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- PDB-3sqi: DNA binding domain of Ndc10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sqi
タイトルDNA binding domain of Ndc10
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')
  • KLLA0E03807p
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA recombinase / DNA binding / DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase; domain 1 - #540 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / Transcription activator GCR1-like domain / Ndc10, domain 2 / Ndc10, domain 2 superfamily / Transcriptional activator of glycolytic enzymes / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / hpI Integrase; Chain A / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / KLLA0E03807p
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8245 Å
データ登録者Cho, U.S. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Ndc10 is a platform for inner kinetochore assembly in budding yeast.
著者: Cho, U.S. / Harrison, S.C.
履歴
登録2011年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22012年1月18日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLLA0E03807p
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6823
ポリマ－70,6823
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.303, 147.536, 95.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 KLLA0E03807p


分子量: 61510.867 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain (residues 1-534) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ligation independent cloning (LIC) / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 遺伝子: KLLA0E03807g / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CPM4
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 4581.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*A)-3')


分子量: 4590.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG400, 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日
放射モノクロメーター: the Phase 2 monochromator using Si (220) crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 20316 / Num. obs: 18620 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 78.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.626 / % possible all: 74.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8245→41.388 Å / SU ML: 0.71 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 954 5.14 %
Rwork0.1934 --
obs0.1962 18554 91.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 83.183 Å2 / ksol: 0.292 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-47.59 Å2-0 Å2-0 Å2
2---15.5982 Å2-0 Å2
3----31.9918 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8245→41.388 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3196 615 0 0 3811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1475530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7361507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8245-2.97330.3883950.2991947X-RAY DIFFRACTION71
2.9733-3.15960.34621240.27692226X-RAY DIFFRACTION83
3.1596-3.40340.311480.25652404X-RAY DIFFRACTION89
3.4034-3.74570.29681660.21532674X-RAY DIFFRACTION98
3.7457-4.28720.23081490.16472722X-RAY DIFFRACTION100
4.2872-5.39960.2111280.15962772X-RAY DIFFRACTION100
5.3996-41.39210.22131440.18222855X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4586-0.17821.47248.02714.02422.9909-1.00870.3681.528-0.89340.52530.1499-3.22120.10310.52941.36470.1507-0.20840.73760.18930.901912.265214.2658-43.7579
26.3526-1.98350.00618.8409-2.50855.7279-0.52650.17411.1808-0.23310.2329-0.6216-1.39840.87140.21351.1127-0.1548-0.1490.65990.08520.473515.65844.9022-34.6502
36.22112.79-0.47842.47270.1727.563-0.0051-0.2054-0.64570.09680.05880.08222.45150.80120.05251.00530.48910.15780.3667-0.12540.6511.664-27.768-16.1735
41.8253-0.5105-0.92187.7683-2.5787.2558-0.03790.2850.35220.2961-0.1648-0.55740.09840.87430.10610.26550.19180.03180.5392-0.05790.535117.3205-13.5118-11.2116
53.6626-2.80942.20264.0166-2.01697.9645-0.26710.16970.10250.4717-0.0622-0.44841.1031.50570.30330.80570.3416-0.04940.84570.00140.388720.2668-20.1033-15.6087
65.50592.9537-3.52365.9574-1.38595.09330.1319-1.05180.1151.24350.0520.25680.25590.4397-0.20940.97320.27510.04680.6157-0.06120.53739.7834-18.02960.8064
75.4729-3.1485-4.24442.76433.3556.938-1.18980.2972-0.98121.25930.21941.16192.2548-0.64231.08972.2733-0.0401-0.12220.8651-0.06661.0283-3.2631-27.6013-9.0862
82.50790.91751.6281.35231.18415.87420.22830.3616-0.80240.12720.08390.13690.37342.22680.03942.20570.86640.0641.85020.00040.601832.0447-37.5917-26.3093
94.76131.83611.1865.69713.43672.68290.40670.5196-0.2952-1.0087-0.2365-0.20972.21622.00980.25562.15490.9510.21561.61720.09570.706930.5415-39.2483-21.8304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:31)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 32:100)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 101:149)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 150:210)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 211:310)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 311:376)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 377:402)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B'
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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