PDB-3oxa: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/M1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oxa

タイトル

Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/M116C-CN from P. putida

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE / steroid isomerase / steroid / cyanylation

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Sigala, P.A. / Fenn, T.D. / Herschlag, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Quantitative, directional measurement of electric field heterogeneity in the active site of ketosteroid isomerase.
著者: Fafarman, A.T. / Sigala, P.A. / Schwans, J.P. / Fenn, T.D. / Herschlag, D. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2010年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.2	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oxa.cif.gz	213.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oxa.ent.gz	174.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3oxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3oxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3owuC 3owyC 3ox9C 2pzvS 3ows C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3owu-1 3owy-4 3ows-2 3owy-3 3owy-2 3owy-1 6ufs-d 6ucy-d 1q53-d 5w4w-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

58 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.920, 93.576, 75.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.850, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 14496.276 Da / 分子数: 4 / 変異: D40N, C69S, C81S, C97S, M116(XCN) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.1 M ammonium sulfate, 5% isopropanol, 40 mM potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月31日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→41.67 Å / Num. all: 46319 / Num. obs: 39383 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 39.888 Å²
反射シェル	解像度: 1.89→1.9 Å / % possible all: 25

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2PZV

2pzv

解像度: 1.89→41.67 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6179 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2902	1858	5.15 %	random
R_work	0.2437	-	-	-
all	-	46319	-	-
obs	-	36068	77.96 %	-

溶媒の処理

B_sol: 79.487 Å² / k_sol: 0.372 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 189.96 Å² / B_iso mean: 74.7407 Å² / B_iso min: 28.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.851 Å²	-0 Å²	-0.577 Å²
2-	-	-3.932 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.746 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→41.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3990	0	0	44	4034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.652	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.891	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.08	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
1.89-1.9001	0.3783	167	X-RAY DIFFRACTION	68	25
1.9001-1.9096	0.3498	194	X-RAY DIFFRACTION	68	28
1.9096-1.9194	0.3648	202	X-RAY DIFFRACTION	68	31
1.9194-1.9293	0.3551	228	X-RAY DIFFRACTION	68	33
1.9293-1.9395	0.3587	222	X-RAY DIFFRACTION	68	33
1.9395-1.9499	0.3485	240	X-RAY DIFFRACTION	68	34
1.9499-1.9604	0.3637	260	X-RAY DIFFRACTION	68	40
1.9604-1.9713	0.3641	277	X-RAY DIFFRACTION	68	43
1.9713-1.9824	0.3549	296	X-RAY DIFFRACTION	68	41
1.9824-1.9937	0.3232	275	X-RAY DIFFRACTION	68	42
1.9937-2.0053	0.3407	294	X-RAY DIFFRACTION	68	45
2.0053-2.0171	0.339	317	X-RAY DIFFRACTION	68	45
2.0171-2.0293	0.3342	330	X-RAY DIFFRACTION	68	48
2.0293-2.0417	0.3296	340	X-RAY DIFFRACTION	68	50
2.0417-2.0545	0.3246	347	X-RAY DIFFRACTION	68	52
2.0545-2.0676	0.3119	354	X-RAY DIFFRACTION	68	55
2.0676-2.081	0.3525	388	X-RAY DIFFRACTION	68	57
2.081-2.0948	0.3181	388	X-RAY DIFFRACTION	68	58
2.0948-2.1089	0.3232	413	X-RAY DIFFRACTION	68	61
2.1089-2.1235	0.3064	431	X-RAY DIFFRACTION	68	62
2.1235-2.1384	0.3018	435	X-RAY DIFFRACTION	68	64
2.1384-2.1538	0.3304	459	X-RAY DIFFRACTION	68	67
2.1538-2.1696	0.3466	473	X-RAY DIFFRACTION	68	73
2.1696-2.186	0.3298	489	X-RAY DIFFRACTION	68	72
2.186-2.2028	0.3019	492	X-RAY DIFFRACTION	68	75
2.2028-2.2201	0.3154	534	X-RAY DIFFRACTION	68	75
2.2201-2.238	0.3158	494	X-RAY DIFFRACTION	68	76
2.238-2.2565	0.292	546	X-RAY DIFFRACTION	68	77
2.2565-2.2756	0.3087	526	X-RAY DIFFRACTION	68	77
2.2756-2.2954	0.3094	518	X-RAY DIFFRACTION	68	80
2.2954-2.3159	0.3201	536	X-RAY DIFFRACTION	68	81
2.3159-2.3372	0.3215	560	X-RAY DIFFRACTION	68	81
2.3372-2.3592	0.3173	559	X-RAY DIFFRACTION	68	82
2.3592-2.3821	0.3278	579	X-RAY DIFFRACTION	68	83
2.3821-2.4059	0.3158	533	X-RAY DIFFRACTION	68	81
2.4059-2.4307	0.315	576	X-RAY DIFFRACTION	68	85
2.4307-2.4566	0.324	564	X-RAY DIFFRACTION	68	86
2.4566-2.4836	0.3245	573	X-RAY DIFFRACTION	68	83
2.4836-2.5118	0.306	620	X-RAY DIFFRACTION	68	87
2.5118-2.5413	0.3096	561	X-RAY DIFFRACTION	68	86
2.5413-2.5723	0.3018	591	X-RAY DIFFRACTION	68	87
2.5723-2.6049	0.2987	604	X-RAY DIFFRACTION	68	90
2.6049-2.6391	0.2904	581	X-RAY DIFFRACTION	68	85
2.6391-2.6753	0.3183	623	X-RAY DIFFRACTION	68	90
2.6753-2.7135	0.3047	595	X-RAY DIFFRACTION	68	87
2.7135-2.754	0.3023	587	X-RAY DIFFRACTION	68	89
2.754-2.797	0.2745	621	X-RAY DIFFRACTION	68	90
2.797-2.8429	0.3207	625	X-RAY DIFFRACTION	68	92
2.8429-2.8919	0.3151	632	X-RAY DIFFRACTION	68	92
2.8919-2.9445	0.3014	626	X-RAY DIFFRACTION	68	93
2.9445-3.0011	0.2794	626	X-RAY DIFFRACTION	68	92
3.0011-3.0623	0.3029	648	X-RAY DIFFRACTION	68	95
3.0623-3.1289	0.2911	634	X-RAY DIFFRACTION	68	93
3.1289-3.2016	0.2777	614	X-RAY DIFFRACTION	68	92
3.2016-3.2817	0.2575	650	X-RAY DIFFRACTION	68	93
3.2817-3.3704	0.2626	615	X-RAY DIFFRACTION	68	93
3.3704-3.4695	0.2408	636	X-RAY DIFFRACTION	68	93
3.4695-3.5814	0.2161	651	X-RAY DIFFRACTION	68	93
3.5814-3.7093	0.2193	623	X-RAY DIFFRACTION	68	92
3.7093-3.8578	0.2187	645	X-RAY DIFFRACTION	68	93
3.8578-4.0332	0.2123	632	X-RAY DIFFRACTION	68	94
4.0332-4.2456	0.1989	644	X-RAY DIFFRACTION	68	94
4.2456-4.5114	0.1665	652	X-RAY DIFFRACTION	68	95
4.5114-4.8592	0.1678	647	X-RAY DIFFRACTION	68	94
4.8592-5.3473	0.1771	651	X-RAY DIFFRACTION	68	94
5.3473-6.119	0.2097	655	X-RAY DIFFRACTION	68	94
6.119-7.7013	0.2002	637	X-RAY DIFFRACTION	68	93
7.7013-41.67	0.1987	675	X-RAY DIFFRACTION	68	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5214	0.624	-0.2879	0.6479	0.1599	1.3103	-0.0545	0.0709	0.0207	0.1224	0.0873	-0.0071	-0.0172	-0.1519	-0.0271	0.3459	0.01	-0.023	0.2944	0.0077	0.378	-1.2699	-0.0466	7.4329
2	-0.0036	-0.4286	-1.9982	0.8553	-0.3791	5.5615	0.0331	0.132	-0.094	0.1788	0.1377	0.0176	0.0054	-0.5635	-0.1201	0.3081	0.033	-0.0261	0.365	0.0048	0.3583	-10.3403	-0.1686	-21.5554
3	0.7935	1.4568	0.6156	2.2682	-0.6751	0.9537	0.0141	0.2292	0.0741	-0.7925	0.0793	0.1236	0.3501	0.2615	-0.1061	0.6013	0.049	-0.0717	0.1928	-0.0014	0.2195	2.9259	27.4087	-19.83
4	2.5765	-0.4356	-0.1412	-1.2427	-1.7098	6.9763	0.283	-0.1858	-0.6859	-0.0113	0.0045	0.0658	3.2997	0.5451	-0.2703	1.3159	0.1678	-0.163	0.2445	0.053	0.4417	-15.573	27.2966	-39.1595

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	2 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	2 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	2 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	2 - 131

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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