PDB-3t8n: Crystal structure of ketosteroid isomerase Y16AD103A from Pseudom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t8n

タイトル

Crystal structure of ketosteroid isomerase Y16AD103A from Pseudomonas putida

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Schwans, J. / Sunden, F. / Herschlag, D.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Evaluating the catalytic contribution from the oxyanion hole in ketosteroid isomerase.
著者: Schwans, J.P. / Sunden, F. / Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Herschlag, D.

履歴

登録	2011年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t8n.cif.gz	228.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t8n.ent.gz	187.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t8n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t8n_validation.pdf.gz	923.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t8n_full_validation.pdf.gz	934.1 KB	表示
XML形式データ	3t8n_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	3t8n_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t8uC 3rgrS 3m8c S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ox9-2 3owy-4 4jwx-d 3oxa-1 6ufs-d 5v1a-1 3owy-1 6c1j-1 3ox9-1 4aon-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

F: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

58.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Steroid Delta-isomerase

F: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.514, 76.644, 53.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 63.960, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 14412.394 Da / 分子数: 4 / 変異: Y16A, D103A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDT / {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID / EDTA 分子量: 292.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₈
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月11日

放射

モノクロメーター: Si single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.465→38.322 Å / Num. all: 77168 / Num. obs: 77168 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.46-1.54	3.2	0.872	0.9	32348	10103	0.872	88.4
1.54-1.64	3.7	0.493	1.6	39805	10843	0.493	99.8
1.64-1.75	3.7	0.298	2.6	37476	10161	0.298	99.8
1.75-1.89	3.7	0.159	5	35110	9491	0.159	99.9
1.89-2.07	3.7	0.083	9.5	32353	8723	0.083	99.8
2.07-2.32	3.7	0.048	15.8	29413	7930	0.048	99.9
2.32-2.67	3.7	0.034	21.3	25844	6963	0.034	99.9
2.67-3.28	3.7	0.024	27.3	21634	5912	0.024	99.8
3.28-4.63	3.6	0.017	37	16426	4574	0.017	99.5
4.63-38.322	3.6	0.014	43.8	8919	2468	0.014	96.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.82 Å	38.32 Å
Translation	1.82 Å	38.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RGR

3rgr

解像度: 1.47→38.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.2106 / WR_factor R_work: 0.1767 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8433 / SU B: 3.692 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.0813 / SU R_free: 0.0824 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2181	3852	5 %	RANDOM
R_work	0.1859	-	-	-
all	0.1876	77108	-	-
obs	0.1876	77108	97.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.98 Å² / B_iso mean: 27.0688 Å² / B_iso min: 7.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→38.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3955	0	45	214	4214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	4550
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	1.95	6234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.934	3.001	7452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.12	5	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.33	23.915	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.354	15	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.645	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	642
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.934	1.5	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.256	1.5	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.652	2	4611
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.354	3	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.719	4.5	1621

LS精密化シェル

解像度: 1.47→1.503 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.403	253	-
R_work	0.391	4448	-
all	-	4701	-
obs	-	-	81.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.772	0.0553	0.244	0.3341	-0.0847	1.2311	0.0113	-0.2194	0.0284	0.077	-0.0406	-0.0335	-0.028	-0.0232	0.0293	0.0265	0.0049	0.01	0.1349	-0.0134	0.0623	-11.582	-36.559	13.932
2	1.1569	0.1973	-0.0766	0.3579	0.063	0.8772	-0.0417	0.174	-0.0134	-0.067	0.0114	0.0165	0.0032	-0.1376	0.0302	0.0199	-0.0032	0.0167	0.1461	-0.0119	0.0551	-20.273	-39.897	-7.513
3	1.4689	0.195	-0.4322	0.9614	0.039	1.581	0.0516	-0.2087	-0.0631	0.133	-0.0406	-0.0703	0.0701	0.0209	-0.011	0.0327	0.0152	0.0054	0.183	0.0213	0.0482	-60.874	-34.147	-24.256
4	1.4548	0.7016	-0.9956	2.8416	-1.2144	2.3362	-0.076	0.408	0.0894	-0.3661	0.2818	0.2605	0.1927	-0.5864	-0.2058	0.0506	-0.0274	-0.0309	0.3317	0.0527	0.0587	-67.783	-32.484	-46.225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	1 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	F	1 - 130

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