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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t8j | ||||||
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タイトル | Structural analysis of thermostable S. solfataricus pyrimidine-specific nucleoside hydrolase | ||||||
![]() | Purine nucleosidase, (IunH-1) | ||||||
![]() | HYDROLASE / Nucleoside hydrolase / thermostable protein / Open (alpha / beta) structure / Rossmann fold / NH-fold / Nucleotide metabolism / N-glycosidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleosidase / purine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minici, C. / Cacciapuoti, G. / De Leo, E. / Porcelli, M. / Degano, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: New Determinants in the Catalytic Mechanism of Nucleoside Hydrolases from the Structures of Two Isozymes from Sulfolobus solfataricus. 著者: Minici, C. / Cacciapuoti, G. / De Leo, E. / Porcelli, M. / Degano, M. #1: ジャーナル: Febs J. / 年: 2008 タイトル: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase from the archaeon Sulfolobus solfataricus--biochemical characterization and homology modeling. 著者: Porcelli, M. / Concilio, L. / Peluso, I. / Marabotti, A. / Facchiano, A. / Cacciapuoti, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 416.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35249.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 100 mM Bicine, 1.5 M Ammonium sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→100 Å / Num. all: 63536 / Num. obs: 63536 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.745 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 35.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3T8I 解像度: 1.6→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.147 / SU ML: 0.035 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.17 Å2 / Biso mean: 30.1405 Å2 / Biso min: 12.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→100 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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