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- PDB-3t79: Ndc10: a platform for inner kinetochore assembly in budding yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t79
タイトルNdc10: a platform for inner kinetochore assembly in budding yeast
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')
  • KLLA0E03807p
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA recombinase / DNA binding / DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase; domain 1 - #540 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / Transcription activator GCR1-like domain / Ndc10, domain 2 / Ndc10, domain 2 superfamily / Transcriptional activator of glycolytic enzymes / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / hpI Integrase; Chain A / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / KLLA0E03807p
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6113 Å
データ登録者Cho, U.S. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Ndc10 is a platform for inner kinetochore assembly in budding yeast.
著者: Cho, U.S. / Harrison, S.C.
履歴
登録2011年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22012年1月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*T)-3')
A: KLLA0E03807p
D: KLLA0E03807p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2686
ポリマ－111,2686
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*A)-3')
A: KLLA0E03807p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7813
ポリマ－55,7813
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
3
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*T)-3')
D: KLLA0E03807p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4863
ポリマ－55,4863
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area23310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.060, 99.651, 125.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 4581.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized DNA
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*A)-3')


分子量: 4590.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized DNA
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 4276.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized DNA
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*T)-3')


分子量: 4599.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized DNA
#5: タンパク質 KLLA0E03807p


分子量: 46610.270 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA binding domain (residues 1-402) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0E03807g / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CPM4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 10,000, 0.1 M Tris-HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CHOZU HLD8-24 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. all: 13976 / Num. obs: 13821 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 22.4 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 67.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Net I/σ(I): 1.4
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.912 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1374 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SQI

3sqi


解像度: 3.6113→43.645 Å / SU ML: 0.98 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3309 686 4.98 %RANDOM
Rwork0.2864 ---
obs0.2885 13773 98.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.934 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 89.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-29.6388 Å2-0 Å20 Å2
2---59.6494 Å20 Å2
3---23.6294 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6113→43.645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6392 1211 0 0 7603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46611029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7593004
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071183
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6113-3.890.38431380.38172561X-RAY DIFFRACTION99
3.89-4.28110.3551360.30062588X-RAY DIFFRACTION99
4.2811-4.89990.30221300.27672620X-RAY DIFFRACTION99
4.8999-6.17060.3731300.30082626X-RAY DIFFRACTION99
6.1706-43.64850.30061520.24732692X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3012-0.2970.28640.7495-0.6357-0.01560.1757-0.22150.1237-0.23860.03140.0877-0.2567-0.0564-01.0129-0.047-0.14770.7689-0.13360.551-36.1201-14.0622-48.4529
20.05531.16450.0651.19210.26651.0285-0.04580.19750.2865-0.52760.04370.08650.1062-0.2045-00.42080.0755-0.10840.6418-0.00480.6296-24.421814.2893-24.4512
30.4840.02070.30310.0976-0.02070.4150.18080.40130.1147-1.6852-0.4098-0.07240.08550.214700.738-0.064-0.38040.6978-0.01130.8316-66.526618.811-28.6743
4-0.36520.7636-0.350.5422-1.2267-0.28870.03880.2383-0.2365-0.4476-0.10020.68470.1671-0.0967-00.7762-0.005-0.05120.6845-0.05450.5922-49.4454-9.6198-8.3811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:100)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 101:402)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resseq 1:100)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resseq 101:402)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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