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- PDB-4jbi: 2.35A resolution structure of NADPH bound thermostable alcohol de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jbi
タイトル2.35A resolution structure of NADPH bound thermostable alcohol dehydrogenase from Pyrobaculum aerophilum
要素Alcohol dehydrogenase (Zinc)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / thermostability / Zinc binding / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


anion binding / adenyl nucleotide binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / protein tetramerization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily ...: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Alcohol dehydrogenase (Zinc)
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Vitale, A. / Throne, N. / Hu, X. / Shen, M. / D'Auria, S. / Auld, D.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Physicochemical Characterization of a Thermostable Alcohol Dehydrogenase from Pyrobaculum aerophilum.
著者: Vitale, A. / Thorne, N. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Hu, X. / Shen, M. / D'Auria, S. / Auld, D.S.
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年1月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop ...pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
B: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
C: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
D: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
E: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
F: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
G: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
H: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
I: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
J: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
K: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
L: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
M: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
N: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
O: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
P: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)631,98648
ポリマ－619,01316
非ポリマー12,97332
水19,9431107
1
A: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
E: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
F: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
K: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,99612
ポリマ－154,7534
非ポリマー3,2438
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9750 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area46320 Å2
手法PISA
2
B: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
C: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
D: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
L: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,99612
ポリマ－154,7534
非ポリマー3,2438
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9660 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area46470 Å2
手法PISA
3
G: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
H: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
N: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
P: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,99612
ポリマ－154,7534
非ポリマー3,2438
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area46060 Å2
手法PISA
4
I: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
J: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
M: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
O: Alcohol dehydrogenase (Zinc)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,99612
ポリマ－154,7534
非ポリマー3,2438
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9590 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area45980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.133, 169.262, 149.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase (Zinc)


分子量: 38688.293 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 株: ATCC 51768 / IM2 / DSM 7523 / JCM 9630 / NBRC 100827 / 遺伝子: PAE2687 / プラスミド: pET28-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q8ZUP0, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM Hepes, 8% (v/v) ethylene glycol, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→133.767 Å / Num. all: 254725 / Num. obs: 254725 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 12550 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_1241精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JBG

4jbg


解像度: 2.35→44.589 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 20.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2133 12800 5.03 %RANDOM
Rwork0.1613 ---
obs0.1639 254638 99.89 %-
all-254638 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.66 Å2 / Biso mean: 43.351 Å2 / Biso min: 18.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→44.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38810 0 784 1107 40701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01140503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17255353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0766414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077112
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.68214661
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.37670.31563740.236380908464100
2.3767-2.40470.27183810.215580448425100
2.4047-2.4340.30954330.217280528485100
2.434-2.46480.26754420.209479998441100
2.4648-2.49720.27124380.208680548492100
2.4972-2.53140.28294250.205580708495100
2.5314-2.56760.27534380.201780268464100
2.5676-2.60590.28033970.190180688465100
2.6059-2.64660.27224410.191380248465100
2.6466-2.690.25514480.177979828430100
2.69-2.73640.24344370.172280338470100
2.7364-2.78610.23613910.170980948485100
2.7861-2.83970.23914530.176480368489100
2.8397-2.89770.25554860.182379858471100
2.8977-2.96070.25544210.178880588479100
2.9607-3.02950.25743950.182381008495100
3.0295-3.10530.23084270.173780468473100
3.1053-3.18920.23184400.172380508490100
3.1892-3.2830.23774400.170180318471100
3.283-3.3890.24524490.178680808529100
3.389-3.510.23034240.179180038427100
3.51-3.65050.23334340.169180708504100
3.6505-3.81660.20844220.170781108532100
3.8166-4.01770.19314220.148880708492100
4.0177-4.26920.18174160.133980708486100
4.2692-4.59850.15593980.121681108508100
4.5985-5.06070.14884260.11681008526100
5.0607-5.79160.15064270.124781258552100
5.7916-7.29170.17314260.132781248550100
7.2917-44.59710.14674490.13358134858399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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