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万見
- PDB-3t45: Crystal structure of bacteriorhodopsin mutant A215T, a phototaxis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t45
タイトルCrystal structure of bacteriorhodopsin mutant A215T, a phototaxis signaling mutant at 3.0 A resolution
要素Bacteriorhodopsin (GROUND STATE)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bacteriorhodopsins / Sensory Rhodopsin II / Microbial Rhodopsins / Lipids / Retinaldehyde / Schiff Bases / Light-Sensor / Phototaxis
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LI1 / RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium sp. NRC-1 (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Ozorowski, G. / Luecke, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: A transporter converted into a sensor, a phototaxis signaling mutant of bacteriorhodopsin at 3.0 angstrom.
著者: Spudich, E.N. / Ozorowski, G. / Schow, E.V. / Tobias, D.J. / Spudich, J.L. / Luecke, H.
履歴
登録2011年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin (GROUND STATE)
B: Bacteriorhodopsin (GROUND STATE)
C: Bacteriorhodopsin (GROUND STATE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,08417
ポリマ－74,2003
非ポリマー7,88414
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14940 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area25600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.452, 106.139, 124.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111B7 - 301
2111A7 - 301
1121C7 - 301
2121A7 - 301

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin (GROUND STATE) / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 24733.291 Da / 分子数: 3 / 変異: A228T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium sp. NRC-1 (好塩性) / 株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT


分子量: 639.130 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H86O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: 3.0M MONOSODIUM PHOSPHATE pH 3.6, vapor diffusion, hanging drop, bicelles, temperature 301K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 15545 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3-3.112.90.491192.1
3.11-3.233.10.543194.3
3.23-3.383.30.463197
3.38-3.563.40.363197.9
3.56-3.783.60.257199
3.78-4.073.50.193199.4
4.07-4.483.60.127199.1
4.48-5.133.60.119197.5
5.13-6.463.80.1391100
6.46-503.70.048199.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 40.43 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.01 Å40.37 Å
Translation3.01 Å40.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→32.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 25.123 / SU ML: 0.449 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.55 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28752 780 5 %RANDOM
Rwork0.23699 ---
obs0.23958 14757 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.896 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20.02 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→32.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5241 0 385 38 5664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.025762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.542.0317800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5985672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.91322.069174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.03515852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0971521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 1767 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1B3.74
2C3.16
LS精密化 シェル解像度: 3.007→3.084 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 56 -
Rwork0.325 962 -
obs--87.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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