.8519	66.7868	93.5052
20	0.4542	-0.1032	-0.6995	0.8184	-0.0082	1.1094	-0.0048	-0.122	-0.0386	-0.0459	-0.0474	0.0137	0.1255	0.2273	0.0214	0.3165	-0.0023	0.0153	0.3212	-0.0244	0.2444	31.5059	66.7172	84.2105
21	3.4259	-0.4935	0.1479	0.6065	-0.0026	2.0963	-0.2141	0.2306	-0.2094	-0.1665	0.2262	0.0035	0.6184	0.0622	-0.0178	0.3752	-0.0165	0.0326	0.2594	-0.0185	0.2507	28.7912	58.1966	84.0861

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:17)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 18:28)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 29:44)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 45:62)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 63:80)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 81:93)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 94:111)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 112:126)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 127:141)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 142:166)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 167:183)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 1:17)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 18:28)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 29:44)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 45:62)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 63:90)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 91:100)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 101:111)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 112:126)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resseq 127:166)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resseq 167:182)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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